Çok Sayıda Araştırma Grubu, Tüm Türlerin Genomunu Dizilemek İçin Yıllardır Didiniyor! Neden?

Bilim Cemiyetindeki İşbirliği, Türlerin Tanınmasında ve Korunmasında Büyük Öneme Sahip!

Çok Sayıda Araştırma Grubu, Tüm Türlerin Genomunu Dizilemek İçin Yıllardır Didiniyor! Neden?
Yazar Anna Azvolinsky
7 dakika
841 Okunma Sayısı
Notlarım
Reklamı Kapat
Tarihi Geçmiş Haber

Bu haber 7 yıl öncesine aittir. Haber güncelliğini yitirmiş olabilir; ancak arşivsel değeri ve bilimsel gelişme/ilerleme anlamındaki önemi dolayısıyla yayında tutulmaktadır. Ayrıca konuyla ilgili gelişmeler yaşandıkça bu içerik de güncellenebilir.

Bilim insanları her tür bakteri, arke, bitki ve hayvanların genlerini dizileyerek bu bilgileri halka açık hale getirmek istiyorlar; böylece sağlıkla ilgili, endüstriyel ve çevresel sorunlarla ilgili bize bilgi verecek verileri toplamayı umuyorlar.

Büyük kapsamlı dizileme çalışmaları etkileyici bir hızla dizileme işlemlerini sürdürüyorlar; buna rağmen Evrim Ağacı üzerinde halen önemli boşluklar yer alıyor. Tüm bu gruplar birbirlerinden bağımsız olarak dizileme işlemlerini sürdürüyorlar. Buna rağmen, bulgularını birleştirerek çok daha derin ve cevaplanmamış sorulara yanıtlar bulabilirler. Örneğin ilk yaşamın nasıl evrimleştiğine, şu anda nasıl işlediğine ve ileride neye benzeyeceğine yönelik soruları... Kaliforniya'nın Walnut Creek bölgesinde bulunan ABD Enerji Bakanlığı Birleşik Genom Enstitüsü'nde (JGI) görev alan ve bugüne kadar 1.000 farklı mantar genomunun dizilenmesinde görev alan program başkanı Igor Grigoriev şöyle söylüyor:

Halen gelişim aşamasındayız. Her bir konsorsiyum belli bir taksonomik alana odaklanmış halde. Her biri, kendi verilerini topluyor ve olabildiğince iyi veriler inşa etmeye çalışıyor. Bu gruplar arasında ufak çaplı iletişim söz konusu; ancak büyük çapta bir veri entegrasyonu için halen yapılacak işler var.

Bu gruplar arasında her ne kadar az miktarda iletişim olsa da, verilerinin bir kısmı ortak veritabanlarında toplanıyor. Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nin genom veritabanı yanısıra, JGI tarafından maddi destekle inşa edilen Genom Çevirimiçi Veritabanı (GOLD) da bulunuyor. Bu veritabanı, genom dizileme girişimleri ve metagenom projeleriyle ilgili bilgileri bir arada topluyor. GOLD şu anda yoğun olarak mikrobik genomlara odaklanmış vaziyette; ancak bazı ökaryotik genomları da bünyesinde barındırıyor. Bu projelerin birçoğundan gelen veriler JGI veritabanlarına entegre ediliyor ve yine Enerji Bakanlığı tarafından sağlanan KnowledgeBase isimli araç sayesinde internete yüklenebiliyor. Grigoriev bunu şöyle anlatıyor:

