Paylaşım Yap
Tüm Reklamları Kapat
Tüm Reklamları Kapat

Kaostan Doğan Yeni Hücre Düzeni: Yoğuşma Bölgelerinin Keşfi Sayesinde, Yaşamın Kaotik Kimyası Baştan Keşfediliyor!

Kaostan Doğan Yeni Hücre Düzeni: Yoğuşma Bölgelerinin Keşfi Sayesinde, Yaşamın Kaotik Kimyası Baştan Keşfediliyor! Medical News Today
19 dakika
1,123

Dünya üzerindeki herkesin Utah’taki Büyük Tuz Gölü’nde toplandığını düşünün. Herkes omuz omuza sıkışmış; ancak yine de etrafta koşturmaya çalışıyor. Dresden’deki Max Planck Moleküler Hücre Biyolojisi ve Genetiği Enstitüsünde hücre biyoloğu olan Anthony Hyman, bu düşüncenin hücre içerisindeki 5 milyar kadar proteinin davranışlarını anlamak konusunda bize yardımcı olabileceğini düşünüyor.

Hücrenin sitoplazma içerisinde büyüme, bölünme ve yaşama faaliyetlerini sürdürebilmesi için bir şekilde enzimlerin substratlarıyla, sinyal moleküllerinin de reseptörleriyle buluşması gerekir. Eğer hücre içerisindeki yoğuşmuş damlacıklar sitoplazmaya homojen olarak dağılırsa, moleküller arası etkileşimlerin gerçekleşmesi oldukça zor olacaktır. Bu nedenle biyomoleküller, hücre içerisinde eşit oranda dağılmamıştır. Zara bağlı organeller; molekülleri gruplara ayrıştırmak, kimyasal süreçlerin yönetimini düzenleyecek yüzeyler sağlamak ve hücrenin enerji kaynağı olan ATP’yi üretmek gibi bazı hücresel işlevlerin kontrol edilmesinden sorumludur. Ancak bilim insanlarının yeni yeni anlamaya başladığı üzere bu süreçler, hücresel düzenin kaynaklarından sadece birisidir.

Tüm Reklamları Kapat

Yeni Hücresel Düzen
Yeni Hücresel Düzen
Quanta Magazine

Yapılan son araştırmalar, bazı proteinlerin hücre içindeki damlacıkların oluşumu ve çözünmesi arasındaki geçişleri dengeleyen moleküler kuvvetlere yanıt olarak geçici bir süreliğine ve kendiliğinden yoğuşmuş bölgelerde topladıklarını gösterdi. Zarsız organel olarak da adlandırılan yoğuşmuş bölgeler, belirli proteinleri sitoplazmanın kalanından ayırabilir, istenmeyen biyokimyasal reaksiyonların engellenmesini ve gerekli olanların büyük ölçüde artırılmasını sağlayabilir. Bu keşifler, hücresel düzenin nasıl işlediğine dair temel anlayışımızı değiştirmektedir.

Örneğin yoğuşmuş bölgeler, birçok hücresel sürecin hızını ölçmemize yardımcı olabilir. Anthony Hyman bu düzeni şöyle anlatıyor:

Tüm Reklamları Kapat

Yoğuşmuş bölgelerle ilgili anlamamız gereken en önemli şey; bu bölgelerin bir fabrika gibi değil, daha çok eğlence için toplanan anlık bir kalabalık (İng: "flash mob") gibi olduğudur. Radyoyu açtığınızda herkes bir araya gelir, kapattığınızda ise herkes kaybolur.

Berkeley’deki Kaliforniya Üniversitesi ve Lawrence Berkeley Ulusal Laboratuvarında hücre biyoloğu olan Gary Karpen, bu mekanizmanın hassas bir şekilde düzenlenebileceğini söylüyor. Ayrıca yoğuşmuş bölgelerin şekillenebileceğini, sadece molekül yoğunlukları değiştirilerek kolayca çözülebileceğini ve proteinleri kimyasal olarak değiştirebileceğini de düşünüyor. Bu hassasiyet, gen ifadesi dahil olmak üzere bir dizi olgu üzerinde kontrol sağlanmasına yardımcı olmaktadır.

Bu mekanizmaya dair ilk bulgulara 2008 yılının yazında ulaşıldı. Bu sırada Hyman ve o zamanlar doktora sonrası meslektaşı, şimdi ise Princeton Üniversitesinde Howard Hughes Tıp Enstitüsü araştırmacılarından olan Cliff Brangwynne, ünlü Deniz Biyolojisi Laboratuvarı'nın fizyoloji derslerini veriyor ve Caenorhabditis elegans yani yassı solucanın embriyonik gelişimini inceliyordu. Hyman, Brangwynne ve öğrencileri; döllenmiş solucan yumurtasındaki RNA kümelerinin birbirlerinden ayrılabilen veya birbirlerine yapışabilen damlacıklar oluşturduğunu gözlemlediğinde Hyman ve Brangwynne, "P granülleri" olarak isimlendirdikleri bu yapıların tıpkı sirke içerisindeki yağ damlacıkları gibi sitoplazmada faz ayrışması ile oluştuğunu varsaydı.

Çekirdek içerisindeki en büyük yapı olan çekirdekçik, iç yapısıyla yoğuşmuş bir bölgedir. Kurbağa hücrelerinin çekirdekçiklerinde farklı proteinlerin yoğuşması, lekeli ve kümeli bir yapı oluşturur.
Çekirdek içerisindeki en büyük yapı olan çekirdekçik, iç yapısıyla yoğuşmuş bir bölgedir. Kurbağa hücrelerinin çekirdekçiklerinde farklı proteinlerin yoğuşması, lekeli ve kümeli bir yapı oluşturur.
Brangwynne Lab

2009 yılında Science dergisinde yayınlanan yeni hücresel düzen hipotezi pek ilgi çekmemişti.[1] 2012 yılına gelindiğinde, Texas Southwestern Tıp Merkezi Üniversitesi'ndeki Micheal Rosen’in laboratuvarında yapılan hücredeki sinyalleşme proteinlerinin de faz ayrışması sergilediği gözlenen önemli deneyin de dahil olduğu çok sayıda çalışma yapılmaya başlandı.[2] 2015 itibariyle ise bu alandaki çalışmalar oldukça arttı. O zamandan beri, hem elastik hem akışkan özellikleri olan bu sıvı-benzeri hücre bölgeleri üzerine dikkate değer miktarda çalışma yayınlandı.

Reklam
Yılbaşı indirimi başladı! NordVPN’de %63 indirim
1 ve 2 yıllık planlarla 3 ay ÜCRETSİZ kullanın
  • Önde gelen VPN hizmetini edinin
  • Dosya indirirken kötü amaçlı yazılımları tespit edin
  • Parolalarınızı ve dosyalarınızı koruyun
Fırsatı Yakalayın
30 günlük para iadesi garantisi

Gelişmiş hücrelerde faz ayrışması, proteinleri ve diğer molekülleri sıvı damlacıklarda birikmeye veya çeşitli işlevlere sahip yoğuşmalara yönlendirir. Bu görselde bazı yoğuşma çeşitleri gösterilmiştir.
Gelişmiş hücrelerde faz ayrışması, proteinleri ve diğer molekülleri sıvı damlacıklarda birikmeye veya çeşitli işlevlere sahip yoğuşmalara yönlendirir. Bu görselde bazı yoğuşma çeşitleri gösterilmiştir.
Nature Reviews

Günümüzde hücre biyologları, hücre içerisinde araştırdıkları her yerde yoğuşmalar olduğunu görüyor. Gen ekspresyonunun düzenlenmesi, mitotik iğ ipliklerinin oluşumu, ribozom oluşumu ve faaliyeti, çekirdek ve sitoplazmadaki birçok hücresel süreç bunlardan sadece birkaçı. Bu yoğuşma olgusu, yeni olduğu kadar düşündürücü de... Moleküllerin kolektif davranışlarının, o moleküllerin işlevlerini etkilediği fikri, yoğuşma biyolojisinin merkezindeki düşünce haline geldi.

Yoğuşma biyolojisi, anahtar-kilit modeline uyan biyokimyasal ajan çiftleriyle kesin bir tezat oluşturmaktadır. Hâlâ araştırmacılar, ortaya çıkan yeni özelliklerin işlevselliğini nasıl araştıracaklarını düşünüyorlar. Bir hücredeki küçük damlacıkların viskozitesini ve diğer özelliklerini ölçebilmek için yeni tekniklerin geliştirilmesi gerekecek gibi duruyor.

Damlacıkların Oluşumunu Ne Yönlendiriyor?

