Bakteri pilazmitinin izolasyonunda kullanılan teknikler ve çözeltiler, temelde total bakteri DNA izolasyonu için kullanılanlarla benzerdir. Her iki durum için de ilk önce hücre "lizatının" eldesi gerekir. Normal şartlarda hücre zarını parçalamak için kullanılan yüzey aktif madde SDS olsa da konu plazmit izolasyonu olduğunda triton X-100 gibi daha hassas deterjanların kullanımı önerilir, bu sayede spontan DNA kırıklarının önüne geçilir. Bunun haricinde hücre lizatından RNA ve proteinleri elimine etmek için fenol ve proteazlar kullanılır. Plazmitleri bakterinin asıl DNA'sından ayırabilmek için de stratejiler gerekir. Temelde ilkel ve daha "basit" olanları büyüklük esasına dayalı ayırmadır. Bakteri kromozomu plazmitlerden oldukça büyüktür ve iyi yürütülmüş bir hücre lizatı eldesi aşamasında bu DNA hiç ya da çok az kırılır ve büyük olduğu için santrifüj sırasında dibe çöker. Bunun haricinde konformasyona dayalı bir izolasyon yapılabilir. Normal şartlar altında plazmitler super coil adı verilen sarılmış burgular olarak bulunur ve etidyum bromür yoğunluk kademeli santrifüjleme sırasında kırılmış ve açık DNA'dan ve asıl hücre kromozomundan ayrı bir bant oluşturur. Ayrıca hücre lizatı NaOH gibi güçlü alkalinlerle muamele edilirse bu alkalinler kırık DNA'ları ve çoğu proteini denatüre ederken süper coil haldeki DNA'yı yani plazmitleri denatüre etmez.
Bu saydıklarım eski ve temel yöntemlerdir. Biyoteknoloji alanında neredeyse her gün yeni yöntemler geliştirilmektedir, gelişimlerin takibinde fayda vardır. Sorunuz için teşekkür ederim.