Reklamı Kapat

Hem gruplar arası iletişim, hem de yaşamın farklı alanlarıyla ilgili daha geniş çaptaki bilimsel soruların sorulabilmesi için yaratıcı araçlar geliştirilmesi çok önemlidir. Bilim cemiyeti olarak sanıyorum ki şu anda böyle bir bütünleşmeye doğru ilerliyoruz.
Evrim Ağacı tarafından çevrilmiştir. 24 Nisan 2014'e ait verilerdir. Son 250 yıldır 1.2 milyon ökaryot türü tanımlanmıştır ve taksonomik olarak sınıflandırılmıştır. Dünya üzerinde tahminen 100.000-10 milyon arası bakteri ve arke ile yaklaşık 8.7 milyon ökaryot türü bulunmaktadır. Ökaryotların tür sayısı 7.4 milyon ila 10 milyon arasında değişmektedir. Bunların 2.2 milyon civarı denizel organizmalardır.
Evrim Ağacı tarafından çevrilmiştir. 24 Nisan 2014'e ait verilerdir. Son 250 yıldır 1.2 milyon ökaryot türü tanımlanmıştır ve taksonomik olarak sınıflandırılmıştır. Dünya üzerinde tahminen 100.000-10 milyon arası bakteri ve arke ile yaklaşık 8.7 milyon ökaryot türü bulunmaktadır. Ökaryotların tür sayısı 7.4 milyon ila 10 milyon arasında değişmektedir. Bunların 2.2 milyon civarı denizel organizmalardır.

İnşa edilen bu ilkin koleksiyona rağmen halen bazı gruplar kendi alanlarındaki kritik türlerin genomu üzerinde çalışıyorlar. 2011 senesinde mikrobiyal genomik cemiyetinin üyeleri bir metin yayınladılar. Bu metin, geniş çaplı genom dizileme projelerine, özellikle de bakteri ve arkelerin genomlarının dizilenmesi için fon sağlanmasına çağrıda bulunuyordu. Amaç, bakterilerin Evrim Ağacı'ndaki boşlukları doldurabilmekti. Ancak bu çağrı pek işe yaramadı; ancak Bakteri ve Arke Genomik Ansiklopedisi (GEBA) pilot projesi gibi binlerce mikrobik canlının genomunu barındıran genom dizileme girişimleri, genetik bilimciler ve mikrobiyel biyologların bu dizileme çalışmalarının tamamlanabileceğine inanmasını sağladı. JGI'daki mikrobik genomik ve metagenomik programı başkanı Nikos Kyrpides şöyle diyor:

3 yıl önce bunun bir dönüm noktası olduğunu sandık. Bilim cemiyeti, mikrobik dizileme çalışmalarının daha fazla fon alacağına inanıyordu. Bu sadece halk sağlığı ve sanayi uygulamaları için değil, filogenetik evrim ağacı üzerinde bizlere kıyas yapabileceğimiz genomlar da sağlayacaktır.

JGI'daki araştırmacılar ve birkaç uluslararası enstitü, o zamandan bu yana 3.000 civarında mikrobun tüm genetik haritasını çıkardılar. Ancak bakteri ve arke alanlarının genomları halen boşluklarla dolu. Bu sebeple Kyrpides ve arkadaşları şu anda Mikrobiyal Dünya Projesi isimli bir projenin önemine yönelik kamuoyu yaratmak için yeni ve güncellenmiş bir metin yayınlamaya hazırlanıyorlar. Bu proje sayesinde önümüzdeki 3 sene içerisinde 11.000 farklı türün 7.830 tanesinin genomları dizilenecek. Kyrpides şöyle söylüyor:

Bugüne kadar bildiğimiz arke ve bakteri çeşitliliğinin sadece %10-15 arası dizilendi. Bu inanılmaz küçük bir miktar.

Problemin bir kısmı, birçok devlet ve özel fon ajanslarının, insan sağlığı, endüstriyle ilgili araştırmalar ve çevresel sorunlara yönelik türlerin genomlarını dizileyecek araştırmalara fon ayırmak istiyor oluşu. İspanya'nın Barcelona şehrinde bulunan Genomik Düzenleme Merkezi Biyoinformatik ve Genomik Bölümü'nün başındaki Toni Gabaldon şöyle söylüyor:

Çoğu zaman örneğin tarım için faydalı olan türlerin genomlarını dizilemek için fon almak kolay oluyor. Bu tür projeler fon alma sürecinden çok daha hızlı geçiyor, çünkü devletler ve şirketler bu şekilde yönlendirilmiş çabaları desteklemek istiyorlar.