Biyologlar, canlı hücrelerde yoğuşmanın arkasındaki faz ayrımı olgusunu yönlendiren şeyin ne olduğunu açıklamaya çalıştıkları ilk zamanlarda, proteinlerin yapısı araştırmaya başlamak için elverişli görünüyordu. Paketlenmiş proteinler, tipik olarak hidrofilik ve hidrofobik amino asitlerin bir karışımına sahiptir. Hidrofobik amino asitler kendilerini protein kıvrımlarının içerisine, sudan uzağa gömmeye eğilimliyken; hidrofilik amino asitler ise yüzeye yerleşir. Bu hidrofilik ve hidrofobik amino asitler, proteinlerin katlanma şekli ve yöntemine karar verir.

Bazı protein zincirleri nispeten az sayıda hidrofobik amino asit içerir ve bu nedenle katlanmak için yönlendirilmezler. Bunun yerine doğası gereği düzensiz olan bu proteinler -IDP’ler- şekil olarak dalgalanır ve çok sayıda zayıf etkileşim kurar. Uzun bir süre IDP etkileşimlerinin sıvı benzeri damlacık oluşumunun en iyi açıklaması olduğu düşünülmüştü.

Geçtiğimiz yıl Brangwynne, IPD’lerin önemli olduğuna ancak gereğinden fazla vurgulandığına dair birkaç makale yayınladı. Brangwyne yoğuşmuş bölgelerde yer alan çoğu proteinin, bazı yapılandırılmış alanlarla ve bazı düzensiz bölgelerle ortak bir mimariye sahip olduğunu söylüyor. Yoğuşmuş bölgelerin oluşabilmesi için moleküller arasında çok sayıda zayıf etkileşimin oluşması veya oligomerizasyon gereklidir.

Tüm Reklamları Kapat

Oligomerizasyon, proteinler birbirine bağlandığında ve oligomer olarak adlandırılan tekrar eden birimlerle daha büyük kompleksler oluşturma sürecidir. Protein yoğunluğu arttıkça faz ayrışması ve oligomer oluşumu da artar. Brangwynne aralık ayında Amerikan Hücre Biyolojisi Topluluğu toplantısında, oligomer yoğunluğu arttıkça etkileşimlerin gücünün sonunda çekirdeklenme bariyerini yani sitoplazmanın geri kalanından ayıran yüzeyi oluşturmak için gereken enerjiyi aştığını açıkladı. Bu noktada proteinler, kendilerini bir damlacık içerisinde bulundurmaya başlıyorlardı.

Yoğuşmuş bölgeler yassı solucanda yeşil noktalar halinde görülmektedir. Her hücre, boyutundan bağımsız olarak tek bir çekirdekçiğe sahiptir. Son araştırmalar, çekirdekçiğin büyüklüğünün hücredeki çekirdek proteinlerin yoğunluğuna bağlı olduğunu gösterdi.
Yoğuşmuş bölgeler yassı solucanda yeşil noktalar halinde görülmektedir. Her hücre, boyutundan bağımsız olarak tek bir çekirdekçiğe sahiptir. Son araştırmalar, çekirdekçiğin büyüklüğünün hücredeki çekirdek proteinlerin yoğunluğuna bağlı olduğunu gösterdi.
Quanta Magazine

Geçtiğimiz beş yılda araştırmacılar, zayıf fiziksel ve kimyasal kuvvetlerin proteinlerin kolektif davranışını nasıl ortaya çıkardığını anlama konusunda büyük ilerleme kaydettiler. Ancak günümüzde hâlâ hücrelerin büyüyüp bölünmek için bu fenomeni nasıl kullandığı, hatta kullanıp kullanmadığı hakkındaki tartışmalar devam etmektedir.

Yoğuşma ve Gen İfadesi

Yoğuşmalar, hücre biyolojisinin birçok alanıyla ilgili olsa da gen ekspresyonu ve protein sentezi konularında oldukça önemli bir yere sahiptir.

Ribozomlar hücrenin protein sentezleyen fabrikalarıdır ve hücredeki sayıları genellikle hücrenin büyüme hızını sınırlar. Bragwynne ve çalışma grubu, hızlı büyüyen hücrelerin çekirdek içindeki en büyük yoğuşmadan yani çekirdekçikten yardım aldıklarını iddia ediyorlar. Çekirdekçik, spesifik transkripsiyon enzimi olan RNA polimeraz-1 dahil olmak üzere transkripsiyon için gerekli tüm yapıları toplayarak ribozomal RNA’ların seri bir şekilde üretimini başlatır.

Tüm Reklamları Kapat

Birkaç yıl önce Bragnwynne ve o zamanlar doktora öğrencisi şu an ise Montreal’deki McGill Üniversitesinde yardımcı doçent olan Stephanie Weber, Caenorhabditis elegans yani yassı solucan embriyolarının erken fazında çekirdekçiğin büyüklüğünün dolayısıyla ribozomal RNA sentez hızının nasıl kontrol edildiğini araştırdı. Anne solucandan her embriyoya yaklaşık olarak aynı sayıda protein aktarıldığından, küçük embriyolar yüksek protein yoğunluğuna, büyük embriyolar ise düşük protein yoğunluğuna sahip oluyordu. Araştırmacıların 2015 yılında Current Biology makalesinde bildirdiği gibi çekirdekçiklerin boyutu yoğuşmaya bağlıdır.[3] Küçük hücreler, büyük çekirdekçiklere; büyük hücreler, küçük çekirdekçiklere sahiptir.

Princeton Üniversitesinden Cliff Brangwynne, yoğuşma fenomeninin, proteinlerin tekrarlayan alt birimlerle büyük kompleksler halinde birbirine bağlandığı oligomerizasyon sürecinden kaynaklanabileceğini savunuyor.
Princeton Üniversitesinden Cliff Brangwynne, yoğuşma fenomeninin, proteinlerin tekrarlayan alt birimlerle büyük kompleksler halinde birbirine bağlandığı oligomerizasyon sürecinden kaynaklanabileceğini savunuyor.
Macfound

Brangwynne ve Weber, yapay olarak hücrelerin boyutunu değiştirerek protein yoğunluğunu ve ortaya çıkan çekirdekçiklerin boyutunu da değiştirebileceklerini keşfettiler. Yoğunluğu kritik eşiğin altına düşürdüklerinde ise faz ayrışması veya çekirdekçik oluşumu olmadığını gözlemlediler. Araştırmacılar, hücrelerdeki çekirdekçiklerin boyutunu tam olarak tahmin edebilen yoğuşmanın fiziğine dayalı matematiksel bir model geliştirdiler.

Şu anda Weber, daha küçük hücrelere sahip ve zara bağlı bölümleri olmayan bakterilerdeki yoğuşmalar üzerine çalışıyor ve yoğuşmanın bölümlendirme için oldukça önemli bir mekanizma olduğunu düşünüyor.

Bu görüntü dizisinde, çözeltideki saflaştırılmış bakteriyel transkripsiyon faktörü daha sonra küresel damlacıklar halinde yoğuşarak bir sıvı gibi davranır. Araştırmacılar yoğuşmaların bakteri hücrelerinin yanı sıra ökaryotik hücrelerin düzenlenmesinde rol oynayıp oynamadığını araştırıyor.
Bu görüntü dizisinde, çözeltideki saflaştırılmış bakteriyel transkripsiyon faktörü daha sonra küresel damlacıklar halinde yoğuşarak bir sıvı gibi davranır. Araştırmacılar yoğuşmaların bakteri hücrelerinin yanı sıra ökaryotik hücrelerin düzenlenmesinde rol oynayıp oynamadığını araştırıyor.
Quantamagazine

Geçtiğimiz yaz yayınladığı bir makalede Weber, yavaş büyüyen E. coli bakterilerinde RNA polimeraz enziminin homojen olarak dağıtıldığını; hızlı büyüyen E.coli bakterilerinde ise damlacıklar halinde kümelendiğini gösterdi.[4] Hızlı büyüyen hücrelerin ribozomal RNA’yı verimli bir şekilde sentezleyebilmesi için RNA polimerazın ribozomal genler etrafında yoğuşması gerekiyor olabilir.

Tüm Reklamları Kapat

Agora Bilim Pazarı
Homo Deus: Yarının Kısa Bir Tarihi

Hayvanlardan Tanrılara Sapiens kitabıyla insan türünün dünyaya nasıl egemen olduğunu anlatan Harari, Homo Deus`ta çarpıcı öngörüleriyle yarınımızı ele alıyor. İnsanlığın ölümsüzlük, mutluluk ve tanrısallık peşindeki yolculuğunu bilim, tarih ve felsefe ışığında incelediği bu çalışmasında, insanın bambaşka bir türe, Homo deus`a evrildiği bir gelecek kurguluyor.

