Gıda kaynaklı patojenler üzerine yapılan bilimsel çalışmalar, gıda güvenliği kurallarının temelini oluşturmaktadır. Genel olarak, iki tür araştırma bizi gıda güvenliği konusunda bilgilendirir. Bunların ilki, laboratuvar deneyleridir. Örneğin, laboratuvar deneyleri ile bir patojenin ne kadar ısı ile öldürüleceği ve zararsız hale getirileceği test edilebilir. Bu deneylerden elde edilen veriler, araştırılan patojenler hakkındaki temel gerçekleri yansıtır. İkinci tür araştırma ise, gıda kaynaklı hastalıkların sebep olduğu spesifik salgınların araştırılmasıdır.
Gıda güvenliği için kurallar belirlenirken "son sözü" bilimsel kanıtların söyleyeceğini düşünebilirsiniz; fakat aslında bilimsel kanıtlar, yalnızca birer başlangıçtır. Politikacılar; gelenek, kültürel eğilimler, politik çıkarlar ve endüstriden gelen baskılar da dahil olmak üzere birçok faktörü göz önünde bulundururlar. Gıda güvenliği düzenlemelerinin asıl amacı, bilimsel saflık değil, halk sağlığıdır. Bu yüzden bir dereceye kadar bu düzenleyici faktörleri uygulamak mantıklıdır. Ancak bu yaklaşım, bazen yemek seçimlerini sınırlayan, halkın kafasını karıştıran ve aşçıların yüksek kalitede yemek pişirmesini engelleyen keyfi ve bilimsel olarak savunulamaz kısıtlamalara yol açmaktadır.