Kyrpides, bu fon ajanslarının çoğu zaman birlikte çalışmadığını ancak genellikle geniş, ansiklopedik dizileme çalışmaları için birden fazla ajanstan fon almak gerektiği ve bunun bir sorun olduğunu söylüyor. Bunu şöyle açıklıyor:

Fon ajanslarının tutumlarını değiştirmesi için uğraşıyoruz: projeleri uygulamalarına göre ayırmayın, birlikte çalışın!

Genomik dizileme konsorsiyumlarının büyük bir kısmı Evrim Ağacı'nın belirli dallarını dizilemeye kendilerini adamış vaziyetteler. Aynı dal üzerinde çalışan araştırmacılar, kaynaklarını bir arada toplamanın bilimsel gelişimi kat kat hızlandırdığını fark ettiler. Bunu fark eden gruplar arasında Küresel Omurgasızlar Birliği (GIGA), 5.000 Böcek Henomu Projesi (i5K), 1.000 Mantar Genomu Projesi, ABD Ulusal Bilim Vakfı (NSF) Bitki Genomu Araştırma Programı ve Genom 10.000 Projesi var. Bu son proje, 10.000 omurgalı genomunu dizilemeyi hedefliyor. Bunlara ilaveten Smithsonian Enstitüsü tarafından yürütülen Küresel Genom Girişimi (GGI) de bulunuyor. Bu girişim, şimdiye kadar tanımlanmış 9.500 omurgasız, omurgalı ve bitki ailesinden en azından 1'er türün genomunu dizilemeyi hedefleyen ortak bir girişim.

Evrim Ağacı'ndan Mesaj

ABD Tarım Bakanlığı'nın konuyla ilgili ulusal programının lideri olan ve i5K projesinin liderlerinden biri olan Kevin Hackett, piyasaya giderek daha fazla sayıda uzun okuma ve dizileme teknolojisi sürüldükçe, genomları dizileme masraflarının da düştüğünü söylüyor. Hackett, aynı zamanda bu durumun bir rekabeti doğurduğunu ve böylece uzmanların kendi biyolojik arka planları çerçevesinde diziledikleri verileri toplayıp, isimlendirip, bir arada toplamalarına teşvik ettiğini söylüyor.

Bu analitik çabalar çok önemli. Çünkü araştırmacılar fon için rekabet etmektense, bu ortak hedefler çerçevesinde birleşiyorlar, gereksiz tekrarlardan kurtuluyorlar ve toplam masrafları düşürüyorlar. iPlant İşbirliği'nin yöneticisi olan Stephen Goff, genomik araştırmalar sahasında gerçek bir ortaklık kültürünün evrimleşmeye başladığını söylüyor.

iPlant grubu, kendi açılarından yeni genomik dizileme verileri üretmektense, bulut hesaplama (cloud computing), veri depolama ve genomik analiz araçlarının daha geniş bir bitki araştırmaları cemiyetinin hizmetine sunulabilmesi konusunda çalışıyor. Örneğin iPlant, Afrika Ekin Konsorsiyum'unun, kıtanın tarımını geliştirecek olan 101 ekin türünün dizilenmesi için gereken siber altyapıyı ve analiz araçlarını geliştiriyor. Goff'un anlattığına göre iPlant aynı zamanda i5K projesi ve diğer böcek dizileme projeleri için altyapının sağlanması için gönüllü oldu.

Diğer gruplar ise kendilerinin veri depolama ve analiz araçlarını üretiyor. NSF'in kendine ait Bitki Genomu Araştırma Programı olmasına rağmen, sadece yeni genom dizileri üretmiyorlar; aynı zamanda tüm var olan genomik veriyi bir arada toplayacak bir platform geliştirmeye çalışıyorlar. Bu veritabanında genomları dizilenmiş tüm türlerin evrimsel ilişkileri ve tür çeşitliliği bilgileri yer alacak. Avrupa'daysa Avrupa Yaşam Bilimleri Biyolojik Bilgi Altyapısı (ELIXIR) üyeleri bilim insanlarının bütün genomlar gibi büyük veri kümelerini depolayıp paylaşabilecekleri bir kaynak geliştirmeye çalışıyorlar. JGI'da görev alan Grigoriev'in takımı internet tabanlı ve halka açık bir genom kaynağı oluşturmaya çalışıyorlar. Grigoriev şöyle anlatıyor:

Reklamı Kapat

MycoCosm, mantar genomik verilerinin ve işlemsel araçların entegrasyonuna bir örnektir. Bu araç, mantar biyologlarını ve araştırma cemiyetlerini bir araya getirmektedir. Buradan yola çıkarak, bir sonraki durağımız olan, birden fazla taksonomik alanı entegre edebileceğimiz araçlara ulaşabiliriz.