Yola “önemsiz bir hayvan” olarak çıkan Homo sapiens, tanrılar katına ulaşmak uğruna kendi sonunu mu hazırlıyor?

Homo sapiens nasıl oldu da evrenin insan türünün etrafında döndüğünü iddia eden hümanist öğretiye inandı?

Bu öğreti gündelik yaşantımızı, sanatımızı ve en gizli tutkularımızı nasıl şekillendiriyor?

İnsanı inekler, tavuklar, şempanzeler ve bilgisayar programlarının tümünden ayıran yüksek zekası ve kudreti dışında herhangi bir alametifarikası var mı?

Tarih boyunca benzeri görülmemiş kazanımlar elde etmemize rağmen mutluluk seviyemizde neden kayda değer bir artış olmadı?

“Tüm bunları anlamak için tek yapmamız gereken geriye dönüp bakmak ve Homo sapiens`in aslında ne olduğunu, hümanizmin nasıl dünyaya hakim bir din hâline geldiğini ve hümanizm rüyasını gerçekleştirmeye çalışmanın aslında neden insanlığın kendi sonunu getireceğini incelemektir. İşte bu kitabın temel meselesi budur.”

“Okurken hem eğlenecek hem de çok şaşıracaksınız. Her şeyin ötesinde, kendinizi daha önce hiç düşünmediğiniz şeyleri düşünürken bulacaksınız.”
-Danıel Kahneman, Hızlı ve Yavaş Düşünme`nin yazarı-

“Homo Deus`u okuduğunuzda uzun ve zorlu bir yolculuğun ardından vardığınız bir uçurumun kenarında durduğunuzu hissedeceksiniz. Yolculuğun artık bir önemi kalmayacak, çünkü bir sonraki adımınızı engin bir boşluğa atacaksınız.”
-David Runciman, The Guardian-

Devamını Göster
₺116.00
Homo Deus: Yarının Kısa Bir Tarihi

Görünüşe göre Weber, faz ayrımının yaşamın tüm alanlarında çeşitli işlevlerde geçerli olan evrensel bir mekanizma olduğunu düşünüyor.

Weber ve Brangwynne aktif transkripsiyonun en büyük yoğuşma olan çekirdekçikte meydana geldiğini göstermiş olsa da çekirdekteki diğer yoğuşmalar tam tersi işlev göstermektedir. Çekirdekteki DNA’nın büyük çoğunluğu genellikle protein olarak ifade edilmediği ve daha kompakt olduğu için heterokromatin olarak sınıflandırılır. 2017 yılında Karpen, Brangwaynne’nin laboratuvarında bir doktora sonrası öğrencisi olan Amy Strom ve meslektaşları, Drosophila embriyolarında belirli bir proteinin faz ayrışmasına uğradığını ve heterokromatin üzerinde damlacıklar oluşturduğunu gösterdi.[5] Bu damlacıkların birbirleriyle kaynaşıp heterokromatini çekirdek içinde tutmak için bir mekanizma geliştirdiğini düşündüler.

Sonuçlar ayrıca uzun süredir süregelen bir gizem için heyecan verici olası bir açıklamayı da ortaya koydu. Geçtiğimiz yıl genetikçiler, aktif olan bir geni alıp heterokromatinin hemen yanına yerleştirdiklerinde heterokromatin etkisinin yayıldığını ve genin susturulduğunu gözlemlediler. Bilim insanları bu yayılma fenomeniyle ilk kez karşılaşıyordu ve kimse ardında yatan süreci anlayamamıştı.

Sonrasında araştırmacılar "metiltransferaz" olarak adlandırılan ve epigenetik düzenlemelerde yer alan enzimleri keşfettiler. Araştırmacılar, metiltransferazların basitçe bir histondan diğerine veya heterokromatinden bitişik ökromatine doğru DNA zincirinden aşağı devam eden enzimatik bir mekanizma olduğu hipotezini geliştirdiler. Bu hipotez, son yirmi yıldır yaygınlaşan fenomeni açıklayan baskın bir mekanizma oldu. Ancak Karpen, bir ipteki boncuklar gibi heterokromatin üzerinde bulunan yoğuşmaların sessiz heterokromatin durumunun yayılmasını açıklayan farklı bir mekanizmanın ürünleri olabileceğini ve bu ürünlerin de biyolojik süreçlerin nasıl işlediğini anlamamızı sağlayan farklı yolları olduğunu düşünüyor. Karpen şu anda hipotezini test etmeye çalışıyor.

Bu meyve sineği embriyolarında, hücre bölünmesi sırasında kromozomlar (pembe renktekiler) kalınlaşır ve ayrışır. Sonrasında bir heterokromatik proteini (yeşil renkli) küçük damlacıklara yoğuşmaya başlar ve bu damlacıklar büyür ve kaynaşır. Bu süreç, hücrenin kullanımı için genetik materyali düzenliyor gibi gözükmektedir.
Gary Karpen

Filamentlerin Oluşumu

Yoğuşmalar çekirdeğin içindekiler gibi sitoplazmada da farklı gizemlerin çözülmesine yardımcı oldu. Bir ligand hücre yüzeyi bir reseptör proteine bağlandığında sitoplazma yoluyla sinyal ileten bir dizi moleküler değişiklik ve hareket başlatır. Ancak bu mekanizmanın işleyebilmesi için öncelikle görevli olan tüm dağınık yapıların bir araya getirilmesi gerekir. Rosen Laboratuvarında doktora sonrası eğitimi alan ve bu ay Massachusetts Teknoloji Enstitüsünde kendi laboratuvarını kuran Lindsay Case, araştırmacıların faz ayrışmasının zar reseptöründe gerekli sinyal moleküllerini kümelemek için kullanıyor olabileceğini söylüyor.

Case; sinyalleri dönüştürmek için yaygın olarak kullanılan fosforil gruplarının eklenmesi veya proteinlerin değerliğinin değiştirilmesi gibi modifikasyonların, proteinlerin diğer moleküllerle etkileşime girme kapasitesini etkilediğini düşünüyor. Bu nedenle modifikasyonlar, proteinlerin yoğunlaşma oranını da etkiler. Case, şöyle diyor:

Bir hücrenin işlevini düşündüğümüzde aslında bunun değerlik parametresini düzenlemek olduğunu görüyoruz.

Yoğuşmalar ayrıca monomerlerin uzun protein filamanlarına polimerizasyonu organize etmekte de oldukça önemli rollere sahiptir. Case, moleküller yoğuşma bölgesinde normalde olduğundan daha uzun süre bir arada kalacağı için moleküllerin polimerizasyonlarının da kolaylaşacağını düşünüyor. Case doktora sonrası araştırmasında yoğuşmaların aktin polimerizasyonunu böbrek hücrelerinin şekillerini korumalarına yardımcı olan filamentlere dönüştürdüğünü keşfetti.

Tübülin polimerizasyonu hücrelerin bölünmesine yardımcı olan mitotik iğ ipliklerinin oluşumunu sağlar. Hyman 1980’lerde Cambridge Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Laboratuvarında yaptığı lisansüstü çalışmaları boyunca mitotik iğ ipliklerinin oluşumunu anlamaya çalışmış ve Caenorhabditis elegans yani yassı solucan embriyosunun iki hücreye bölünmeden önce nasıl bir mitotik süreçten geçtiğini incelemişti. Şu anki çalışmalarında ise bu mitotik süreçte yoğuşmanın rolünü inceliyor.

