Keşfedin, Öğrenin ve Paylaşın
Evrim Ağacı'nda Aradığın Her Şeye Ulaşabilirsin!
Paylaşım Yap
Tüm Reklamları Kapat

Evrim ve Moleküler Biyoloji: Evrimin Moleküler İzleri

Evrimi Moleküler Düzeyde Kavramak

18 dakika
342
Evrim ve Moleküler Biyoloji: Evrimin Moleküler İzleri
  • Blog Yazısı
Aşırı basitleştirilmiş bir Evrim Ağacı. NOT: Bu ağaç gerçek filogenetik ilişkileri YANSITMAZ!
Blog Yazısı
Tüm Reklamları Kapat

Giriş

Moleküler Biyoloji ve Genetik (MBG), evrim ile güçlü bir bağlantı içindedir. Bu güçlü bağlantının temel sebebi, evrimin bütün mekanizmalarının kalıtıma bağlı olmasından kaynaklanmaktadır. Eğer ortada bir kalıtım söz konusu değil ise yani birey kendi mevcut özelliklerini yavruya aktaramıyorsa evrimden söz dahi edilemez. Bu durum makalemizin ilk cümlesinde değindiğimiz gibi kalıtımın temelini oluşturan genetiğin, evrim ile doğrudan ve güçlü bir bağ içerisinde olduğunu kanıtlar niteliktedir.[1]

Şimdi sizlerle birlikte makalemizin ilk yarısında evrimi anlamaya çalışacak, evrime dair sık yapılan hataların perde arkasına ışık tutacağız.

Evrim Nedir?

Evrim, popülasyon içi gen ve özellik dağılımının, nesiller boyunca değişimidir. Evrim Teorisi ise bu olguyu açıklayan gözlem ve deneylerle desteklenmiş açıklamalar bütünüdür. Günümüzde bilim camiası tarafından genel kabul gören Evrim Teorisi'nin temeli Charles Darwin tarafından atılmıştır.[2] Darwin, evrimi açıklarken Doğal Seçilim ve Cinsel Seçilim kavramlarını bilime kazandırmıştır.

Tüm Reklamları Kapat

Elimizde bir canlı popülasyonu olduğunu varsayalım. Popülasyondaki bireyler her ne kadar da birbirlerine çok benzeseler bile genetik düzeyde birbirlerinden çok farklıdırlar. Yani bu bireylerin DNA'larının hepsi birbirinin kopyası değildir ve bu farklılıklar bazı durumlarda onlara avantaj sağlarken bazı durumlarda da dezavantaj sağlayabilir. Evrimde eğer bir özellik, dolayısıyla bir gen, o bireye bir avantaj sağlıyorsa bu, söz konusu bireyin diğer bireylere kıyasla daha başarılı olacağını ve ona bu özelliği kazandıran genin daha fazla yavruya kalıtılacağını gösterir. Zamanla bireye fayda sağlayan genlerin popülasyondaki görülme sıklığı artar. Bu sayede o canlı türü yeni bir özellik kazanmış olur. Örneğin, yüksek irtifalarda yaşayan türler üzerindeki muazzam seçilim baskısı, onları o ortama adapte olmasına zorlayacak şekilde evrimleştirir.[3]

Şekil 1. Yeşil ve Kahverengi bireylerden oluşan bir böcek popülasyonu.
Şekil 1. Yeşil ve Kahverengi bireylerden oluşan bir böcek popülasyonu.
Understanding Evolution
Şekil 2. Yeşil renkli bireyler ağaç kabuğu üzerinde kamufle olamaz ve elenir (Doğal Seçilim).
Şekil 2. Yeşil renkli bireyler ağaç kabuğu üzerinde kamufle olamaz ve elenir (Doğal Seçilim).
Understanding Evolution
Şekil 3. Geriye kalan kahverengi böcekler daha fazla ürer ve genlerini kalıtır.
Şekil 3. Geriye kalan kahverengi böcekler daha fazla ürer ve genlerini kalıtır.
Understanding Evolution
Şekil 4. Bireye avantaj sağlayan kahverengi renk özelliğinin görülme sıklığı yeni nesillerde artar.
Şekil 4. Bireye avantaj sağlayan kahverengi renk özelliğinin görülme sıklığı yeni nesillerde artar.
Understanding Evolution

Evrim, aynen diğer bütün bilimsel teoriler gibi çeşitli deneyler sonucu test edilmiş tezler bütünüdür. Einstein'ın Genel Görelilik Teorisi ne kadar geçerliyse Evrim Teorisi de bir o kadar geçerlidir. Evrim, bilimsel bir gerçektir.[4]

Evrim Nasıl İşler?

