Evrimi Görselleştiren Siteler: Evrim Ağacı'nı Kurcalamak İsteyenler İçin Bir Kaynak!

Evrim, bugüne kadar var olmuş yüz milyarlarca türü ve günümüzde var olan on milyonlarca ökaryotik ve prokaryotik türü kapsadığı için, bunca türün birbiriyle olan akrabalık ilişkilerini göstermek kimi zaman zorlu bir göreve dönüşebilmektedir. Özellikle de yeni veriler ışığında akrabalıkların değişiyor olması, bu ağaçların da güncellenmesini gerektirmektedir. Ek olarak, çoğu durumda araştırmacılar bütün türlerin değil, kendi uzmanlık alanlarında kalan az sayıda türün evrimsel akrabalık ilişkilerini araştırmaktadır. Dolayısıyla çoğu durumda bölük pörçük olabilen on binlerce araştırmadan gelen verileri birleştirmek son derece meşakkatli bir iş olabilmektedir.

Buna rağmen, bugüne kadar geliştirilen birçok veritabanı ve görselleştirme, türlerin birbirleriyle akrabalık ilişkilerini kolay ve etkili bir şekilde görebilmemize katkı sağlamakta, bu ağaçların farklı dalları arasında gezinmeyi mümkün kılmaktadır.

Bu yazımızda, bunu yapan farklı siteleri sizlerle paylaşacağız.

İnternetteki Evrim Ağaçları

Yaşam Ağacı

Bu konuda kendi girişimimiz olan Yaşam Ağacı projemize öncelik vermemizi mazur göreceğinizi ümit ediyoruz:

• İnternet Sitesi: https://evrimagaci.org/yasam-agaci

Bilgi: Yaşam Ağacı; farklı dal bağlantılarına tıklandıkça ekranınıza sığamayacak büyüklüğe erişebilecek bir ağaç olduğu için, bu sayfada daha rahat hareket edebilmeniz için sayfa "sürüklenebilir yapıda" hazırlanmıştır. Herhangi bir yere tıklayıp, farenizi sürükleyerek sayfada gezinebilirsiniz.

Yaşam Ağacı

Yaşam Ağacı, Evrim Ağacı tarafından başlatılan ve Evrim Ağacı yazarları tarafından geliştirilen bir türler kataloğudur. Bu türler, evrimsel akrabalık ilişkilerine göre, filogenetik bir ağaç olarak gösterilmektedir. Dolayısıyla birbirine yakın dallarda bulunanlar daha yakın, uzak dallarda bulunan daha uzak akraba türlerdir. Dalların ucundaki isimlere tıklayarak, o takson ile ilgili bilgi alabileceğiniz içeriğimize gitmeniz mümkündür. Bu içerikler içinde, Evrim Ağacı bünyesinde çalışan gözlemci ve fotoğrafçılarımızın özgün gözlem ve fotoğraflarını görmeniz mümkün olacaktır.

Yaşam Ağacı, sabit bir ağaç değildir; Evrim Ağacı üyesi olan doğa gözlemcilerimizin ve doğa fotoğrafçılarımızın yaptıkları gözlemler ve çektikleri fotoğraflara bağlı olarak zaman içinde gelişmekte, değişmekte, evrimleşmektedir. Dolayısıyla Yaşam Ağacı'na her uğradığınızda, yeni dalların oluştuğunu görebilirsiniz. Ayrıca proje yapım aşamasında olduğu için, dalların ve ara basamakların eksik olduğunu görebilirsiniz. Bu eksikler zaman içerisinde tamamlanacaktır.

Dünya'da yaşayan ortalama 8.7 milyon ökaryotik, on milyonlarca prokaryotik canlı türü bulunmaktadır. Bu yaşayan türler, bugüne kadar yaşamış ve yok olmuş bütün türlerin %0.1 civarını oluşturmaktadır. Bu sayılar ışığında, Yaşam Ağacı projesinin ne kadar azimli, zorlu ve uzun dönem bir proje olduğunu anlamak mümkündür. Ancak amacımız, başta Türkiye'de bulunan türleri, Türkiye'deki doğa gözlemcilerimizin özgün tespitleriyle kategorize etmek, bir yandan da tüm Dünya'daki türleri yavaş yavaş Yaşam Ağacı'na eklemektir.