Yapılan son araştırmalarda; yoğuşmanın çekirdekteki kromatinin bir kısmının içeriği, genlerin ekspresyonunu kısıtlayarak yoğun bir şekilde paketlenmesine yardımcı olduğu ortaya konuldu. Görsel 1’de çekirdeklenme evresi anlatılmaktadır. Bu evrede bazı proteinler, kromozomlar üzerindeki bölgelere yapışarak protein kümelerinin büyümesini sağlar. Görsel 2’de büyüme evresi anlatılmaktadır. Bu evrede kromatinin üzerine daha fazla sayıda protein yapışır ve protein damlacıkları birleşmeye başlar. Görsel 3’de ise olgunlaşma evresi anlatılmaktadır. Bu evrede de genişleyen yoğuşma damlacıkları kromatinleri kendilerine çekmeye başlar ve genlerin susturulmasına yardımcı olur.
Yapılan son araştırmalarda; yoğuşmanın çekirdekteki kromatinin bir kısmının içeriği, genlerin ekspresyonunu kısıtlayarak yoğun bir şekilde paketlenmesine yardımcı olduğu ortaya konuldu. Görsel 1’de çekirdeklenme evresi anlatılmaktadır. Bu evrede bazı proteinler, kromozomlar üzerindeki bölgelere yapışarak protein kümelerinin büyümesini sağlar. Görsel 2’de büyüme evresi anlatılmaktadır. Bu evrede kromatinin üzerine daha fazla sayıda protein yapışır ve protein damlacıkları birleşmeye başlar. Görsel 3’de ise olgunlaşma evresi anlatılmaktadır. Bu evrede de genişleyen yoğuşma damlacıkları kromatinleri kendilerine çekmeye başlar ve genlerin susturulmasına yardımcı olur.
Nature

Hyman ve ekibi yaptıkları bir laboratuvar ortamındaki bir çalışmada mikrotübül bağlayıcı tau proteini damlacıkları oluşturdu ve ardından bu damlacıklara tübülin proteini ekledi. Polimerizasyonu simüle etmek için damlacıklara nükleotid eklediklerinde tübülin monomerlerinin mikrotübülleri oluşturduğunu gözlemlediler. Hyman ve ekibi, faz ayrışmasının hücrelerin mikrotübül polimerizasyonunu ve mitotik süreci başlatması için genel bir yol olabileceğini ileri sürdü.

Tau proteinleri, alzaymır hastalığının ayırt edici özelliği olan protein kümelerini oluşturmalarıyla bilinir. Amyotrofik Lateral Skleroz (ALS) ve Parkinson gibi nörodejeneratif hastalıklara hücrelerdeki hatalı protein kümeleşmeleri neden olur.

Tüm Reklamları Kapat

Dejeneratif protein kümelerinin nasıl oluştuğunu araştırmak için Hyman ve ekibi, ALS ile ilişkili mutant formlara sahip olan FUS adında bir proteine odaklandılar. FUS genellikle çekirdek içerisinde bulunan bir proteindir. Ancak ekstrem koşullar sebebiyle stres altındaki hücrelerde FUS proteini çekirdekten sitoplazmaya geçer ve sitoplazmada damlacıklar oluşturur. Hyman ve ekibi mutasyona uğramış FUS proteinlerinden laboratuvar ortamında damlacıklar ürettiler. Bundan yaklaşık sekiz saat sonra damlacıkların katılaşıp “korkunç kümeler” olarak adlandırdıkları yapıları oluşturduğunu gördüler. Ayrıca mutant proteinler, normal FUS formundan çok daha hızlı bir şekilde sıvı-katı faz geçişini sağlamıştı.

Belki de asıl soru hastalıkların niçin damlacıklarla ilişkili olduğu değil, niçin sağlıklı hücrelerde gözlemlenmediğidir. Grup toplantılarında sık sık sorduğum şeylerden biri şudur: Hücreler neden çırpılmış yumurta formunda değildir? Eğer hücreler bu formda olsalardı sitoplazmanın içeriği o kadar yoğun olurdu ki yoğunluk farkından dolayı proteinler sitoplazmada bulunamazdı.

Hyman’ın laboratuvarındaki araştırmacılar hücresel yakıt olan ATP’yi saflaştırılmış stres granül proteinleri damlacıklarına ekleyip damlacıkların kaybolduğunu gördüklerinde ilk ipuçlarını elde ettiler. Araştırmacılar daha fazla deneme yapabilmek için yumurta beyazlarını test tüplerine koydular. Daha sonra tüplerden birine ATP, diğerine ise tuz ekleyip tüpleri ısıttılar. Tuz içeren tüpteki yumurta beyazı yoğuşurken ATP içeren tüptekinin yoğuşmadığını gözlemlediler. ATP, canlı hücrelerde bulunan yoğunluklarda proteinlerin toplanıp yoğuşmasını ve damlacık oluşturmasını engelliyordu. Peki ama nasıl?

Hyman Bangalore’de verdiği bir seminer sırasında tesadüfen bir kimyagerle tanışana kadar bu soru gizemini korumaya devam etti. Kimyager, endüstriyel işlemlerde hidrofobik moleküllerin çözünürlüğünü artırmak için hidrotrop adında bir katkı maddesinin kullanıldığından bahsetmişti. Hyman ve ekibi laboratuvara geri döndüklerinde ATP’nin bir hidrotrop gibi çalıştığını keşfettiler.

Kurbağa yumurtalarının çekirdeklerinden izole edilmiş 2 çeşit protein [kırmızı ve sarı ile gösterilmiş] kendiliğinden yoğuşmuş damlacıkları oluşturur. Araştırmacılar çözeltideki her bir proteinin yoğunluklarını değiştirerek kondensat türlerinden birini veya her ikisini de büyütebilir veya yok edebilir.
Kurbağa yumurtalarının çekirdeklerinden izole edilmiş 2 çeşit protein [kırmızı ve sarı ile gösterilmiş] kendiliğinden yoğuşmuş damlacıkları oluşturur. Araştırmacılar çözeltideki her bir proteinin yoğunluklarını değiştirerek kondensat türlerinden birini veya her ikisini de büyütebilir veya yok edebilir.
Brangwynne Lab

Şaşırtıcı bir şekilde 3-5 milimolar yoğunluğuyla ATP, hücrelerde bol bulunan bir metabolittir. ATP kullanan çoğu enzim, 3-5 kat daha düşük yoğunluklarda verimli bir şekilde çalışabilir. Öyleyse metabolik reaksiyonları başlatması gerekmiyorsa ATP niçin hücrelerin içerisinde bu kadar yoğuşmaktadır?

Tüm Reklamları Kapat

Hyman’ın öne sürdüğü aday açıklamalardan biri, ATP’nin 3-5 milimoların altında bir hidrotrop gibi davranmadığıdır. Hyman, bunu şöyle açıklıyor:

Bir ihtimal, yaşamın başlangıcında ATP’nin biyomolekülleri yüksek yoğunluklarda çözünmüş halde tutmak ve enerji olarak kullanabilmek için biyolojik hidrotrop olarak evrilmiş olmasıdır.

ATP’nin hidrotropik özelliklerini enerji işlevini etkilemeden değiştirmek sorun yaratacağından Hyman, öne sürdüğü hipotezi deneysel olarak test etmenin zor olduğunu düşünüyor. Ancak bu hipotez doğruysa ATP üretimi yaşlandıkça daha az verimli hale geldiğinden yaşlanma ile ilgili hastalıklarda niçin protein kümelerinin yaygın olarak oluştuğunu açıklamaya yardımcı olabilir.

Damlacıkların Oluştuğu Diğer Alanlar

Protein kümelerinin nörodejeneratif hastalıklarda kötü etkileri olduğu açıkça anlaşılmıştır. Ancak sıvıdan katı faza geçiş başka koşul ve durumlarda avantajlı olabilir.

Yumurtalıklarda bir yumurta haline gelmeden önce onlarca yıl uykuda kalan ilkel oositleri ele alalım. Bu hücrelerden her birinin örümceklerden insanlara kadar değişen organizmaların oositlerinde bulunan ve büyük yoğunlukta amiloid proteinin yoğunlaşmasıyla oluşan bir Balbiani gövdesi vardır. Balbiani gövdesi uzun amiloid proteinleri ile birlikte mitokondrinin çoğunda kümelenerek oositin hareketsiz evresi sırasında mitokondriyi korur.[6] Barselona'daki Genom Düzenleme Merkezi'nde hücre ve gelişim biyoloğu olan Elvan Böke, oosit bir yumurtaya dönüşmeye başladığında amiloid liflerin çözüldüğünü ve Balbiani gövdesinin kaybolduğunu söylüyor. Böke şu anda kısırlık veya nörodejeneratif hastalıkların tedavisi için yeni stratejiler üretebilecek amiloid liflerin nasıl çözündüğü ve kaybolduğu üzerine çalışıyor.

Tüm Reklamları Kapat

Protein kümeleri, yaralanma sonrası kanamayı durdurmak gibi hızlı fizyolojik tepkiler gerektiren durumlarda da etkili olabilir. Örneğin Mucor circinelloides; besinlerin içerisinde iletildiği, birbirine bağlı, basınçlı kök benzeri hif ağlarına sahip bir mantar türüdür. Evrimsel hücre biyoloğu Greg Jedd liderliğindeki Temasek Yaşam Bilimleri Laboratuvarı araştırmacıları bir Mucor mantarının kökünü yaraladıklarında protoplazmanın anında kesikten fışkırdığını ve neredeyse aynı zamanda kesik etrafında jelatinimsi bir tıkaç oluştuğunu gözlemlediler.[7] Jedd bu tepkiyi uzun bir polimerin, muhtemelen tekrarlayan yapıya sahip bir proteinin oluşturduğunu düşünüyordu. Araştırmacılar bu tepkiyi oluşturabilecek iki aday protein belirlediler ve bu proteinler olmadan kesikten akan protoplazmanın durdurulamadığını gözlemlediler.

