Bilim iletişiminin ve bilim felsefesinin en önemli konularından birisi, bilimsel argümanların seviye ve niteliğini doğru bir şekilde belirleyebilmektir. Burada karşımıza kanun, yasa, olgu, ilke, prensip, gözlem, kanıt, bulgu, veri, hipotez, teori gibi çok sayıda terim çıkmaktadır ve bunların hiçbiri, keskin sınırlarla tanımlanmamış olduğu için, ne anlamlara geldikleri net bir şekilde bilinememektedir. Buna ek olarak, bilim camiasında bir sözcüğün kullanılma biçimiyle, halk arasında bir sözcüğün kullanılma biçimi köklü bir şekilde farklı olabilmektedir (göreceğimiz gibi, kimi durumda zıt anlamlı bile olabilmektedir!). Bunun üstüne bir de, bilimi çarpıtma yoluyla kazanç sağlamayı hedefleyen kötü niyetli tarafların yaydıkları yalanlar da eklenince, halkın bilimsel bilginin nasıl organize edildiğini anlaması iyice zorlaşmaktadır.

Elbette, işin bir de coğrafi problemleri mevcuttur: Eğitim sistemlerinin modern bilim terminolojisini yakından takip etmemesi ve modern çağın geri kalmasından ötürü, aynı eğitim sisteminden geçen kişiler tamamen hatalı yargılara varabilirler. Bunlara bir örnek, ülkemizde uzun süreler öğretilen "Hipotezler kanıtlanınca teori olurlar, teoriler daha da çok kanıtlanıp kabul görünce kanun olurlar." şeklindeki tamamen hatalı bilimsel yaklaşımdır.

Evrimsel biyolojinin bize açtığı en temel ufuğun, var olmuş, var olan ve var olacak tüm canlıların birbiriyle akraba olduğu gerçeği olduğunu biliyoruz. Evet, türlerin birbirleriyle akraba olduklarını bilmek önemli bir adım; ancak bu akrabalık ilişkilerini nasıl göstereceğiz? İşte burada bilimsel bir metodolojinin takip edilmesi gerekmektedir. Bu makalemizde sizlere en ilkin evrim ağacı oluşturma ve filogeni yaratma yöntemlerinden birini adım adım öğretmeye çalışacağız. Bu analizimizde genlere ve daha kapsamlı analizlere girmeyecek, sadece elinizde belli sayıda tür varken, bunları dış görünümlerine bakarak hangi sırayla evrimleştiklerini ve birbirleriyle olan akrabalık ilişkilerini bir evrim ağacı üzerinde gösterebilmenizi sağlayacak kadar bilgi vereceğiz. Dolayısıyla biliniz ki modern evrimsel biyolojide burada öğreteceklerimizden kat kat daha derin ve kapsamlı yöntemler kullanılmaktadır; ancak bunlardan en basitini öğrenmenin, evrimle ilgilenen birçok kişi için faydalı bir bilgi olacağını düşünüyoruz. 

Giriş kısmında da belirttiğimiz gibi, burada göstereceğimiz analiz genetikte pek doğrudan kullanılmamaktadır. Bizler genlere değil, canlıların dış görünümlerine bakarak bir sınıflandırma yapacağız. Bu, gerçek analizlerin isabetliliğinden farklı sonuçlar verebilir. Çünkü dış görünüm aldatıcıdır. Birbirinden tamamen farklı gözüken canlılar aynı türün bireyleri olabileceği gibi, birbirlerinin tıpatıp aynısı gözüken canlılar evrim ağacının iki apayrı dalı üzerinde bulunuyor olabilir. Örneğin taksonominin babası olarak bilinen Linne bile, sadece dış görünüşlere bakarak sınıflandırma yaptığı için, Agelaius phoenicus türünün erkeği ile dişisini birbirinden farklı türler olarak sınıflandırmış ve büyük bir hataya düşmüştü. Çünkü bu kuş türünün iki cinsiyeti birbirinden tamamen farklı gözükmektedir; ancak aslında aynı türe aittirler. Benzer bir şekilde, Microcebus cinsine ait lemurların bazıları farelere büyük oranda benzemektedirler. Çok dikkatli yapılmayan bir analizde bu iki tür kolayca birbirine yakın akraba olarak kabul edilebilecektir. Ancak genetik analizler sayesinde emin olabilmekteyiz ki, fareler ile lemurlar evrim ağacının iki ayrı dalında yer almaktadırlar. 

Net pozitif, bir varlığın -genellikle belirli bir alanda- toplam etkisinin, negatif etkilerinden daha fazla pozitif etki yaratması durumunu ifade eder. Net pozitif, bireylerden kuruluşlara kadar pek çok farklı birime uygulanabileceği gibi çevre, sosyal ilişkiler gibi farklı alanlara da uygulanabilir.

