En Basit Şekilde Yeni Koronavirüs Antivirallerini İnceleme: SARS-CoV-2’nin Tedavi Mekanizmaları Nasıl Çalışır?

SARS-CoV-2’nin uç kısmının (başak) protein yapısı temelde iki bölümde incelenebilir. Bu bölümlerden birinin işlevi virüsün etkileştiği; alveollerde, böbreklerde, atardamarlarda ve bağırsaklarda bulunan bir hücre zarı proteinini hedef alır. Bu protein, "Anjiyotensin Dönüştürücü Enzim 2" ya da kısaca ACE-2 olarak adlandırılan ve kan basıncını anjiyotensin üzerinden bir tepkimeyle ayarlamaya yol açan bir enzimdir.

Virüsün dış yapısındaki bir diğer protein ise etkileştiği hücreyle virüsün kaynaşmasını sağlar, böylece onun işlevini gerçekleştirmesine ortam sağlar. Bu iki protein yapısının ayrışması, hücre zarımızdaki “Serin Proteazı” tarafından sağlanarak, tutunma işleminden birleşme işlemine geçiş sağlanır.

Tedavi Yöntemleri Neyi Hedefler ?

1. Antijen ve Antikorlar

Bu tedavi yönteminde ana amaç, virüsün taç yapısındaki proteininin ACE-2 enzimiyle kuracağı etkileşimi önlemek ve virüsün tutunmasını sağlamak yerine; bu proteinlerin yaratacağı elektrostatik bağın benzerini yaratacak bileşiği oluşturmak ve onun hücreye tutunmasını sağlamaktır.

Tam tersine, eğer virüsün ACE-2 yerine benzeri bir etkileşim kuracağı bir bileşiği oluşturmak, bu sefer onun tutunabirliğinin engellenmesine yol açar. Hastalara rekombinant ACE-2’nin verilerek, virüsün başak proteinin bu enzime tutunması esasına dayanan tedavi yöntemi sıklıkla tercih edilir.

2. Proteaz İnhibitörü

Bu yöntemde amaç, serin proteazı olarak virüsün özgül protein yapısına etki eden TMPRSS-2’nin bu proteinleri ayrıştırması ve virüsün işlev mekanizmasını devam ettirmesini önlemek amacıyla bu enzimi inhibe etmektir.

Onaylanmış serin proteazı inhibörü olan Kamostat Mesilat’ın TMPRSS-2 enzimini inhibe ettiği gözlemlenmiştir ve bir tedavi yöntemi arasındadır.

Virüs Nasıl İşliyor?

Virüsün işlev mekanizmasına devam edelim, yani hücreyle bütünleşmesinden sonraki kendini çoğaltma aşamalarına bir göz atalım. Sonrasında bu mekanizmaları engelleyerek tedavi yaratan seçenekleri inceleyelim.

Virüs, hücreye kendi genetik bilgisini aktardığında (bu bilgi tek sarmal bir RNA’dır) hücre, bu bilgiyi mesajcı RNA olarak işleme koyar ve bir protein zinciri sentezler. Bu protein zincirinin ayrışarak kullanıma hazır parçaları şunları içerir:

• RNA Polimeraz (yeni virüslerin oluşturulması için genetik materyali çoğaltacak olan enzim),
• Helikaz (oluşturulacak yeni viral rna’larda baz eşleşmelerini engelleyen enzim) ve
• yapısal olmayan ama virüsün hücre içi aktivitesinde rol oynayan kimi proteinler.

StatPearls

Peki bu aşamada, tedavi yöntemleri neyi hedefler? Polimeraz inhibisyonunu! Bu amaçla kullanılacak bir antiviralin, öncelikle hedef polimerazın sentezleneceği baz dizisinin çözümlenmesinin ve herhangi bir olası tedavi edici bileşikle etkileşebilecek bir bölgesinin belirlenmesinin ardından yaratılabileceğini düşünürüz.

Ama SARS-CoV-2’nin RNA-polimerazının sentezlendiği baz dizisinin, diğer yakın virüs örnekleriyle kıyaslandığında kimi benzer diziler içerdiği ve bu benzerliğin olduğu virüslerdeki polimerazların hedeflendiği bölgelerin aktivitesinin korunduğu görünür. 

Böylelikle başka virüsler için kullanımı onaylanmış polimeraz inhibitörlerini kullanarak iyi sonuçlar alabileceğimizi düşünürüz. Elbette bu etkileşimlerin test edilebileceği yazılımlarla ve devamında insanlar üzerindeki tedavilerde de görüldüğü gibi , bu seçenek başarılı olmuştur. Bu tedavi yoluna favipiravir, remdesivir, lopinavir/ritonavir karışımı örnek verilebilir.