Google DeepMind, biyoloji tahmin aracı AlphaFold'un sadece proteinlerin değil biyolojik yaşamın neredeyse tüm unsurlarının yapılarını tahmin edebilen geliştirilmiş bir versiyonunu yayınladı.

Bu gelişme, ilaç keşfini ve diğer bilimsel araştırmaları hızlandırabilir. Araç şu anda dayanıklı mahsullerden yeni aşılara kadar her şeyi tanımlamak için deneyler yapmak için kullanılıyor.

Kol ve bacak kaslarınızda benzer proteinlerin olduğunu söylemem pek şaşırtıcı bir bilgi olmasa gerek. Komşunuzda da benzerlerinden var. Herhangi bir hayvanat bahçesindeki filde ve su aygırında da benzerlerinden vardı, belki bağırsağınızdaki bakterilerde de var!

Peki konu evrim olduğunda sıkça duyduğumuz -ama okul kitaplarında ya da Wikipedia’da pek okuyamadığımız- bu proteinlerin benzerliği mefhumu neyin nesi? Bu amaçla önce yeni bir proteinin şeklini deneysel olarak çözmeyi özetleyecek, sonra da proteinler arası benzerlikleri arama problemine bakacağız. Bunları kullanarak da protein veri tabanındaki türler arası protein benzerliklerine bakarak kendi evrim ağacımızı kendimiz çizeceğiz.

16 Ocak 2003 tarihinde Doğu Standart Saati ile 10:39'da Columbia uzay mekiği Florida'daki Kennedy Uzay Merkezi'ndeki 39A pistinden havalandı. Kalkıştan bir buçuk dakika sonra, 81.7'inci saniyede, turuncu dış tanktan bir parça yalıtım köpüğü koptu ve saatte en az 640 km/saat hızla yörünge aracının sol kanadının ön kenarına çarptı. Columbia, sorunsuz bir şekilde yörüngeye doğru tırmanmaya devam etti.

Köpük çarpması canlı olarak gözlemlenmedi. Ancak mekik Dünya yörüngesine girdikten sonra NASA'nın fırlatma görüntülerini rutin olarak incelemesi sırasında kanadın isabet aldığı ortaya çıktı. Fırlatma sırasında köpük çarpması o kadar da nadir görülen bir olay değildi ve bu nedenle, mekik programı yöneticileri, Columbia'nın yörüngedeki fotoğraflarını çekip de olası bir hasarı görsel olarak değerlendirmeyi gerekli görmedi. Bunun yerine NASA'nın Enkaz Değerlendirme Ekibi köpük çarpmasını matematiksel olarak modelledi, ancak mekiğin kanadının durumu hakkında kesin bir sonuca ulaşamadı. Bunlar ışığında, göreve devam edildi.

Rosalind Elsie Franklin, 25 Temmuz 1920 tarihinde Londra’nın Notting Hill adlı kasabasında Ellis ve Muriel Franklin çiftinin beş çocuğundan ikincisi olarak dünyaya geldi. Annesi ve babası son derece eğitimli ve sosyal bilinci yüksek Yahudi ailelerinden geliyordu ve gerek dinlerine, gerekse Nazi Almanyası’ndan eziyet görmüş halklarına yardım etme içgüdülerine oldukça bağlılardı. Babası Ellis Arthur Franklin, azımsanamayacak boyuttaki aile servetini korumaya devam ederken, bir yandan da bankacılık yapmayı sürdürüyordu.

Rosalind sıra dışı bir çocuktu. Sürekli üç erkek kardeşiyle birlikte vakit geçirmesinden dolayı erkek çocukların ilgilendiği her türlü oyunla ilgileniyor, rekabeti her şeyden çok seviyordu. Yaşıtları gibi oyuncak bebeklerle oynamıyor, sürekli resim çiziyor, aletler icat ediyor ve yazı yazıyordu. Rosalind bu yeteneklerini, gelecekte moleküler modellerini ve ekipmanlarını yapmakta kullanacaktı. 

Sabah gün daha tam ağarmadan uyanmışsınız. Yağan yağmuru görüp hayıflanıyor, ne giymeniz gerektiğine karar vermeye çalışıyorsunuz. Geçici bir süreliğine girdiğinizi düşündüğünüz işte 5. yılınızı doldurmuşsunuz. Evden çıkmaya hazır hale geldiğiniz on beş dakika içinde aynı rutinler, aynı beğenmediğiniz sistem, aynı sıkıcı ve boş günlük yaşam meşgaleleri zihninize boca oluyor. Zaten kahvaltı yapmıyorsunuz. Giderken bir simit alır, iş yerinde de bir hazır kahve içersiniz olur biter. Esasında kahvaltıyı seviyorsunuz ama bu şekilde değil. Hafta sonundaki geç ve uzun kahvaltılara bayılıyorsunuz. Zaten düşündüğünüzde, yapmaktan zevk aldığınız hemen her şeyi hafta sonu yapıyorsunuz. O bile tam değil, çünkü pazar günü öğleden sonra başlayan pazartesi sendromu, o gününüzün de yarısını götürüyor.

“Bir buçuk gün” diye düşünüyorsunuz, “tüm hafta yaptığım her şey, katlandığım her şey, her sıkıntı bir buçuk günümü kazanmak için.”

Herhangi bir zamanda Amerika Birleşik Devletleri nüfusunun yaklaşık %10'u majör depresif bozuklukla (MDD) mücadele ederken insanların %20'si yaşamları boyunca bu bozukluğun belirtilerini gösterebiliyor.^[1]

Ancak bu kadar yaygın olmasına rağmen MDD tedavisinde kullanılan yöntemler, toplumun azımsanamayacak bir kesiminde yetersiz kalmaktadır. Standart tedavi yöntemi olan antidepresanlar, MDD hastalarının %30’unda etkili olmamaktadır.