Eğer siz de kendi gözlemlerinizi içerik olarak eklemek isterseniz, buraya tıklayarak gönderebilirsiniz.

Lifemap

ABD Ulusal Biyoteknoloji Enformasyon Merkezi'nin (NCBI) taksonomi veritabanını otomatik olarak görselleştiren, en basit evrim ağacı sitelerinden biri. NCBI veritabanı fazlasıyla "mekanik" olduğu için, Lyon Üniversitesi bunu daha anlaşılır bir görselleştirmeye çevirmiş:

• İnternet Sitesi: http://lifemap-ncbi.univ-lyon1.fr/

Lifemap

OneZoom

Evrimi fraktal bir ağaç olarak gösteren harika bir internet sitesi:

• İnternet Sitesi: https://www.onezoom.org/life/@Hominidae=770311

OneZoom

Her bir dala yaklaşıp uzaklaşarak türler ve taksonlar arası akrabalık ilişkilerini görebilirsiniz.

OneZoom

Ayrıca sağ üst kısımda "Advanced Search" (Gelişmiş Arama) kısmını açarak, 2 ayrı taksonu girmeniz hâlinde bunların ayrışma yerini ve her birine giden dalları görmeniz mümkün (örnek):

OneZoom

Open Tree of Life

Bugüne kadar geliştirilmiş en kapsamlı evrim ağaçlarından biri bu:

• İnternet Sitesi: https://tree.opentreeoflife.org/

Open Tree of Life

Ne yazık ki Lifemap gibi oldukça kısıtlı miktarda bilgiye sahip olan sitede, daha ziyade güncel taksonomiyi takip etmek mümkün. Ayrıca arayüzü de diğerleri kadar ilgi çekici ve basit değil.

TimeTree

Temple Üniversitesi tarafından sürdürülen TimeTree projesi, 2 türün ortak atasının ne zaman yaşadığını veya bir türün evrimsel geçmişinin ne olduğunu görebilmeniz için tasarlanmış, David Attenborough'nun Emmy Ödüllü belgeseli Rise of Animals'da da gösterilmiş olan, harika bir internet sitesi.

• İnternet Sitesi: http://timetree.temple.edu/

TimeTree

Örneğin "Get Divergence Time" (Ayrışma Zamanını Öğren) kısmındaki Taxon 1'e insan (Homo sapiens), Taxon 2'ye Çam Ağaçları (Pinus) girecek olursanız, böyle bir sonuç veriyor:

Timetree

Burada, bu iki taksonun ayrıştığı medyan zaman (bu örnekte 1113 MYA = 1113 milyon yıl = 1.1 milyar yıl) ile tahmini ayrışma zamanı (bu örnekte 1144 MYA) verilmekte. Burada "medyan" ve "tahmini" gibi istatistik terimleri kullanılmasının nedeni, sitenin bu ayrışmayı hesaplamakta kullanılabilecek verisetlerine sahip makaleleri tarayıp, bunların istatistiki analizini yapıp, ona göre hata payları çerçevesinde bir süre veriyor. Mesela bu örnekte, eldeki araştırmalar göre, 1144 MYA sayısının güven aralığı 672-1270 MYA olarak verilmiştir; yani girilen iki taksonun ortak atası 672 milyon ilâ 1270 milyon yıl önce arasında yaşamış olmalıdır. Bu sonuca ulaşmakta kullanılan makaleler ve her bir makalenin ayrışma tahmini de alt kısımda verilmektedir (her birine tıklayarak makaleleri de okuyabilirsiniz):

Timetree

Ayrıca bu ayrışma süresince geçen jeolojik zaman skalası, Dünya'ya çarpan göktaşları, Güneş parlaklığının değişimi, CO₂ ve O₂ değerleri de bu grafikte gösterilmektedir (en sağdaki noktalar, yukarıdaki makalelerin tahmin ettiği ayrışma süresini ayrı ayrı göstermektedir; noktalara tıklayarak makalelere de inebilirsiniz):

TimeTree

Sitenin ana sayfasındaki 2. kısım olan "Get an Evolutionary Timeline" (Evrimsel Geçmişi Gör) seçeneğine Homo sapiens gibi bir tür girecek olursanız, türün evrim ağacını ve türe kadar gelecek olan soy hattının her bir gruptan ayrışma süresini "milyon yıl" cinsinden görebilirsiniz:

TimeTree

EvoGeneao

Daha önceden statik hâlini Türkçeye kazandırdığımız bu site, bizim favorilerimiz arasında ve evrim tarihini öğrenmek açısından çok faydalı:

• İnternet Sitesi: https://www.evogeneao.com/en/explore/tree-of-life-explorer

Evogeneao

Zamanı, bir göle atılan taşın etrafında yayılan dalgalar gibi modelleyen bu ağaç, insan ve diğer tüm canlıların ortak kökenini görebilmeniz için harika görselleştirme sunuyor. Örneğin koniferlerin üzerine tıkladığınızda, bu ağaçlarla insanların ortak atasının neye benzediğini ve kaç nesil önce yaşadığını görebiliyorsunuz:

Evogeneao

Interactive Tree of Life

Biraz daha akademik ve üst düzey bir araç olan iTOL, dairesel bir evrim ağacı modelini takip ediyor:

• İnternet Sitesi: https://itol.embl.de/itol.cgi

iTOL

Bu siteyi kullanarak kendi ağaçlarınızı çizebiliyorsunuz, var olan verisetlerinizi işaretleyebiliyorsunuz ve ürettiğiniz ağaçların çıktılarını alabiliyorsunuz. Üstelik bu araç, üzerinde 50.000'den fazla dal olan ağaçları bile görselleştirmenizi ve sağ üstteki araçlar menüsü sayesinde özelleştirmenizi sağlıyor.

Agora Bilim Pazarı

Matt Haig Roman Seti

Zamanı Durdurmanın Yolları
Tom Hazard’ın tehlikeli bir sırrı var. 41 yaşında sıradan bir tarih öğretmeni gibi görünse de nadir rastlanan bir hastalık yüzünden aslında yüzyıllardır hayatta. Shakespeare’le aynı sahnede yer almış, Kaptan Cook’la açık denizleri fethetmiş, Fitzgerald’larla içki içmiş. Ama şimdi, tek istediği normal bir hayat sürmek. Kimliğini değiştirmeye devam ettiği sürece geçmişini geride bırakabilir ve hayatta kalabilir.

Yapmaması gereken tek bir şey var, âşık olmak.

İngiltere’nin en önemli yazarlarından Matt Haig’in büyükövgü toplayan, 37 dile çevrilen ve yakında Benedict Cumberbatch tarafından sinemaya aktarılacak kitabı Zamanı Durdurmanın Yolları, insanın kendini kaybedip tekrar bulmasına dair güzel bir roman.

“Matt Haig insan doğasının aydınlık ve karanlık tarafına aynı ölçüde hâkim. Ve bu yetisini harika öyküler yaratmak için kullanıyor.”-NEIL GAIMAN
“Matt Haig yüreğimizi dokuyor. Bu kitabın gücüne karşı koymak zor.”-GUARDIAN
“Olağanüstü bir kitap.-STEPHEN FRY
“Bu yılın ve nice yılların en iyi kitabı. Baş döndüren bir okuma. Zaman durdu…”-DANNY WALLACE

İnsanlar
“Bu satırları okuyanlarınızın büyük çoğunluğunun, insanların bir mitten ibaret olduğuna inandığını biliyorum ama ben size onların gerçekten var olduklarını bildirmek üzere buradayım. Bilmeyenler için söyleyeyim, insan dediğimiz şey orta zekâlı ve iki ayaklı bir yaşam formu; evrenin çok ıssız bir köşesinde yer alan küçük ve sulu bir gezegende, büyük ölçüde yanılsamalarla dolu bir varoluş sürdürüyor.”

Yağmurlu bir akşamda Profesör Andrew Martin, önce dünyanın en büyük matematik bilmecesini çözmeyi başarıyor, ardından sırra kadem basıyor. Nihayet bir yol kenarında çırılçıplak halde bulunduğunda, kıyafetsizlikten daha ciddi bir meselesi olduğu ortaya çıkıyor: Andrew Martin artık insanlardan tiksiniyor; görünüşlerinden de yiyip içtiklerinden de bitmeyen şiddet ve savaş arzularından da… Yabancı bir tür arasında kaybolmuş hissediyor kendini. Sevgi ve aile kavramları onda şaşırtıcı bir ilgi uyandırsa da tüm sakinlerinden nefret ediyor bu gezegenin. Newton hariç… Ama o da bir köpek işte…

Sahi, kim bu adam? Onun –ya da herhangi birinin– insanlık hakkındaki tüm fikrini değiştiren şey ne olabilir?