Örneğin çevre bağlamında net pozitif; şirketlerin çevreye zarar vermekten çok, çevreyi iyileştirmek için katkıda bulunmalarını içerebilir. Benzer şekilde arkadaşlık ilişkileri bağlamında net pozitif, insanların arkadaşlarından talep ettikleri yardımdan daha fazlasını onlara sunması demektir.

Metafizik, günümüzde felsefedeki anlamından farklı imalara sahip olan bir terim. Günlük hayatta metafizik denince pek çok insanın aklına gelen ilk şeyin fizikötesi, doğaüstü, mistik, okültist, ‘uçuk kaçık’ şeyler olduğunu söyleyebiliriz. Bu nedenle felsefeyle ilgilenen biri metafizik çalıştığını söylediği zaman birbirine zıt iki tür tepki geldiğini görüyoruz. Ya bu kişinin saçma sapan şeylerle uğraştığı, bir tür bilim karşıtı olduğu ve ‘uçuk’ bir takım inançlara sahip olduğu düşünülüyor; ya da metafiziğin gündelik hayattaki anlamına sıcak bakan insanlar bu kişiyi ‘kendilerinden biri olduğu’ düşünülüyor.

Ancak felsefedeki anlamıyla metafizik böyle bir şey değil. Burada metafizik teriminin gündelik kullanımının yanlış olduğunu ve felsefedeki kullanımının doğru olduğunu söylemek istemiyoruz. Sadece bu yazıda kastettiğimiz anlamıyla metafiziğin farklı bir şey olduğunu söylüyoruz. Ancak kastettiğimiz şey bir metafizikçinin doğaüstü inançlarının olamayacağı ya da bilim karşıtlığı yapamayacağı da değil. Kastettiğimiz şey, bunların felsefedeki anlamıyla metafiziğin asli unsurları olmadıkları...

Bu makalemizde, 1 Aralık Dünya AIDS Günü'nün başrol oyuncusu ve Dünya çapında 30 milyon insanın katili, 34 milyon insanınsa tehdit unsuru olan AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome: Edinsel Bağışıklık Yetmezliği Sendromu) hastalığının kaynağı HIV (Human Immunodeficiency Virüs: İnsan Bağışıklık Yetmezliği Virüsü) isimli virüsü tanıyacağız ve bu virüsün evrim açısından önemini göreceğiz. Umuyoruz ki hepinize faydalı olacaktır. 

HIV isimli virüs ("HIV virüsü" kullanımı edebi olarak yanlıştır), Lentivirus isimli bir cinsin altında bulunan bir virüs türüdür. Esasında virüsler, zorunlu hücre içi parazitleridir. Nükleik asitleri ya (tek/çift iplik) DNA ya da (tek/çift iplik) RNA'dan oluşur. DNA ve RNA beraber bulunmaz. En içerde nükleik asit ve onu saran, koruyan, morfolojisini veren kapsid (kılıf) bulunur. Bütün virüsler kendi kapsid proteinlerini kodlarlar. Birçok kaynak tarafından "cansızlıktan canlılığa geçiş" veya "canlılık özelliği gösteren ama canlı olmayan biyokimyasal moleküller" şeklinde tanımlanır. Aynı zamanda birçok mikrobiyoloji/viroloji kaynağında da "hücresel olmayan yaşam" veya "psödo (yalancı) canlı" gibi ifadeler kullanılabilir. Ancak genetik materyallerinin bulunuyor olması, onların taksonomik olarak sınıflandırılabilmesini sağlamaktadır. Bu yüzden, onların da kendi evrimsel geçmişleri analiz edilebilmekte ve sınıflandırmaları yapılabilmektedir.

İskelet kasları (veya kısaca "kaslar"), omurgalı hayvanların kas sisteminde bulunan organlardır ve iskeleti oluşturan kemiklere genellikle tendonlar aracılığıyla bağlanırlar. Kas hücreleri, kas dokusunu oluşturan diğer hücrelerden çok daha uzundur ve genellikle kas ipliği (fiberi) olarak bilinir. İskelet kaslarımızı oluşturan dokular, sarkomer adı verilen fonksiyonel birimlerin ince ve uzun olmasından ötürü çizgili bir görünüme sahiptir ve bu nedenle çizgili kaslar olarak da bilinirler.

Çevresel sinir sisteminin bir bölümü olan somatik sinir sistemi, iskelet kaslarımızı kontrol eder ve istemli olarak kasılıp gevşemelerini sağlar. Çevresel sinir sisteminin bir diğer bölümü olan otonom sinir sistemi ise çizgili olmayan (düz) kaslarımızı kontrol eder ve istemsiz olarak çalışmalarını sağlar. Çizgili kaslardan oluşmasına rağmen istem dışı kasılıp gevşeyen tek kas kalp kasımızdır.