İmmanuel Kant'ın ahlak felsefesinde insanın kendisine ''kişisel çıkarların peşinden koşmayı'' emreden bir yan varsa da bu yan onun rasyonel yanı değil; empirik, duyusal, biyolojik yanıdır. Platon'dan beri süregelen bu dualist yaklaşım modern felsefesinin babası Kant'ta da vardır. Ona göre biz, sadece akıllı bir varlık değiliz; aynı zamanda bir bedenden , duyarlılıktan, duygudan meydana gelen bir varlığız. Bundan dolayı, akıl bir anlamda bizim özümüz olmakla birlikte bir başka anlamda bize aşkın bir şeydir ve ahlaklılık işte insanın bu ikinci yanının birinci yanına itaat etmesinden ibarettir.

Kant'a göre insan, otonom bir varlıktır. Yani, o kendi yasasını kendisi koyar ve kendi koyduğu yasasına itaat etmesi de onun özgürlüğüdür. O halde, ahlak yasasının kaynağı Kant'a göre insandır. Ama bu hangi insandır? Arzuların, eğilimlerin, tutkuların sahibi olan doğal insan mı? Hayır. Kant insanı insan yapan, onu diğer varlıklardan ayıran gerçek insani özelliğin onun aklı, saf aklı olduğunu düşünür. Ahlak değerlerinin kaynağı, insan aklı veya akıllı insandır ve bu akıl insanda, ahlak planında kendisini vicdan olarak ortaya koyar.

Kant ahlakının birinci ilkesi, aklın birinci ilkesi olan çelişkiden kaçınmaktır. Buradan onun kategorik buyruğunun birinci kuralı çıkar: '' Her zaman öyle davran ki, davranışının ilkesi, evrensel kural olarak herkes tarafından, bütün insanlar tarafından vaz edilebilsin'' Herhangi bir eylemde bulunmadan önce bu davranışımızın herkes tarafından takip veya taklit edilebilir bir davranış olup olmadığını kendimize sormamız gerekir. Örneğin, başkasının bana yalan söylemesini doğru bulmaksızın ben başkasına yalan söylemeyi doğru bulabilir miyim? Açıktır ki böyle bir kural, içinde bir çelişki barındırmaksızın savunulamaz. Oysa aklın birinci ve en önemli ilkesi, çelişkisizliktir. Kant ahlakının bu ilkesi evrenselleştirebilme ilkesi olarak adlandırılır.

Kant'ın ikinci maksimi, ahlaki davranışlarda insanı en yüksek bir değer olarak görmeye yöneliktir: '' İnsanlığı kendinde ve başkalarında her zaman bir erek olarak alacak, hiçbir zaman bir araç olarak görmeyecek bir şekilde davran.'' Bu, diğer insanları, istediğimiz bir şeyi elde etmenin bir aracı olarak kullanmamamız gerektiği anlamına gelir. Onlar bizim gibi akıllı faillerdir ve aynı ödev ve talepler bizim kadar onlar için de geçerlidir.

Kant bir felsefeci olarak bilimsel bir çıkarım yapmamıştır. Çünkü beyinle ilgili çalışmalar göstermektedir ki insan beyninde çok merkezli, çok sesli ve kendi içinde rekabet halinde işleyen yapı ve alanlar vardır ki insanda rasyonel düşünce/matematiksel düşünce merkezi ile ödül sistemleri ayrı alanları aktif etmekte buna karşılık kendi çıkarçılığı dışında medial prefrontal korteks gibi başkalarına dair empati ve hissetme gücünde aktif olan alanlar ve sistemler beyinde ayrı alanlar olarak tespit edilmektedir. Bu açıdan rasyonel düşünme alanları daha çok duygusuz ve hissiz soyut matematiksel şematik düşünme olarak karşımıza çıkar ve faydacılığı öne çıkarırken, ahlaki ve vicdani olgular daha farklı alanların aktif olmasını gerektirir. Bu nedenle rasyonellik ve ahlak (başta hissetme ve empati gücü) iki ayrı ve birbirini gerektirmeyen olgulardır.

Diğer yandan beyinde ödül sistemine ve dopamin yönetimine odaklı alan da anlık insanı yönlendirirken beyin kabuğu denilen neokorteks ise bilinç düşünme ile uzun soluklu geleceği planlama, hazzı erteleme ve iradenin kaynağı olarak karşı faaliyette bulunarak ahlaki önerme ve değerlendirmeleri yapar. Bu açıdan evrimsel olarak haz peşinde koşma ve bireysel faydacılık evrimin insana dayattığı ilkel dürtüler iken muhakeme ve irade gibi karşı ve baskılayıcı nöron mekanizmaları insanın evrimsel miras aldığı hayvani doğasına karşı koymayı gerektirir.

Yukarıdaki bilimsel bulgulara göre Kant'ın özellikle diğer insanlarla ilişkilere yönelik toplumsal ahlaka dair çıkarımı hatalıdır ve rasyonellik ahlaki davranmayı gerektiren bir durum değildir. Basit bir örnekleme ile bir insanın hayatını kurtarmak için kendi hayatını riske atan birinin rasyonel düşündüğünü söyleyemeyiz. Onu buna iten şey empati yeteneklerini harekete geçiren ayna nöron faaliyetleri sayesinde hissetme gücüdür.