Son yılların en önemli romancılarından Matt Haig, onca karmaşıklığına rağmen hayatın içindeki mutluluğa ve insan doğasına dair alışılmadık bir hikâye sunuyor. İnsanlar, neşeli ve etkileyici bir üslupla “bizi” bize anlatıyor.

Gece Yarısı Kütüphanesi
“Yaşamla ölüm arasında bir kütüphane var,” dedi. “Bu kütüphanedeki raflar sonsuza kadar gider. Her kitap yaşamış olabileceğin başka bir hayatı yaşama şansını sunar sana. Farklı seçimler yapmış olsan, şu an nasıl bir hayatın olacağını görürsün…Pişmanlıklarını telafi etme şansın olsaydı, bazı konularda farklı davranır mıydın?”

Nora Seed berbat halde. Kedisi öldü. İşinden kovuldu. Abisi onunla konuşmuyor. Kimsenin ona ihtiyacı yok. Art arda alınmış kötü kararların sonucunda bir kütüphanede buluyor kendini. Zamanın hiç akmadığı bir gece yarısı kütüphanesinde, sonsuz sayıda kitabın ortasında… Kitapların her birinde Nora’nın farklı bir hayatı yazılı. Başka kararlar verseydi yaşamış olabileceği hayatlar. Farklı kariyerler, farklı eşler, farklı arkadaşlar, farklı şehirler arasında gidip gelen Nora’nın aklı sorularla doluyor. Mutluluk sadece önemli sandığımız seçimlerde mi gizli? Yanlış giden her detayın sorumlusu gerçekten biz miyiz? Hayatı yaşanılır kılan ne? Yanlış bir karar insanın tüm hayatına mal olabilir mi?

İngiliz edebiyatının önemli isimlerinden Matt Haig; Nora’nın pişmanlıklara, ihtimallere ve yeniden seçme imkânına dair çıktığı bu yolculukta, ona eşlik edecek okurlara sürükleyici ve insanın en temel sorunlarını konu alan bir kurgu sunuyor.

Devamını Göster

₺420.00

Satın Al Tüm Ürünler

• Dış Sitelerde Paylaş

NextStrain

Özellikle SARS-CoV-2 gibi patojenlerin evrimine odaklanan bu site, uluslararası bir işbirliğine dayanıyor ve hastalıkların evrimine güçlü bir ışık tutuyor:

• İnternet Sitesi: https://nextstrain.org/

NextStrain

Ne yazık ki tüm türlerin evrim ağaçlarını göremediğiniz için, burada daha kısıtlı bir bilgiye erişiminiz var. Buna rağmen, o bilgiyi muhteşem bir şekilde görselleştirmek mümkün. Örneğin yukarıdaki ağacı, radyal/dairesel bir evrim ağacına çevirebiliyoruz:

NextStrain

Site, evrimin "popülasyon içi gen ve özellik dağılımlarının zaman içinde değişimi" şeklindeki ana tanımını da enfes bir şekilde görselleştiriyor:

NextStrain

Buradaki yükseklik miktarı, belli bir virüs suşunun popülasyon içindeki frekansını, dolayısıyla baskınlığını gösteriyor.

Microreact

Spesifik genetik epidemiyoloji verisetlerini filogenetik görselleştirmeye çeviren Microreact da NextStrain gibi daha kısıtlı ve niş ağaçlara odaklanıyor:

• İnternet Sitesi: https://microreact.org/

Microreact

Örneğin Y kromozomuna dayalı insan filogenisini şu şekilde görmek mümkün:

Microreact

Herhangi bir veri noktasına tıklayarak, onun ağaç üzerindeki yerlerinin işaretlenmesini de sağlayabiliyoruz:

Microreact

Sonuç

Görülebileceği gibi internette evrimi görselleştiren bolca araç bulmak mümkün. Tabii ki tüm bunların ne anlama geldiğini anlayabilmek için, evrimsel biyolojiyle biraz daha aşina olmak gerekiyor; bu nedenle de Evrim Ağacı sitemizi kullanabilirsiniz (buradan başlayabilirsiniz). Ayrıca bütün canlılığın sistematik sınıflandırmasıyla ilgili (İngilizce) bir anlatım isterseniz, bu video serisini öneririz.