Rekombinant Plazmit Transformasyonu Nedir? Ve Nasıl Yapılır?

Rekombinant Plazmit Transformasyonu, genleri klonlamak için kullanılan bir yöntemdir.

Plazmit Nedir?: Plazmitler, bakteri hücrelerinde bulunan küçük halkasal DNA molekülleridir. Genellikle bir veya daha fazla gen taşırlar. Örneğin, antibiyotik direnci gibi yararlı özellikleri kodlayabilirler.^[1]

Rekombinant Plazmit Transformasyonu: Bu işlemde, istediğimiz bir geni plazmit içine yerleştiririz. Bu gen, plazmitin içinde taşınır ve bakteri hücresine transfer edilir. Bakteri hücresi bu rekombinant plazmiti alır ve çoğaltır. Böylece gen kopyaları üretilir.

Neden Kullanırız?: Bu yöntem, genleri klonlamak ve daha sonra bu genleri incelemek için kullanılır. Örneğin, bir organizmadaki normal genlerin nasıl işlediğini anlamak için yapay, rekombinant gen versiyonları elde ederiz.

Teorik bilgilere az çok hakim olduğumuza göre "Rekombinant Plazmit Transformasyonu" nasıl yapıldığına geçebiliriz.

1- Plazmit DNA Hazırlığı:

Plazmit DNA’sı, genetik bilgileri taşıyan bir tür genetik materyaldir. Bu DNA istenilene uygun şekilde seçilir ve çoğaltılır. Restriksiyon enzimleri, DNA’yı kesmek için kullanılan özel enzimlerdir. Kesilmiş DNA’yı bir tüp içinde saklanır. Jel elektroforezi, DNA’nın boyutunu ve kesilip kesilmediğini doğrulamak için kullanılan bir yöntemdir.^[2]

2- Hücre Hazırlığı:

Bakteri hücreleri, deneyde kullanılacak canlı organizmalardır. Bu hücreler yine istenilen amaca uygun olacak şekilde seçilir ve çoğaltılır. Hücreler soğuk kalsiyum klorür ile yıkanır. Bu işlem, hücrelerin dönüşüm sırasında plazmit DNA’sını daha iyi almasını sağlar.

3- Transformasyon:

Plazmit DNA’sını hücrelere eklenir. Bu, hücrelerin genetik materyali almasını sağlar. Elektroporasyon veya ısı şoku gibi yöntemlerle hücreleri dönüştürülür. Bu, plazmit DNA’sının hücre içine girmesini kolaylaştırır.

Evrim Ağacı'ndan Mesaj

Neden Desteğe İhtiyacımız Var?

Aslında maddi destek istememizin nedeni çok basit: Çünkü Evrim Ağacı, bizim tek mesleğimiz, tek gelir kaynağımız. Birçoklarının aksine bizler, sosyal medyada gördüğünüz makale ve videolarımızı hobi olarak, mesleğimizden arta kalan zamanlarda yapmıyoruz. Dolayısıyla bu işi sürdürebilmek için gelir elde etmemiz gerekiyor.

Bunda elbette ki hiçbir sakınca yok; kimin, ne şartlar altında yayın yapmayı seçtiği büyük oranda bir tercih meselesi. Ne var ki biz, eğer ana mesleklerimizi icra edecek olursak (yani kendi mesleğimiz doğrultusunda bir iş sahibi olursak) Evrim Ağacı'na zaman ayıramayacağımızı, ayakta tutamayacağımızı biliyoruz. Çünkü az sonra detaylarını vereceğimiz üzere, Evrim Ağacı sosyal medyada denk geldiğiniz makale ve videolardan çok daha büyük, kapsamlı ve aşırı zaman alan bir bilim platformu projesi. Bu nedenle bizler, meslek olarak Evrim Ağacı'nı seçtik.

Eğer hem Evrim Ağacı'ndan hayatımızı idame ettirecek, mesleklerimizi bırakmayı en azından kısmen meşrulaştıracak ve mantıklı kılacak kadar bir gelir kaynağı elde edemezsek, mecburen Evrim Ağacı'nı bırakıp, kendi mesleklerimize döneceğiz. Ama bunu istemiyoruz ve bu nedenle didiniyoruz.

Destek Ol

4- Seçici Ortamda Kültüre Etme:

Hücreleri seçici besiyerine eklenir. Bu besiyeri, sadece plazmit taşıyan hücrelerin hayatta kalmasını sağlar. Plazmit taşıyan hücreleri seçilir ve çoğaltılır. Bu, istenen genetik materyalin çoğalmasını sağlar. Böylelikle deneyin doğru bir şekilde ilerlediği tekrar kontrol edilmiş olur.

Şimdi ise size kendi yaptığım deneyden elde ettiklerimi paylaşmak istiyorum.

Deneye ilk olarak bir bakteriden alınmış plazmit DNA'sını istediğim hücrelerin bir kısmına ısı şoku yöntemi ile aktardım. Ardından elimdeki hücreleri üç farklı besi ortamına koydum. Benim aktarmak istediğim özellik antibiyotik direnci idi. Bu yüzden antibiyotikli besi ortamının yarısına başta elimde olan ve DNA'sı ile oynanmamış hücreleri, diğer tarafına ise antibiyotik direnci kazandırdığım hücreleri yerleştirdim ve büyümelerini gözlemledim. Antibiyotikli ortamda, direnci olmayan hücreler çoğalamazken, antibiyotik direnci geni taşıyan hücreler çoğalabildi. Böylelikle deneyin başarılı bir şekilde gerçekleştiğini anladım.

Aşağıya bu deneyi çizgi romansı bir tarzda anlatan kendi hazırladığım bir resim ve hücrelerin farklı ortamlarda büyümesini daha iyi anlamanız için birkaç görsel bırakacağım.