Jedd ve meslektaşları, gellin-A ve gellin-B olarak adlandırdıkları iki proteinin yapısını inceledi. Proteinler, bazıları hücre zarlarına bağlanabilen hidrofobik amino asitlerden oluşan on adet tekrar bölgesi içeriyordu. Ayrıca bu proteinler protoplazmaya bir kesik bölgesinden fışkırırken etki eden kuvvetlere benzer kuvvetler sonucunda ortaya çıkıyordu. Jedd bu durumu şöyle anlatıyor:

Akışta muazzam bir ivmelenme vardı. Bu nedenle gellin akışını hızlandıran tetikleyici faktörün yoğuşma olabileceğini düşündük.

Geri döndürülemez şekilde katılaşan tıkacın, gellinin sıvıdan katı faza geçmesine sebep olan fiziksel bir faktör tarafından tetiklendiğini düşünüyorlardı.[8]

Bunun aksine Neurospora mantar türlerinde hifler, porlar aracılığıyla suyun ve besinlerin akışını düzenleyen bölümlere ayrılmıştır. Jeff porların nasıl açılıp kapandığını merak etti ve bunun üzerine çalışmalarına başladı. Porlarda birikerek onları kapatmak için yoğuşma geçiriyormuş gibi görünen bozuk yapılı proteinler keşfetti.

Tüm Reklamları Kapat

Jedd ve ekibi, araştırmaya aday olan Neurospora proteinlerinin bazı memelilerde karışık yüklü bölgelerinin tekrar ettiğini keşfetti. Araştırmacılar farklı bileşenlere ancak benzer uzunluk ve yük modellerine sahip protein karışımları sentezleyip bunları memeli hücrelerine aktardıklarında, St.Louis'deki Washington Üniversitesinden Rohit Pappu liderliğindeki ekibin 2020 yılındaki Molecular Cell dergisinde bildirdiği gibi protein karışımının gen ekspresyonunu düzenlemeye yardımcı olan memelilerin hücre çekirdeğinde yoğuşmuş nükleer damlacıklar oluşturabileceğini keşfettiler.[9]

Jedd, mantar ve memeli sınıflarının yoğuşmaya dayalı mekanizmalarda tekrar eden diziler kullanma stratejisine evrildiklerini ancak bu stratejiyi farklı işlevler için farklı bölgelerde kullandıklarını söylüyor.

Eski Açıklamaları Tekrar Gözden Geçirmek...

Faz ayrımının neredeyse her yerde etkili olabileceğinin farkına varan araştırmacılar, bu fenomenin çeşitli hücre işlevlerine nasıl dahil olabileceği konusunda birçok fikir üretti. Karpen, faz ayrışmasının ortaya çıkardığı sayısız olasılık nedeniyle bu alana ilgi duyulduğunu düşünüyor. Aynı zamanda bir molekülün test tüpü içerisinde faz ayrışmasına maruz kaldığını göstermek nispeten kolay olsa da faz ayrımının hücredeki işlevini kanıtlamanın oldukça zor olduğunu söylüyor.

Bragwnne ise bu fenomenin hâlâ engebeli süreçlerden geçtiği kanısında. Bu noktaya kadar çözülen bir sürü problem olsa da fenomenin nasıl işlediğini anlamak için henüz oldukça erken olduğunu düşünüyor:

Eğer gerçekten dürüst olmamız gerekirse, sahanın tamamı şu anda emekleme aşamasında bile sayılmaz. Tüm bunların nasıl çalıştığını anlamanın daha çok başlarındayız. Tabii bizim bunu henüz anlamamış olmamız, sıvı faz ayrışmasının buradaki ana itici güç olmadığı anlamına da gelmiyor. Bana kalırsa gerçeği keşfettik. Ama tam olarak nasıl çalışıyor? Soru bu.

Belirsizlikler, Hyman'ı da caydırmış değil. Şöyle diyor:

Faz ayrışmasının herkes için mümkün kıldığı şey, geri dönüp, henüz çözülememiş eski problemlere bakarak, şöyle düşünmelerini sağlamak: Acaba bunu bir başka şekilde düşünmemiz artık mümkün mü? Bu alanda yapılan yapısal biyoloji çalışmalarının hepsi muhteşem; ancak birçok sorun çıkmaza girdi. Bazı şeyleri açıklayamıyorlardı. Faz ayrışmasının izin verdiği şey, herkesin bu soruları tekrar düşünebilmesi oldu.
Alıntı Yap
Okundu Olarak İşaretle
17
Paylaş
Sonra Oku
Notlarım
Yazdır / PDF Olarak Kaydet
Bize Ulaş
Yukarı Zıpla

İçeriklerimizin bilimsel gerçekleri doğru bir şekilde yansıtması için en üst düzey çabayı gösteriyoruz. Gözünüze doğru gelmeyen bir şey varsa, mümkünse güvenilir kaynaklarınızla birlikte bize ulaşın!

Bu içeriğimizle ilgili bir sorunuz mu var? Buraya tıklayarak sorabilirsiniz.

Soru & Cevap Platformuna Git
Bu İçerik Size Ne Hissettirdi?
  • Tebrikler! 2
  • Muhteşem! 1
  • Mmm... Çok sapyoseksüel! 1
  • İnanılmaz 1
  • Merak Uyandırıcı! 1
  • Bilim Budur! 0
  • Güldürdü 0
  • Umut Verici! 0
  • Üzücü! 0
  • Grrr... *@$# 0
  • İğrenç! 0
  • Korkutucu! 0
Kaynaklar ve İleri Okuma
  1. Çeviri Kaynağı: Quantamagazine | Arşiv Bağlantısı
  • ^ C. P. Brangwynne, et al. (2009). Germline P Granules Are Liquid Droplets That Localize By Controlled Dissolution/Condensation. Science, sf: 1729-1732. doi: 10.1126/science.1172046. | Arşiv Bağlantısı
  • ^ P. Li, et al. (2012). Phase Transitions In The Assembly Of Multivalent Signalling Proteins. Nature, sf: 336-340. doi: 10.1038/nature10879. | Arşiv Bağlantısı
  • ^ S. Weber, et al. (2015). Inverse Size Scaling Of The Nucleolus By A Concentration-Dependent Phase Transition. Current Biology, sf: 641-646. doi: 10.1016/j.cub.2015.01.012. | Arşiv Bağlantısı
  • ^ A. Ladouceur, et al. (2020). Clusters Of Bacterial Rna Polymerase Are Biomolecular Condensates That Assemble Through Liquid–Liquid Phase Separation. Proceedings of the National Academy of Sciences, sf: 18540-18549. doi: 10.1073/pnas.2005019117. | Arşiv Bağlantısı
  • ^ A. R. Strom, et al. (2017). Phase Separation Drives Heterochromatin Domain Formation. Nature, sf: 241-245. doi: 10.1038/nature22989. | Arşiv Bağlantısı
  • ^ E. Boke, et al. (2016). Amyloid-Like Self-Assembly Of A Cellular Compartment. Cell, sf: 637-650. doi: 10.1016/j.cell.2016.06.051. | Arşiv Bağlantısı
  • ^ T. A. Nguyen, et al. (2020). Fungal Wound Healing Through Instantaneous Protoplasmic Gelation. Current Biology. doi: 10.1016/j.cub.2020.10.016. | Arşiv Bağlantısı
  • ^ J. Lai, et al. (2012). Intrinsically Disordered Proteins Aggregate At Fungal Cell-To-Cell Channels And Regulate Intercellular Connectivity. Proceedings of the National Academy of Sciences, sf: 15781-15786. doi: 10.1073/pnas.1207467109. | Arşiv Bağlantısı
  • ^ J. A. Greig, et al. (2020). Arginine-Enriched Mixed-Charge Domains Provide Cohesion For Nuclear Speckle Condensation. Molecular Cell, sf: 1237-1250.e4. doi: 10.1016/j.molcel.2020.01.025. | Arşiv Bağlantısı
Tüm Reklamları Kapat

Evrim Ağacı'na her ay sadece 1 kahve ısmarlayarak destek olmak ister misiniz?