Biyoinformatik araçları, genomik araştırmalarının hızına yetişebilmek için giderek daha karmaşık olacak şekilde evrimleşmek zorunda kalacak. Örneğin belirli bitkiler, mantarlar ve iç bakteriler arasındaki karmaşık taksonomik alanlar arası ilişkileri içerebilmeli. Ancak sadece tek bir konsorsiyumun veritabanı içerisinde bile onlarca veya yüzlerce genomik dizi olduğu için, bunları barındıran depoları hazırlamak ve analitik araçları geliştirmek her zaman zorlu bir mücadele oldu. Genom 10K Projesi'nin baş araştırmacılarından biri ve Smithsonian Koruma Biyolojisi Enstitüsü'nde konuk bilim insanı olan Klaus-Peter Koepfl en son olarak şunları söylüyor:

Hesaplamalı biyoloji alanında çalışan birçok bilim insanı ve biyoinformatikçi aynı zamanda diğer biyologlarla birlikte çalışarak dizileme verilerini analiz ve organize etmeye çalışıyor. Bu zorlu bir mücadele; ancak son derece optimistik yaklaşıyorum. Çünkü bu konuda bol miktarda inovasyon ve enerji var. Tüm yaşayan canlıların filogenisini oluşturmak için önümüzde birçok engel var; ancak bu harika bir hedef!
Okundu Olarak İşaretle
Bu İçerik Size Ne Hissettirdi?
  • Tebrikler! 1
  • Bilim Budur! 1
  • Merak Uyandırıcı! 1
  • Muhteşem! 0
  • Mmm... Çok sapyoseksüel! 0
  • Güldürdü 0
  • İnanılmaz 0
  • Umut Verici! 0
  • Üzücü! 0
  • Grrr... *@$# 0
  • İğrenç! 0
  • Korkutucu! 0
Kaynaklar ve İleri Okuma
  1. Çeviri Kaynağı: New Scientist | Arşiv Bağlantısı

Evrim Ağacı'na her ay sadece 1 kahve ısmarlayarak destek olmak ister misiniz?

Şu iki siteden birini kullanarak şimdi destek olabilirsiniz:

kreosus.com/evrimagaci | patreon.com/evrimagaci

Çıktı Bilgisi: Bu sayfa, Evrim Ağacı yazdırma aracı kullanılarak 21/09/2021 02:06:17 tarihinde oluşturulmuştur. Evrim Ağacı'ndaki içeriklerin tamamı, birden fazla editör tarafından, durmaksızın elden geçirilmekte, güncellenmekte ve geliştirilmektedir. Dolayısıyla bu çıktının alındığı tarihten sonra yapılan güncellemeleri görmek ve bu içeriğin en güncel halini okumak için lütfen şu adrese gidiniz: https://evrimagaci.org/s/2363

İçerik Kullanım İzinleri: Evrim Ağacı'ndaki yazılı içerikler orijinallerine hiçbir şekilde dokunulmadığı müddetçe izin alınmaksızın paylaşılabilir, kopyalanabilir, yapıştırılabilir, çoğaltılabilir, basılabilir, dağıtılabilir, yayılabilir, alıntılanabilir. Ancak bu içeriklerin hiçbiri izin alınmaksızın değiştirilemez ve değiştirilmiş halleri Evrim Ağacı'na aitmiş gibi sunulamaz. Benzer şekilde, içeriklerin hiçbiri, söz konusu içeriğin açıkça belirtilmiş yazarlarından ve Evrim Ağacı'ndan başkasına aitmiş gibi sunulamaz. Bu sayfa izin alınmaksızın düzenlenemez, Evrim Ağacı logosu, yazar/editör bilgileri ve içeriğin diğer kısımları izin alınmaksızın değiştirilemez veya kaldırılamaz.

