İnsan kültürünün belki de en önemli parçası kitaplardır. Kitaplar sayesinde insanlık önceki nesillerin deneyimleyerek edindiği bilgiyi bir çırpıda öğrenir ve kendi yaşantısını bu bilgilerin üstüne inşa edip yaşamı süresince ona aktarılan bilgiyi bir kat daha arttırarak yeni nesillere aktarabilir. Kitapların avantajını gözden kaçırmak elde değil. Yeni yapılan bir epigenetik araştırma ise bu sistemin genomumuzdaki işleyişine odaklandı.

“Genler üstü genetik” anlamına gelen epigenetik, sistemin DNA’sında değişiklik meydana gelmemesine rağmen çevresel etmenler sonucu DNA’nın işlenişinde meydana gelen değişikliklerin kalıtsal olarak DNA üzerindeki genlerin farklı şekillerde ifade edilişini araştırır. Bunu bir benzetmeyle açacak olursak, DNA’mızı bin bir malzemeyle yani genlerle dolu olan bir buzdolabı olarak hayal edin. Her hücre kendine göre bir yemek yapacaktır ve her yemeğin kendine özgü malzemeleri ve bu malzemelerin karışma oranları vardır. Dolayısıyla vücudumuzda her hücre; hücre tipine, bulunduğu evreye ve çevresel etmenlere göre farklı yemekler yapacaktır. Her hücremizin ağzına kadar dolu olan bir buzdolabı olsa da belki de dolaptaki çoğu malzemeyi hiç kullanmayacaklardır. Bunun sonucunda gelişim süremizce farklılaşabilerek (ergenlikte üremeyle ilgili faaliyetlerin başlaması gibi) aynı zamanda farklılaşmış vücut hücrelerine de (saç,göz,diş vs.) sahip olabiliyoruz.

Paleontoloji literatüründe "Kambriyen Patlaması" olarak bilinen dönem (yaklaşık 541 milyon yıl önce), Dünya'daki yaşamın aniden ve çarpıcı bir şekilde çeşitlendiği bir aralığı tanımlar. Uzun bir mikrobiyal egemenliğin ardından, günümüzdeki birçok ana hayvan gruplarının ataları, jeolojik zaman ölçeğinde bir göz açıp kapama süresi sayılabilecek bu aralıkta ortaya çıkmıştır.

Literatürde ve çeşitli tartışma bloglarında bu patlama, yaratılışçı argümanları desteklemek için sıklıkla Evrim Teorisi'ne karşı bir argüman olarak sunulsa da bilimsel veriler bunun bir yoktan varoluş olmadığını göstermektedir. Aksine bu olay, değişen ekolojik koşulların tetiklediği hızlı bir evrimsel çeşitlenmedir. Bu nedenle sorulması gereken soru "Neden bu kadar çok tür ortaya çıktı?" değil, "Bu türlerin bu kadar hızlı ve radikal biçimlerde evrimleşmesini tetikleyen çevresel veya ekolojik baskı neydi?" olmalıdır.

Evrimsel biyolojinin bize açtığı en temel ufuğun, var olmuş, var olan ve var olacak tüm canlıların birbiriyle akraba olduğu gerçeği olduğunu biliyoruz. Evet, türlerin birbirleriyle akraba olduklarını bilmek önemli bir adım; ancak bu akrabalık ilişkilerini nasıl göstereceğiz? İşte burada bilimsel bir metodolojinin takip edilmesi gerekmektedir. Bu makalemizde sizlere en ilkin evrim ağacı oluşturma ve filogeni yaratma yöntemlerinden birini adım adım öğretmeye çalışacağız. Bu analizimizde genlere ve daha kapsamlı analizlere girmeyecek, sadece elinizde belli sayıda tür varken, bunları dış görünümlerine bakarak hangi sırayla evrimleştiklerini ve birbirleriyle olan akrabalık ilişkilerini bir evrim ağacı üzerinde gösterebilmenizi sağlayacak kadar bilgi vereceğiz. Dolayısıyla biliniz ki modern evrimsel biyolojide burada öğreteceklerimizden kat kat daha derin ve kapsamlı yöntemler kullanılmaktadır; ancak bunlardan en basitini öğrenmenin, evrimle ilgilenen birçok kişi için faydalı bir bilgi olacağını düşünüyoruz. 

Giriş kısmında da belirttiğimiz gibi, burada göstereceğimiz analiz genetikte pek doğrudan kullanılmamaktadır. Bizler genlere değil, canlıların dış görünümlerine bakarak bir sınıflandırma yapacağız. Bu, gerçek analizlerin isabetliliğinden farklı sonuçlar verebilir. Çünkü dış görünüm aldatıcıdır. Birbirinden tamamen farklı gözüken canlılar aynı türün bireyleri olabileceği gibi, birbirlerinin tıpatıp aynısı gözüken canlılar evrim ağacının iki apayrı dalı üzerinde bulunuyor olabilir. Örneğin taksonominin babası olarak bilinen Linne bile, sadece dış görünüşlere bakarak sınıflandırma yaptığı için, Agelaius phoenicus türünün erkeği ile dişisini birbirinden farklı türler olarak sınıflandırmış ve büyük bir hataya düşmüştü. Çünkü bu kuş türünün iki cinsiyeti birbirinden tamamen farklı gözükmektedir; ancak aslında aynı türe aittirler. Benzer bir şekilde, Microcebus cinsine ait lemurların bazıları farelere büyük oranda benzemektedirler. Çok dikkatli yapılmayan bir analizde bu iki tür kolayca birbirine yakın akraba olarak kabul edilebilecektir. Ancak genetik analizler sayesinde emin olabilmekteyiz ki, fareler ile lemurlar evrim ağacının iki ayrı dalında yer almaktadırlar. 

Okullardaki tarih kitaplarının içeriğini hatırlayın; eğitim süreci içinde size öğretilen tarih sanat tarihi ya da bilim tarihi değil, ağırlıklı olarak savaş tarihidir. İnsanlık tarihi gerçekten de büyük savaşlar ve katliamlarla doludur. İnsanlığın tuttuğu kayıtların atılım yapması dolayısıyla yirminci yüzyıl içinde yer alan bu korkunç şiddet olaylarına daha detaylı olarak tanıklık etmekteyiz. Görsel ve işitsel belgeler, savaşların ve katliamların sarsıcı dehşetine ilişkin bizlere daha çok bilgi veriyor.

Örneğin Japonya’nın, Nanking Katliamı’nda 300.000’den fazla sivili öldürdüğünü biliyoruz. Sovyet askerlerinin Doğu Avrupa’da en azından binlerce, potansiyel olaraksa yüz binlerce kadına tecavüz ettiğinden haberdarız (Rzheshevsky, 2002), (Beevor, 2002). ABD tarafından Hiroshima ve Nagazaki’ye atılan atom bombalarının yüz binlerce insanın ölümüne, daha fazlasının ise sakat kalmasına neden olduğuna tüm dünya şahit oldu.