Lenski'nın uzun dönem evrim deneyinde sadece mutasyon ve doğal seçilim mekanizmaları ile evrim deneylendi. Tabii ki faydalı ve zararlı mutasyonlar da vardı deneyde.
"(...)
Her ne kadar deneyde 12 soy hattının hiçbiri yok olmadıysa da, bunlardan 4'ünde DNA tamiri konusunda zararlı mutasyonlar meydana geldi. Bu oldukça ilginç bir sonuçtur, çünkü DNA tamirinin düzgün yapılamıyor olması, ilk bakışta son derece tehlikeli gözükmektedir. Ne var ki bu durum bile evrim tarafından avantajlı hale dönüştürülebilmektedir. Örneğin bu 4 soy hattında DNA tamirinin bozulması, bu nesillerde çok daha fazla mutasyon meydana gelmesine sebep oldu. Hatta öylesine hızlı mutasyonlar meydana geliyordu ki, bir gen bir mutasyon nedeniyle bozulsa da, yeni bir mutasyonla eski haline dönebiliyordu! Lenski, 20.000 nesil sonunda toplamda yüz milyonlarca nokta mutasyonu meydana geldiğini; ancak bunların 10 ila 20 tanesinin popülasyon içerisinde fayda sağladığı için sabitlendiğini ve toplamda, nötr mutasyonlarla birlikte kolonilerde 100 mutasyonun sabitlendiğini (popülasyon için norm haline geldiğini) tespit etmiştir. Bir diğer deyişle, zararlı mutasyonların hepsi, hızla popülasyondan elenmiştir.
2008 yılında ise Lenski ve arkadaşları çok daha ciddi, önemli ve heyecan verici bir adaptasyon keşfettiler. Bu adaptasyon, 12 popülasyondan sadece 1'inde meydana gelmişti: Bir soy hattındaki E. coli bakterileri, oksijenli ortamda olmalarına rağmen sitrat moleküllerini hücre içerisine alıp sindirerek enerji üretmeyi başaracak şekilde evrimleştiler!
(...)
20.000'inci nesilden önce aldıkları hiçbir bakteri, sitratı oksijenli ortamda sindirme özelliği evrimleştiremiyordu. Dolayısıyla 20.000'inci nesil civarında meydana gelen bir diğer mutasyon, sitratın sindirimine neden olan ikincil mutasyonun meydana gelme şansını arttırıyor olmalıydı. Gerçekten de, yaptıkları daha detaylı araştırmalar sonucunda deneyin başlangıcından 20.000 nesilden sonra meydana gelen bir ön-faydalı-mutasyonun sitrat sindirimine neden olan mutasyonu tetiklediğini keşfettiler.
Bu, şu demektir: Bu mutasyon, sitratı sindirebilmeye sebep olan ikinci mutasyonun gerçekleşme şansını arttırmaktadır. Dolayısıyla bu ilk mutasyonu geçiren bireyler, sitratı oksijenli ortamda da kolayca sindirebilmelerine sebep olacak mutasyona da açık olmaktadırlar. Ancak bu ilk mutasyona sahip olmayan bireylerin, tek seferde bu ana mutasyona ulaşmaları o kadar düşük bir ihtimaldir ki, hiçbir zaman gerçekleşmez. Ancak bir kere ilk mutasyon gerçekleşti mi, devasa önemdeki bir olayın gerçekleşmesini sağlayan ikinci mutasyon kolayca gerçekleşebilmektedir.
Lenski burada da durmadı ve sitrat sindiriminin evrimleştiği soy hattındaki (Ara(-)3 soy hattı) fosil kayıtlarındaki farklı zaman dilimlerinden aldıkları 29 bakterinin genomlarını tamamiyle, baştan sona diziledi. Daha sonra, bu canlıların evrimsel tarihini ortaya döktüler ve filogenetik bir harita (bir "Evrim Ağacı") oluşturmayı başardılar. Cit(+) adı verilen, oksijenli ortamda da sitratı sindirebilen bakteriler, bu filogenetik haritadaki 3 kladdan (alttür grubundan) sadece bir noktada evrimleşmişti (buna "Klad 3" adını verdiler). Bu araştırma, daha da ilginç bir sonucu doğurdu: Aslında sitrat sindirimini mümkün kılan mutasyonun şansını arttıran mutasyon, diğer 2 kladda da bulunuyordu. Fakat sitrat sindirimi sadece 3. kladda evrimleşiyordu. Daha dikkatli bir inceleme, aslında bu söz konusu özelliği ortaya çıkaran mutasyonun öncülü olan 1 değil, 2 farklı mutasyon olduğunu ortaya koydu. Yani oksijenli ortamda sitrat sindirme yeteneğini kazandıran mutasyon, kendinden önce gelen 2 mutasyon sayesinde hızla ortaya çıkabiliyordu. Bu durum, nötral mutasyonların bir araya gelerek evrime yön verebileceğine dair harika bir örnek teşkil etmektedir.
(...)"