Şu iki siteden birini kullanarak şimdi destek olabilirsiniz:

kreosus.com/evrimagaci | patreon.com/evrimagaci

Çıktı Bilgisi: Bu sayfa, Evrim Ağacı yazdırma aracı kullanılarak 02/02/2023 17:09:35 tarihinde oluşturulmuştur. Evrim Ağacı'ndaki içeriklerin tamamı, birden fazla editör tarafından, durmaksızın elden geçirilmekte, güncellenmekte ve geliştirilmektedir. Dolayısıyla bu çıktının alındığı tarihten sonra yapılan güncellemeleri görmek ve bu içeriğin en güncel halini okumak için lütfen şu adrese gidiniz: https://evrimagaci.org/s/9965

İçerik Kullanım İzinleri: Evrim Ağacı'ndaki yazılı içerikler orijinallerine hiçbir şekilde dokunulmadığı müddetçe izin alınmaksızın paylaşılabilir, kopyalanabilir, yapıştırılabilir, çoğaltılabilir, basılabilir, dağıtılabilir, yayılabilir, alıntılanabilir. Ancak bu içeriklerin hiçbiri izin alınmaksızın değiştirilemez ve değiştirilmiş halleri Evrim Ağacı'na aitmiş gibi sunulamaz. Benzer şekilde, içeriklerin hiçbiri, söz konusu içeriğin açıkça belirtilmiş yazarlarından ve Evrim Ağacı'ndan başkasına aitmiş gibi sunulamaz. Bu sayfa izin alınmaksızın düzenlenemez, Evrim Ağacı logosu, yazar/editör bilgileri ve içeriğin diğer kısımları izin alınmaksızın değiştirilemez veya kaldırılamaz.

Tüm Reklamları Kapat
Size Özel (Beta)
İçerikler
Sosyal
Beslenme Davranışları
Yok Oluş
Kuş
Hormon
Makroevrim
Genetik Mühendisliği
Doğa Gözlemleri
Eşey
Antikor
Biyocoğrafya
Doğa Yasası
Böcek Bilimi
Hız
Vejetaryen
Bilim İnsanı
Besin
Köpekgil
Kozmoloji
Radyasyon
Komplo
Kromozom
Bakteri
Robot
Enerji
Epidemik
Aklımdan Geçen
Komünite Seç
Aklımdan Geçen
Fark Ettim ki...
Bugün Öğrendim ki...
İşe Yarar İpucu
Bilim Haberleri
Hikaye Fikri
Video Konu Önerisi
Başlık
Bugün bilimseverlerle ne paylaşmak istersin?
Bağlantı
Kurallar
Komünite Kuralları
Bu komünite, aklınızdan geçen düşünceleri Evrim Ağacı ailesiyle paylaşabilmeniz içindir. Yapacağınız paylaşımlar Evrim Ağacı'nın kurallarına tabidir. Ayrıca bu komünitenin ek kurallarına da uymanız gerekmektedir.
1
Bilim kimliğinizi önceleyin.
Evrim Ağacı bir bilim platformudur. Dolayısıyla aklınızdan geçen her şeyden ziyade, bilim veya yaşamla ilgili olabilecek düşüncelerinizle ilgileniyoruz.
2
Propaganda ve baskı amaçlı kullanmayın.
Herkesin aklından her şey geçebilir; fakat bu platformun amacı, insanların belli ideolojiler için propaganda yapmaları veya başkaları üzerinde baskı kurma amacıyla geliştirilmemiştir. Paylaştığınız fikirlerin değer kattığından emin olun.
3
Gerilim yaratmayın.
Gerilim, tersleme, tahrik, taciz, alay, dedikodu, trollük, vurdumduymazlık, duyarsızlık, ırkçılık, bağnazlık, nefret söylemi, azınlıklara saldırı, fanatizm, holiganlık, sloganlar yasaktır.
4
Değer katın; hassas konulardan ve öznel yoruma açık alanlardan uzak durun.
Bu komünitenin amacı okurlara hayatla ilgili keyifli farkındalıklar yaşatabilmektir. Din, politika, spor, aktüel konular gibi anlık tepkilere neden olabilecek konulardaki tespitlerden kaçının. Ayrıca aklınızdan geçenlerin Türkiye’deki bilim komünitesine değer katması beklenmektedir.
5
Cevap hakkı doğurmayın.
Bu platformda cevap veya yorum sistemi bulunmamaktadır. Dolayısıyla aklınızdan geçenlerin, tespit edilebilir kişilere cevap hakkı doğurmadığından emin olun.
Gönder
Ekle
Soru Sor
Daha Fazla İçerik Göster
Evrim Ağacı'na Destek Ol
Evrim Ağacı'nın %100 okur destekli bir bilim platformu olduğunu biliyor muydunuz? Evrim Ağacı'nın maddi destekçileri arasına katılarak Türkiye'de bilimin yayılmasına güç katmak için hemen buraya tıklayın.
Popüler Yazılar
30 gün
90 gün
1 yıl
EA Akademi
Evrim Ağacı Akademi (ya da kısaca EA Akademi), 2010 yılından beri ürettiğimiz makalelerden oluşan ve kendi kendinizi bilimin çeşitli dallarında eğitebileceğiniz bir çevirim içi eğitim girişimi! Evrim Ağacı Akademi'yi buraya tıklayarak görebilirsiniz. Daha fazla bilgi için buraya tıklayın.
Etkinlik & İlan
Bilim ile ilgili bir etkinlik mi düzenliyorsunuz? Yoksa bilim insanlarını veya bilimseverleri ilgilendiren bir iş, staj, çalıştay, makale çağrısı vb. bir duyurunuz mu var? Etkinlik & İlan Platformumuzda paylaşın, milyonlarca bilimsevere ulaşsın.
Podcast
Evrim Ağacı'nın birçok içeriğinin profesyonel ses sanatçıları tarafından seslendirildiğini biliyor muydunuz? Bunların hepsini Podcast Platformumuzda dinleyebilirsiniz. Ayrıca Spotify, iTunes, Google Podcast ve YouTube bağlantılarını da bir arada bulabilirsiniz.
Yazı Geçmişi
Okuma Geçmişi
Notlarım
İlerleme Durumunu Güncelle
Okudum
Sonra Oku
Not Ekle
Kaldığım Yeri İşaretle
Göz Attım

Evrim Ağacı tarafından otomatik olarak takip edilen işlemleri istediğin zaman durdurabilirsin.
[Site ayalarına git...]

Filtrele
Listele
Bu yazıdaki hareketlerin
Devamını Göster
Filtrele
Listele
Tüm Okuma Geçmişin
Devamını Göster
0/10000
Alıntı Yap
Evrim Ağacı Formatı
APA7
MLA9
Chicago
V. Caller, et al. Kaostan Doğan Yeni Hücre Düzeni: Yoğuşma Bölgelerinin Keşfi Sayesinde, Yaşamın Kaotik Kimyası Baştan Keşfediliyor!. (16 Ocak 2021). Alındığı Tarih: 2 Şubat 2023. Alındığı Yer: https://evrimagaci.org/s/9965
Caller, V., Şardağ, İ., Bakırcı, Ç. M. (2021, January 16). Kaostan Doğan Yeni Hücre Düzeni: Yoğuşma Bölgelerinin Keşfi Sayesinde, Yaşamın Kaotik Kimyası Baştan Keşfediliyor!. Evrim Ağacı. Retrieved February 02, 2023. from https://evrimagaci.org/s/9965
V. Caller, et al. “Kaostan Doğan Yeni Hücre Düzeni: Yoğuşma Bölgelerinin Keşfi Sayesinde, Yaşamın Kaotik Kimyası Baştan Keşfediliyor!.” Edited by Çağrı Mert Bakırcı. Translated by İnci Şardağ, Evrim Ağacı, 16 Jan. 2021, https://evrimagaci.org/s/9965.
Caller, Viviane. Şardağ, İnci. Bakırcı, Çağrı Mert. “Kaostan Doğan Yeni Hücre Düzeni: Yoğuşma Bölgelerinin Keşfi Sayesinde, Yaşamın Kaotik Kimyası Baştan Keşfediliyor!.” Edited by Çağrı Mert Bakırcı. Translated by İnci Şardağ. Evrim Ağacı, January 16, 2021. https://evrimagaci.org/s/9965.

Göster

Şifremi unuttum Üyelik Aktivasyonu

Göster

Şifrenizi mi unuttunuz? Lütfen e-posta adresinizi giriniz. E-posta adresinize şifrenizi sıfırlamak için bir bağlantı gönderilecektir.

Geri dön

Eğer aktivasyon kodunu almadıysanız lütfen e-posta adresinizi giriniz. Üyeliğinizi aktive etmek için e-posta adresinize bir bağlantı gönderilecektir.