Reklamı Kapat
Size Özel
İçerikler
Instagram
Filogenetik
Tutarlılık
Ana Bulaşma Mekanizması
Köpekbalığı
Sağlık Bakanlığı
Enerji
Analiz
Madde
Kırmızı
Asteroid
Alzheimer
Manyetik Alan
Sinir Sistemi
Pandemik
Canlılık
Kan Hastalıkları
Ağız
Diyet
İklim
Dünya Sağlık Örgütü
Dünya
Enfeksiyon
Dil
Nükleotit
Ses
Daha Fazla İçerik Göster
Evrim Ağacı'na Destek Ol
Evrim Ağacı'nın %100 okur destekli bir bilim platformu olduğunu biliyor muydunuz? Evrim Ağacı'nın maddi destekçileri arasına katılarak Türkiye'de bilimin yayılmasına güç katmak için hemen buraya tıklayın.
Popüler Yazılar
30 gün
90 gün
1 yıl
EA Akademi
Evrim Ağacı Akademi (ya da kısaca EA Akademi), 2010 yılından beri ürettiğimiz makalelerden oluşan ve kendi kendinizi bilimin çeşitli dallarında eğitebileceğiniz bir çevirim içi eğitim girişimi! Evrim Ağacı Akademi'yi buraya tıklayarak görebilirsiniz. Daha fazla bilgi için buraya tıklayın.
Etkinlik & İlan
Bilim ile ilgili bir etkinlik mi düzenliyorsunuz? Yoksa bilim insanlarını veya bilimseverleri ilgilendiren bir iş, staj, çalıştay, makale çağrısı vb. bir duyurunuz mu var? Etkinlik & İlan Platformumuzda paylaşın, milyonlarca bilimsevere ulaşsın.
Podcast
Evrim Ağacı'nın birçok içeriğinin profesyonel ses sanatçıları tarafından seslendirildiğini biliyor muydunuz? Bunların hepsini Podcast Platformumuzda dinleyebilirsiniz. Ayrıca Spotify, iTunes, Google Podcast ve YouTube bağlantılarını da bir arada bulabilirsiniz.
Yazı Geçmişi
Okuma Geçmişi
Notlarım
İlerleme Durumunu Güncelle
Okudum
Sonra Oku
Not Ekle
Kaldığım Yeri İşaretle
Göz Attım

Evrim Ağacı tarafından otomatik olarak takip edilen işlemleri istediğin zaman durdurabilirsin.
[Site ayalarına git...]

Filtrele
Listele
Bu yazıdaki hareketlerin
Devamını Göster
Filtrele
Listele
Tüm Okuma Geçmişin
Devamını Göster
0/10000

Göster

Şifremi unuttum Üyelik Aktivasyonu

Göster

Şifrenizi mi unuttunuz? Lütfen e-posta adresinizi giriniz. E-posta adresinize şifrenizi sıfırlamak için bir bağlantı gönderilecektir.

Geri dön

Eğer aktivasyon kodunu almadıysanız lütfen e-posta adresinizi giriniz. Üyeliğinizi aktive etmek için e-posta adresinize bir bağlantı gönderilecektir.

Geri dön

Close
Geri Bildirim Gönder
Reklamsız Deneyim

Evrim Ağacı'nın çalışmalarına Kreosus, Patreon veya YouTube üzerinden maddi destekte bulunarak hem Türkiye'de bilim anlatıcılığının gelişmesine katkı sağlayabilirsiniz, hem de site ve uygulamamızı reklamsız olarak deneyimleyebilirsiniz. Reklamsız deneyim, Evrim Ağacı'nda çeşitli kısımlarda gösterilen Google reklamlarını ve destek çağrılarını görmediğiniz, daha temiz bir site deneyimi sunmaktadır.

