Bir kararın ilk başı tek bir atomun hareketinden kaynaklanabilir. Örneğin tek bir atomun (veya en azından molekülün) yapısında meydana gelen bir değişim bir dizi zincirleme olayı başlatıp beyinde nöronların ateşlenmesine sebep olabilir. Ama çoğu zaman karar tetiklenmesini bu düzeyde tekil bir atoma indirgenmeye gerek olmuyor. Çok daha makro ölçekteki uyaranlar kararları rahatlıkla tetikleyebiliyor.
Aslında bu sorunun kalbinde yatan cevap, hangi zihin/sinirbilim felsefesini benimsediğinize bağlı: Eğer düalist bir dünya görüşüne sahipseniz, "ruh" gibi bir şeyin ilk emri verdiğini söyleyebilirsiniz. Ama ruh içinde ilk emri veren ne? Metafiziksel ruhun, fiziksel sinirlerle etkileşmesinin (ve tam tersinin) mekanizması ne? Ruhun "istemesi" ne demek? Ruhun neyi isteyip istemeyeceğini belirleyen ne?
Bu soruların test edilebilir birer cevabı olmadığı için, bilimde daha ziyade fizikalist bir görüş hakim. Buna göre insanların bir şeyleri istemesinin ana tetikleyicisi içsel ve dışsal bir dizi faktör olabilir. Örneğin vücudunuzda belli bir şeyin dengesinin değişmesi (mesela kanınızdaki pH veya glikoz değerinin değişmesi) bir sonra isteyeceğiniz şeyi belirleyebilir: Glikoz düşünce şekerli yiyeceklere yönelmek gibi... Keza biraz önce deneyimlediğiniz bir ses, bir koku, hatta daha önceden bir başka sebeple tetiklenmiş bir düşünceden arta kalanlar, bir sonraki saniye hangi nöronların ateşleneceğini belirleyebilir. Uyaransız bir karar/düşünce mümkün mü bu da net değil; çünkü yapılan deneyler, bilinçli düşüncelerimizin her zaman öncesinde gelen nöral faaliyetin bir sonucu olarak belirdiğini gösteriyor. Dolayısıyla tamamen vakumda, hiçbir öncülü olmayan bir düşünce tetiklenemiyor olabilir (veya tetikleniyorsa bile bunu izole etmek mümkün olmayabilir).
Bu içsel ve dışsal tetikleyicilere ek olarak, "bilinç" dediğimiz, beynimizdeki nöral ağın karmaşıklığından kendiliğinden beliren (buna "emergent property" diyoruz) bir karar mekanizması, bu arzulardan hangilerine cevap verileceği yönünde tercih beyan edebiliyor; ama bunun doğası henüz tam olarak çözülebilmiş değil. Örneğin bu "bilincin" kendisinin ne düzeyde deterministik olduğu (yani uyaranlardan sonucun kesin olarak çıkarsanıp çıkarsanamayacağı) belli değil. Dolayısıyla burada da "özgür irade" konusundaki felsefi tutumlar devreye giriyor:
- Kimine göre özgür irade diye bir şey yok ve sadece girdilere bakarak nöronların ne karar vereceğini %100 bilmek (teoride) mümkün.
- Kimine göre tamamen fizikalist bir karar mekanizması ("özgür irade") var ama bu tür bir irade, öngörülemez (mesela kuantumdaki gibi olasılıkçı doğaya sahip) tercihlere sahip olabilir.
- Kimine göreyse (başta da dediğim gibi) fiziksel olmayan bir ruh var ve özgür iradenin kaynağı da bu. Bunun fiziksel olmaması nedeniyle de kararların ne yönde olacağını sadece girdilerden bilmek imkansız.
Bilimde özgür iradenin varlığı konusu nihai olarak çözülebilmiş değil. Fizikalizm-düalizm tartışmasıysa (bilim özelinde) belirgin bir şekilde fizikalizmden yana ağır basıyor gözüküyor. Ama sinirbilim içerisinde tercihleri belirleyen kaynağı tamamen fiziksel olarak, alternatifleri kadar (belki onlardan daha fazla) tutarlı bir şekilde yanıtlandırmak mümkün (yukarıda bahsettiğim içsel ve dışsal girdiler ile).