Geri dön

Close
Geri Bildirim Gönder
Paylaş
Reklamsız Deneyim

Evrim Ağacı'ndaki reklamları, bütçenize uygun bir şekilde, kendi seçtiğiniz bir süre boyunca kapatabilirsiniz. Tek yapmanız gereken, kaç ay boyunca kapatmak istediğinizi aşağıdaki kutuya girip tek seferlik ödemenizi tamamlamak:

10₺/ay
x
ay
= 30
3 Aylık Reklamsız Deneyimi Başlat
Evrim Ağacı'nda ücretsiz üyelik oluşturan ve sitemizi üye girişi yaparak kullanan kullanıcılarımızdaki reklamların %50 daha az olduğunu, Kreosus/Patreon/YouTube destekçilerimizinse sitemizi tamamen reklamsız kullanabildiğini biliyor muydunuz? Size uygun seçeneği aşağıdan seçebilirsiniz:
Evrim Ağacı Destekçilerine Katıl
Zaten Kreosus/Patreon/Youtube Destekçisiyim
Reklamsız Deneyim
Kreosus

Kreosus'ta her 10₺'lik destek, 1 aylık reklamsız deneyime karşılık geliyor. Bu sayede, tek seferlik destekçilerimiz de, aylık destekçilerimiz de toplam destekleriyle doğru orantılı bir süre boyunca reklamsız deneyim elde edebiliyorlar.

Kreosus destekçilerimizin reklamsız deneyimi, destek olmaya başladıkları anda devreye girmektedir ve ek bir işleme gerek yoktur.

Patreon

Patreon destekçilerimiz, destek miktarından bağımsız olarak, Evrim Ağacı'na destek oldukları süre boyunca reklamsız deneyime erişmeyi sürdürebiliyorlar.

Patreon destekçilerimizin Patreon ile ilişkili e-posta hesapları, Evrim Ağacı'ndaki üyelik e-postaları ile birebir aynı olmalıdır. Patreon destekçilerimizin reklamsız deneyiminin devreye girmesi 24 saat alabilmektedir.

YouTube

YouTube destekçilerimizin hepsi otomatik olarak reklamsız deneyime şimdilik erişemiyorlar ve şu anda, YouTube üzerinden her destek seviyesine reklamsız deneyim ayrıcalığını sunamamaktayız. YouTube Destek Sistemi üzerinde sunulan farklı seviyelerin açıklamalarını okuyarak, hangi ayrıcalıklara erişebileceğinizi öğrenebilirsiniz.

Eğer seçtiğiniz seviye reklamsız deneyim ayrıcalığı sunuyorsa, destek olduktan sonra YouTube tarafından gösterilecek olan bağlantıdaki formu doldurarak reklamsız deneyime erişebilirsiniz. YouTube destekçilerimizin reklamsız deneyiminin devreye girmesi, formu doldurduktan sonra 24 saat alabilmektedir.

Diğer Platformlar

Bu 3 platform haricinde destek olan destekçilerimize ne yazık ki reklamsız deneyim ayrıcalığını sunamamaktayız. Destekleriniz sayesinde sistemlerimizi geliştirmeyi sürdürüyoruz ve umuyoruz bu ayrıcalıkları zamanla genişletebileceğiz.

Giriş yapmayı unutmayın!

Reklamsız deneyim için, maddi desteğiniz ile ilişkilendirilmiş olan Evrim Ağacı hesabınıza yapmanız gerekmektedir. Giriş yapmadığınız takdirde reklamları görmeye devam edeceksinizdir.

Destek Ol

Devamını Oku
Evrim Ağacı Uygulamasını
İndir
Chromium Tabanlı Mobil Tarayıcılar (Chrome, Edge, Brave vb.)
İlk birkaç girişinizde zaten tarayıcınız size uygulamamızı indirmeyi önerecek. Önerideki tuşa tıklayarak uygulamamızı kurabilirsiniz. Bu öneriyi, yukarıdaki videoda görebilirsiniz. Eğer bu öneri artık gözükmüyorsa, Ayarlar/Seçenekler (⋮) ikonuna tıklayıp, Uygulamayı Yükle seçeneğini kullanabilirsiniz.
Chromium Tabanlı Masaüstü Tarayıcılar (Chrome, Edge, Brave vb.)
Yeni uygulamamızı kurmak için tarayıcı çubuğundaki kurulum tuşuna tıklayın. "Yükle" (Install) tuşuna basarak kurulumu tamamlayın. Dilerseniz, Evrim Ağacı İleri Web Uygulaması'nı görev çubuğunuza sabitleyin. Uygulama logosuna sağ tıklayıp, "Görev Çubuğuna Sabitle" seçeneğine tıklayabilirsiniz. Eğer bu seçenek gözükmüyorsa, tarayıcının Ayarlar/Seçenekler (⋮) ikonuna tıklayıp, Uygulamayı Yükle seçeneğini kullanabilirsiniz.
Safari Mobil Uygulama
Sırasıyla Paylaş -> Ana Ekrana Ekle -> Ekle tuşlarına basarak yeni mobil uygulamamızı kurabilirsiniz. Bu basamakları görmek için yukarıdaki videoyu izleyebilirsiniz.

Daha fazla bilgi almak için tıklayın

Önizleme
Görseli Kaydet
Sıfırla
Vazgeç
Ara
Moderatöre Bildir

Raporlama sisteminin amacı, platformu uygunsuz biçimde kullananların önüne geçmektir. Lütfen bir içeriği, sadece düşük kaliteli olduğunu veya soruya cevap olmadığını düşündüğünüz raporlamayınız; bu raporlar kabul edilmeyecektir. Bunun yerine daha kaliteli cevapları kendiniz girmeye çalışın veya size sunulan (oylama gibi) diğer araçlar ile daha kaliteli cevaplara teşvik edin. Kalitesiz bulduğunuz içerikleri eleyebileceğiniz, kalitelileri daha ön plana çıkarabileceğiniz yeni araçlar geliştirmekteyiz.

