3D yazıcı, bilgisayar ortamında oluşturulan tasarım dosyalarını alıp elle tutulur gerçek nesnelere çeviren bir tür makinedir. Çok çeşitli tipleri bulunsa da günümüzde en yaygın olarak kullanılanı Fused Deposition Modeling (FDM) tipi yazıcıdır. Bu tür yazıcılar basit bir şekilde, verilen plastik materyali alır ve sıcak bir uçta eriterek arzu ettiğiniz nesneyi katman katman yazarak bir bütün haline getirir. Bu yazıda yazıcılardan bahsederken FDM tipi olanları kast ediyor olacağız.

Öncelikle yapılması gereken, elde bir tasarım dosyasının bulunmasıdır. Bunu SolidWorks gibi CAD programları kullanarak kendiniz tasarlayabileceğiniz gibi, 3D tarayıcı kullanarak bir nesneyi taratarak da elde edebilirsiniz. Yani ya gerçek bir nesneyi taratmanız ya da sanal bir nesneyi kendiniz bilgisayarda oluşturmalısınız. Buna bir diğer alternatif ise başkalarının yaptığı tasarımları ilgili platformlarda (GrabCad, Thingiverse gibi) aratarak indirmektir. Özetle, elinizde bir tasarım dosyası bulunmalıdır. Dosyanın formatı ise STLolmalıdır.

Çoğumuzun (en azından yazarımızın) çocukluk kahramanı John McClane’in maceralarını konu alan “Die Hard (Zor Ölüm)” serisinden haberi olmayan çok az kişi vardır diye umuyoruz. McClane, seri boyunca yüzlerce kurşundan kaçar, düşme tehlikesinden kurtulur, kırık camlardan basa basa geçer, patlayıcılardan korunur ve düşmanlarını bertaraf eder. Sayısız ölüm tehlikesine rağmen yaşamaya devam eder. 

Özellikle insanın davaya adanmışlık, başarma isteği gibi erdemlere ve yenilmezlik gibi üstün meziyetlere karşı olan hayranlığını hedef alarak ticari başarı kazanan bu tip Hollywood macera filmlerinden belki de binlercesi vardır. Die Hard serisinin konu olması sadece ilk gençliğin yazarda bıraktığı kalıntı olabilir. Kötünün cezasını bulduğu, iyinin ise biraz da Hollywood alt metniyle “ilahi müdahale”ye yorabileceğimiz şansının yardımıyla, güzel ihtimallerin art arda gelmesiyle kazandığı ve şiirsel adaletin tecelli ettiği Hollywood filmleri bu manada gerçeği tam olarak yansıtıyor diyemeyiz. Kahramanın kurşun yağmurunu “sorun değil, birkaç önemsiz sıyrık dostum”la atlatması, kahramana bağlı ipin tam zamanında ucu ucuna bir yerlere takılması, o ana kadar çatır çatır çalışan tabancanın kahramanın kafasına dayandığında tutukluk yapması, tam da ihtiyacı olduğu anda birinin ona yardım etmesi bizlere oldukça düşük ihtimaller olarak gelmektedir.

Kromatografi, karışımları bileşenlerine ayırmak için basit veya karmaşık yöntemlerle laboratuvarda gerçekleştirilen bir tekniktir. Kağıt kromatografisi ve ince tabaka kromatografisinden, gaz kromatografisine kadar birçok farklı kromatografi türü vardır.

Kromatografi, ayrıştırılmak istenen bileşenin sabit bir faza eklenmesi ve bu sabit faz üzerinde akan bir başka hareketli faz sayesinde bileşenlerine ayrılması ilkesine dayanır. Bu ayırma işlemi üzerinde etkili olan faktörler; adsorbsiyon, katı ve sıvı fazlaların özellikleri, bileşenlerin moleküler ağırlıkları ve afinitelerindeki farklılıklardır. Bu farklılıklar nedeniyle kromatografide çalışılan karışımın bazı bileşenleri fazlar içinde daha yavaş, bazıları daha hızlı hareket eder. Bu sayede karışımın bileşenleri birbirinden ayrılmış olur.

Obezite, uzun süreli pozitif enerji dengesi nedeniyle gelişen aşırı yağlanmadan ötürü zaman içinde yapısal anormalliklere, fizyolojik bozukluklara ve işlevsel sorunlara yol açan, yaşam boyu süren, çok sebepli kronik bir hastalıktır.^[1][2][3] Obezite hastalığı diğer kronik hastalıklara yakalanma riskini artırmakta ve erken ölümle ilişkilendirilmektedir. Diğer kronik hastalıklarda olduğu gibi obezite de çoklu fenotipler, klinik tablolar ve tedavi yanıtları ile karakterize edilmektedir. Dünya Sağlık Örgütü, 1997 yılında obeziteyi resmen "küresel bir salgın hastalık" olarak kabul etmiştir.^[4]

Kişinin kilosunun boyunun karesine bölünmesiyle tespit edilen Vücut Kitle İndeksi (VKİ) 30 kg/m²'nin üzerinde olan insanlar obez olarak sınıflandırılır; 25-30 kg/m² aralığı aşırı kilolu olarak tanımlanır. Ancak Vücut Kitle İndeksi, yağ oranını tespit etmekte kullanılan hızlı bir metrikten ibarettir ve tanı koyma sırasında tek araç olarak görülmemelidir. Örneğin Vücut Kitle İndeksi, kas ile yağ kitlesi arasında ayırt etmediği için çok kaslı kişiler de obez olarak kategorize edilebilirler. Keza Vücut Kitle İndeksi beyaz Avrupalı erkeklere göre tasarlandığı için bütün dünyaya uymamaktadır; bu nedenle bazı Doğu Asya ülkeleri obeziteyi hesaplamak için daha düşük değerler kullanmaktadır.^[5]

Kol ve bacak kaslarınızda benzer proteinlerin olduğunu söylemem pek şaşırtıcı bir bilgi olmasa gerek. Komşunuzda da benzerlerinden var. Herhangi bir hayvanat bahçesindeki filde ve su aygırında da benzerlerinden vardı, belki bağırsağınızdaki bakterilerde de var!

Peki konu evrim olduğunda sıkça duyduğumuz -ama okul kitaplarında ya da Wikipedia’da pek okuyamadığımız- bu proteinlerin benzerliği mefhumu neyin nesi? Bu amaçla önce yeni bir proteinin şeklini deneysel olarak çözmeyi özetleyecek, sonra da proteinler arası benzerlikleri arama problemine bakacağız. Bunları kullanarak da protein veri tabanındaki türler arası protein benzerliklerine bakarak kendi evrim ağacımızı kendimiz çizeceğiz.