Kreosus

Kreosus'ta her 10₺'lik destek, 1 aylık reklamsız deneyime karşılık geliyor. Bu sayede, tek seferlik destekçilerimiz de, aylık destekçilerimiz de toplam destekleriyle doğru orantılı bir süre boyunca reklamsız deneyim elde edebiliyorlar.

Kreosus destekçilerimizin reklamsız deneyimi, destek olmaya başladıkları anda devreye girmektedir ve ek bir işleme gerek yoktur.

Patreon

Patreon destekçilerimiz, destek miktarından bağımsız olarak, Evrim Ağacı'na destek oldukları süre boyunca reklamsız deneyime erişmeyi sürdürebiliyorlar.

Patreon destekçilerimizin Patreon ile ilişkili e-posta hesapları, Evrim Ağacı'ndaki üyelik e-postaları ile birebir aynı olmalıdır. Patreon destekçilerimizin reklamsız deneyiminin devreye girmesi 24 saat alabilmektedir.

YouTube

YouTube destekçilerimizin hepsi otomatik olarak reklamsız deneyime şimdilik erişemiyorlar ve şu anda, YouTube üzerinden her destek seviyesine reklamsız deneyim ayrıcalığını sunamamaktayız. YouTube Destek Sistemi üzerinde sunulan farklı seviyelerin açıklamalarını okuyarak, hangi ayrıcalıklara erişebileceğinizi öğrenebilirsiniz.

Eğer seçtiğiniz seviye reklamsız deneyim ayrıcalığı sunuyorsa, destek olduktan sonra YouTube tarafından gösterilecek olan bağlantıdaki formu doldurarak reklamsız deneyime erişebilirsiniz. YouTube destekçilerimizin reklamsız deneyiminin devreye girmesi, formu doldurduktan sonra 24-72 saat alabilmektedir.

Diğer Platformlar

Bu 3 platform haricinde destek olan destekçilerimize ne yazık ki reklamsız deneyim ayrıcalığını sunamamaktayız. Destekleriniz sayesinde sistemlerimizi geliştirmeyi sürdürüyoruz ve umuyoruz bu ayrıcalıkları zamanla genişletebileceğiz.

Giriş yapmayı unutmayın!

Reklamsız deneyim için, maddi desteğiniz ile ilişkilendirilmiş olan Evrim Ağacı hesabınıza üye girişi yapmanız gerekmektedir. Giriş yapmadığınız takdirde reklamları görmeye devam edeceksinizdir.

Destek Ol
Sizi Takip Ediyor

Devamını Oku
Evrim Ağacı Uygulamasını
İndir
Chromium Tabanlı Mobil Tarayıcılar (Chrome, Edge, Brave vb.)
İlk birkaç girişinizde zaten tarayıcınız size uygulamamızı indirmeyi önerecek. Önerideki tuşa tıklayarak uygulamamızı kurabilirsiniz. Bu öneriyi, yukarıdaki videoda görebilirsiniz. Eğer bu öneri artık gözükmüyorsa, Ayarlar/Seçenekler (⋮) ikonuna tıklayıp, Uygulamayı Yükle seçeneğini kullanabilirsiniz.
Chromium Tabanlı Masaüstü Tarayıcılar (Chrome, Edge, Brave vb.)
Yeni uygulamamızı kurmak için tarayıcı çubuğundaki kurulum tuşuna tıklayın. "Yükle" (Install) tuşuna basarak kurulumu tamamlayın. Dilerseniz, Evrim Ağacı İleri Web Uygulaması'nı görev çubuğunuza sabitleyin. Uygulama logosuna sağ tıklayıp, "Görev Çubuğuna Sabitle" seçeneğine tıklayabilirsiniz. Eğer bu seçenek gözükmüyorsa, tarayıcının Ayarlar/Seçenekler (⋮) ikonuna tıklayıp, Uygulamayı Yükle seçeneğini kullanabilirsiniz.
Safari Mobil Uygulama
Sırasıyla Paylaş -> Ana Ekrana Ekle -> Ekle tuşlarına basarak yeni mobil uygulamamızı kurabilirsiniz. Bu basamakları görmek için yukarıdaki videoyu izleyebilirsiniz.

Daha fazla bilgi almak için tıklayın