Öncül Ekle
Sonuç Ekle
Mantık Hatası Seç
Soru Sor
Aşağıdaki "Soru" kutusunu sadece soru sormak için kullanınız. Bu kutuya soru formatında olmayan hiçbir cümle girmeyiniz. Sorunuzla ilgili ek bilgiler vermek isterseniz, "Açıklama" kısmına girebilirsiniz. Soru kısmının soru cümlesi haricindeki kullanımları sorunuzun silinmesine ve UP kaybetmenize neden olabilir.
Görsel Ekle
Kurallar
Platform Kuralları
Bu platform, aklınıza takılan soruları sorabilmeniz ve diğerlerinin sorularını yanıtlayabilmeniz içindir. Yapacağınız paylaşımlar Evrim Ağacı'nın kurallarına tabidir. Ayrıca bu platformun ek kurallarına da uymanız gerekmektedir.
1
Gerçekten soru sorun, imâdan ve yüklü sorulardan kaçının.
Sorularınızın amacı nesnel olarak gerçeği öğrenmek veya fikir almak olmalıdır. Şahsi kanaatinizle ilgili mesaj vermek için kullanmayın; yüklü soru sormayın.
2
Bilim kimliğinizi kullanın.
Evrim Ağacı bir bilim platformudur. Dolayısıyla sorular ve cevaplar, bilimsel perspektifi yansıtmalıdır. Geçerli bilimsel kaynaklarla doğrulanamayan bilgiler veya reklamlar silinebilir.
3
Düzgün ve insanca iletişim kurun.
Gerilim, tersleme, tahrik, taciz, alay, dedikodu, trollük, vurdumduymazlık, duyarsızlık, ırkçılık, bağnazlık, nefret söylemi, azınlıklara saldırı, fanatizm, holiganlık, sloganlar yasaktır.
4
Sahtebilimi desteklemek yasaktır.
Sahtebilim kategorisi altında konuyla ilgili sorular sorabilirsiniz; ancak bilimsel geçerliliği bulunmayan sahtebilim konularını destekleyen sorular veya cevaplar paylaşmayın.
5
Türkçeyi düzgün kullanın.
Şair olmanızı beklemiyoruz; ancak yazdığınız içeriğin anlaşılır olması ve temel düzeyde yazım ve dil bilgisi kurallarına uyması gerekmektedir.
Soru Ara
Aradığınız soruyu bulamadıysanız buraya tıklayarak sorabilirsiniz.
Alıntı Ekle
Eser Ekle
Kurallar
Komünite Kuralları
Bu komünite, fark edildiğinde ufku genişleten tespitler içindir. Yapacağınız paylaşımlar Evrim Ağacı'nın kurallarına tabidir. Ayrıca bu komünitenin ek kurallarına da uymanız gerekmektedir.
1
Formu olabildiğince eksiksiz doldurun.
Girdiğiniz sözün/alıntının kaynağı ne kadar açıksa o kadar iyi. Açıklama kısmına kitabın sayfa sayısını veya filmin saat/dakika/saniye bilgisini girebilirsiniz.
2
Anonimden kaçının.
Bazı sözler/alıntılar anonim olabilir. Fakat sözün anonimliğini doğrulamaksızın, bilmediğiniz her söze/alıntıya anonim yazmayın. Bu tür girdiler silinebilir.
3
Kaynağı araştırın ve sorgulayın.
Sayısız söz/alıntı, gerçekte o sözü hiçbir zaman söylememiş/yazmamış kişilere, hatalı bir şekilde atfediliyor. Paylaşımınızın site geneline yayılabilmesi için kaliteli kaynaklar kullanın ve kaynaklarınızı sorgulayın.
4
Ofansif ve entelektüel düşünceden uzak sözler yasaktır.
Gerilim, tersleme, tahrik, taciz, alay, dedikodu, trollük, vurdumduymazlık, duyarsızlık, ırkçılık, bağnazlık, nefret söylemi, azınlıklara saldırı, fanatizm, holiganlık, sloganlar yasaktır.
5
Sözlerinizi tırnak (") içine almayın.
Sistemimiz formatı otomatik olarak ayarlayacaktır.
Gönder
Tavsiye Et
Aşağıdaki kutuya, [ESER ADI] isimli [KİTABI/FİLMİ] neden tavsiye ettiğini girebilirsin. Ne kadar detaylı ve kapsamlı bir analiz yaparsan, bu eseri [OKUMAK/İZLEMEK] isteyenleri o kadar doğru ve fazla bilgilendirmiş olacaksın. Tavsiyenin sadece negatif içerikte olamayacağını, eğer bu sistemi kullanıyorsan tavsiye ettiğin içeriğin pozitif taraflarından bahsetmek zorunda olduğunu lütfen unutma. Yapıcı eleştiri hakkında daha fazla bilgi almak için burayı okuyabilirsin.
Kurallar
Platform Kuralları
Bu platform; okuduğunuz kitaplara, izlediğiniz filmlere/belgesellere veya takip ettiğiniz YouTube kanallarına yönelik tavsiylerinizi ve/veya yapıcı eleştirel fikirlerinizi girebilmeniz içindir. Tavsiye etmek istediğiniz eseri bulamazsanız, buradan yeni bir kayıt oluşturabilirsiniz. Yapacağınız paylaşımlar Evrim Ağacı'nın kurallarına tabidir. Ayrıca bu platformun ek kurallarına da uymanız gerekmektedir.
1
Önceliğimiz pozitif tavsiyelerdir.
Bu platformu, beğenmediğiniz eserleri yermek için değil, beğendiğiniz eserleri başkalarına tanıtmak için kullanmaya öncelik veriniz. Sadece negatif girdileri olduğu tespit edilenler platformdan geçici veya kalıcı olarak engellenebilirler.
2
Tavsiyenizin içeriği sadece negatif olamaz.
Tavsiye yazdığınız eserleri olabildiğince objektif bir gözlükle anlatmanız beklenmektedir. Dolayısıyla bir eseri beğenmediyseniz bile, tavsiyenizde eserin pozitif taraflarından da bahsetmeniz gerekmektedir.
3
Negatif eleştiriler yapıcı olmak zorundadır.
Eğer tavsiyenizin ana tonu negatif olacaksa, tüm eleştirileriniz yapıcı nitelikte olmak zorundadır. Yapıcı eleştiri kurallarını buradan öğrenebilirsiniz. Yapıcı bir tarafı olmayan veya tamamen yıkıcı içerikte olan eleştiriler silinebilir ve yazarlar geçici veya kalıcı olarak engellenebilirler.
4
Düzgün ve insanca iletişim kurun.
Gerilim, tersleme, tahrik, taciz, alay, dedikodu, trollük, vurdumduymazlık, duyarsızlık, ırkçılık, bağnazlık, nefret söylemi, azınlıklara saldırı, fanatizm, holiganlık, sloganlar yasaktır.
5
Türkçeyi düzgün kullanın.
Şair olmanızı beklemiyoruz; ancak yazdığınız içeriğin anlaşılır olması ve temel düzeyde yazım ve dil bilgisi kurallarına uyması gerekmektedir.
Eser Ara
Aradığınız eseri bulamadıysanız buraya tıklayarak ekleyebilirsiniz.
Tür Ekle
Üst Takson Seç
Kurallar
Komünite Kuralları
Bu platform, yaşamış ve yaşayan bütün türleri filogenetik olarak sınıflandırdığımız ve tanıttığımız Yaşam Ağacı projemize, henüz girilmemiş taksonları girebilmeniz için geliştirdiğimiz bir platformdur. Yapacağınız paylaşımlar Evrim Ağacı'nın kurallarına tabidir. Ayrıca bu komünitenin ek kurallarına da uymanız gerekmektedir.
1
Takson adlarını doğru yazdığınızdan emin olun.
Taksonların sadece ilk harfleri büyük yazılmalıdır. Latince tür adlarında, cins adının ilk harfi büyük, diğer bütün harfler küçük olmalıdır (Örn: Canis lupus domesticus). Türkçe adlarda da sadece ilk harf büyük yazılmalıdır (Örn: Evcil köpek).
2
Taksonlar arası bağlantıları doğru girin.
Girdiğiniz taksonun üst taksonunu girmeniz zorunludur. Eğer üst takson yoksa, mümkün olduğunca öncelikle üst taksonları girmeye çalışın; sonrasında daha alt taksonları girin.
3
Birden fazla kaynaktan kontrol edin.
Mümkün olduğunca ezbere iş yapmayın, girdiğiniz taksonların isimlerinin birden fazla kaynaktan kontrol edin. Alternatif (sinonim) takson adlarını girmeyi unutmayın.
4
Tekrara düşmeyin.
Aynı taksonu birden fazla defa girmediğinizden emin olun. Otomatik tamamlama sistemimiz size bu konuda yardımcı olacaktır.
5
Mümkünse, takson tanıtım yazısı (Taksonomi yazısı) girin.
Bu araç sadece taksonları sisteme girmek için geliştirilmiştir. Dolayısıyla taksonlara ait minimal bilgiye yer vermektedir. Evrim Ağacı olarak amacımız, taksonlara dair detaylı girdilerle bu projeyi zenginleştirmektir. Girdiğiniz türü daha kapsamlı tanıtmak için Taksonomi yazısı girin.
Gönder
Tür Gözlemi Ekle
Tür Seç
Fotoğraf Ekle
Kurallar
Komünite Kuralları
Bu platform, bizzat gözlediğiniz türlerin fotoğraflarını paylaşabilmeniz için geliştirilmiştir. Yapacağınız paylaşımlar Evrim Ağacı'nın kurallarına tabidir. Ayrıca bu komünitenin ek kurallarına da uymanız gerekmektedir.
1
Net ve anlaşılır görseller yükleyin.
Her zaman bir türü kusursuz netlikte fotoğraflamanız mümkün olmayabilir; ancak buraya yüklediğiniz fotoğraflardaki türlerin özellikle de vücut deseni gibi özelliklerinin rahatlıkla ayırt edilecek kadar net olması gerekmektedir.
2
Özgün olun, telif ihlali yapmayın.
Yüklediğiniz fotoğrafların telif hakları size ait olmalıdır. Başkası tarafından çekilen fotoğrafları yükleyemezsiniz. Wikimedia gibi açık kaynak organizasyonlarda yayınlanan telifsiz fotoğrafları yükleyebilirsiniz.
3
Paylaştığınız fotoğrafların telif hakkını isteyemezsiniz.
Yüklediğiniz fotoğraflar tamamen halka açık bir şekilde, sınırsız ve süresiz kullanım izniyle paylaşılacaktır. Bu fotoğraflar nedeniyle Evrim Ağacı’ndan telif veya ödeme talep etmeniz mümkün olmayacaktır. Kendi fotoğraflarınızı başka yerlerde istediğiniz gibi kullanabilirsiniz.
4
Etik kurallarına uyun.
Yüklediğiniz fotoğrafların uygunsuz olmadığından ve başkalarının haklarını ihlâl etmediğinden emin olun.
5
Takson teşhisini doğru yapın.
Yaptığınız gözlemler, spesifik taksonlarla ilişkilendirilmektedir. Takson teşhisini doğru yapmanız beklenmektedir. Taksonu bilemediğinizde, olabildiğince genel bir taksonla ilişkilendirin; örneğin türü bilmiyorsanız cins ile, cinsi bilmiyorsanız aile ile, aileyi bilmiyorsanız takım ile, vs.
Gönder
Tür Ara
Aradığınız türü bulamadıysanız buraya tıklayarak ekleyebilirsiniz.