Tüm Felidae türlerinden gelen nükleer ve mitokondriyal DNA'nın filogenetik analizleri, evrimsel yayılımların Miyosen'de Asya'da 14.45 ila 8.38 milyon yıl önce 16.76 ila 6.46 milyon yıl önce başladığını göstermektedir. Panthera soyunun genetik olarak Felidae'nin ortak atalarından 9.32 ila 4.47 milyon yıl önce 11.75 ila 0.97 milyon yıl önce ayrıldığı tahmin edilmektedir. Panthera'nın coğrafi kökeni büyük olasılıkla kuzey Orta Asya'dır. Analiz sonuçları aslanın filogenetik ilişkisinde farklılık gösterir; 3.46 ila 1.22 milyon yıl önce ayrılan jaguar (P. onca) ile aynı zamanda 3.1 ila 1.95 milyon yıl önce ayrılan leopar (P. pardus) ile bir kardeş grup kurduğu düşünülüyordu ila 4.32 ila 0.02 milyon yıl önce. Aslan ve kar leoparı (P. uncia) ataları arasındaki melezleşme muhtemelen yaklaşık 2.1 milyon yıl öncesine kadar devam etti. Aslan-leopar klanı, en azından erken Pliyosenden beri Asya ve Afrika Palearktik'te dağıtılmıştır. Aslan olarak tanınan en eski fosiller Tanzanya'daki Olduvai Boğazı'nda bulundu ve 2 milyon yıllık olduğu tahmin ediliyor.

Modern ve mağara aslan soylarının ayrışma süresi için tahminler, modern aslanın nesil başına mutasyon oranına bağlı olarak 529.000 ila 392.000 yıl önce değişmektedir. İki soy arasında, aynı coğrafi bölgeyi paylaşmadıklarını gösteren gen akışı kanıtı yoktur. Avrasya ve Amerikan mağara aslanları, son buzul döneminin sonunda, diğer kıtalarda mitokondriyal torunları olmadan yok oldu. Modern aslan muhtemelen Orta Pleistosen sırasında Afrika'da yaygın olarak dağılmış ve Geç Pleistosen sırasında Sahra altı Afrika'da ayrılmaya başlamıştır. Ekvator yağmur ormanları 183.500 ila 81.800 yıl önce genişlediğinde, Doğu ve Güney Afrika'daki aslan popülasyonları Batı ve Kuzey Afrika'daki popülasyonlardan ayrıldı. Muhtemelen 98.000 ila 52.000 yıl önce ortak bir ata paylaştılar. Sahra'nın 83.100 ila 26.600 yıl önce genişlemesi nedeniyle, Batı ve Kuzey Afrika'daki aslan popülasyonları ayrıldı. Yağmur ormanları azaldıkça ve daha açık habitatlara yol açtıkça, aslanlar Batı'dan Orta Afrika'ya taşındı. Kuzey Afrika'dan gelen aslanlar 38.800 ve 8.300 yıl önce güney Avrupa ve Asya'ya dağıldılar.

Güney Avrupa, Kuzey Afrika ve Orta Doğu'daki aslanların yok olması, Asya ve Afrika'daki aslan popülasyonları arasındaki gen akışını kesintiye uğrattı. Genetik kanıtlar, Doğu ve Güney Afrika'dan gelen aslan örneklerinde sayısız mutasyon olduğunu ortaya koydu; Genom geneli bir dizi aslan örneği, Batı Afrika'dan alınan numunelerin Güney Afrika'dan alınan numunelerle allel paylaştığını ve Orta Afrika'dan gelen numunelerin de Asya'dan alınan numunelerle allel paylaştığını gösterdi. Bu fenomen, Orta Afrika'nın izole olduktan sonra aslan popülasyonlarının bir "eritme kazanı" olduğunu, muhtemelen Holosen'in başlarında Nil Havzası'ndaki koridorlardan göç ettiğini göstermektedir.