Elbette, evrim mekanizmalarının temellerini uzun uzun anlatarak yazımızı Genel Biyoloji dersine çevirmeyeceğiz. Ancak, az sonra ele alacağımız konuları daha iyi kavrayabilmek için evrime kısaca değinmemiz gerektiğini de belirtmek isteriz.

Evrim Tamamen Rastgele Midir?

Ne yazık ki evrim konusu ne zaman açılırsa genellikle insanların zihninde tek bir şey canlanır:

Tüm Reklamları Kapat

  • Rastgelelik

Ancak evrim, tamamen rastgele ve şans işi değildir. Evrim tarihinde zaman zaman bir takım rastgelelikler (Genetik Sürüklenme) görülse de temel mekanizma bunun üzerine kurulu değildir. Genetik Sürüklenmeyi işin içine katmazsak evrimdeki tek rastgele olgu, genetik çeşitliliği sağlayan mekanizmalardır. Bunun dışında, evrim gayet de belirli bir mantığa göre ilerleyen bir süreçtir. Evrimde mutasyonlar gibi rastgele olgular belirli bir çeşitlilik sağlar. Doğal Seçilim gibi süreçler ise bu çeşitlilik arasından belirli elemeler yapar ve ortama en fazla adapte olabilmiş bireyler hayatta kalır.[5], [6], [7]

Şekil 5. Genetik Sürüklenmeye güzel bir örnek. Fotoğrafta yeşil böceklerin sadece şans eseri öldüklerini ve yeşil renk aleli frekansının azaldığını görüyorsunuz.
Şekil 5. Genetik Sürüklenmeye güzel bir örnek. Fotoğrafta yeşil böceklerin sadece şans eseri öldüklerini ve yeşil renk aleli frekansının azaldığını görüyorsunuz.
Understanding Evolution

Evrim Mükemmelliyetçi Midir?

Evrimsel süreçten bahsedilirken çoğu zaman insanlar bu süreç sonucu canlıların mükemmelliğe doğru gittiğini düşünür. Örneğin, İnsan türünün en mükemmel olduğunu ve diğer canlıların insanlara doğru evrimleştiğini düşünmek gibi. Bu, tamamen yanlıştır. Evrim sonucu hiçbir canlı mükemmel olmaz, olamaz da.[8], [9], [10] Evrim tarihi, çevre şartlarına yeteri kadar uyum sağlayabilmiş türler tarihidir.[6] Şu anda etrafımızdaki türler, sırf bizden daha az zekiler diye daha az başarılı değillerdir. Onların halen hayatta olup yok olmaması zaten onların çok başarılı bir tür olduğunu gösterir. Bilakis eğer başarılı olmasalardı artık öyle bir tür söz konusu bile olmazdı. Kısacası evrimde bir hiyerarşiye yer yoktur. Hiçbir canlı bir diğerinden daha çok evrimleşmiş veya daha az evrimleşmiş değildir.[11]

Eğer bir canlı evrimsel başarı gösteriyorsa (aktif olarak çevre şartlarına uyum sağlayıp üreyebiliyorsa) anatomisinde ve genotipinde kusurlar olsa dahi bu kusurlar o türün hayatta kalma ve üreme başarısına negatif bir etki etmiyorsa göz ardı edilir.[12]

Doğal Seçilimin veya evrimin herhangi bir amacı yoktur. Canlılar kazandıkları ve kaybettikleri özellikleri kendileri seçmez, seçemez.[13] Bu, direkt olarak evrimin yasalarına aykırı bir durumdur. Doğal Seçilim bile kelimenin tam anlamıyla 'seçmez'. Doğal Seçilim, popülasyonla çevre arasındaki etkileşimlerin sonucudur. Her nesilde çevre şartlarına bir önceki nesilden daha iyi uyum sağlamış bireyler kalır ve ürer. Bu sürecin nesiller boyunca tekerrürü evrimle sonuçlanır.

Evrim Ağacı'ndan Mesaj

Evrim Ağacı'nın çalışmalarına Kreosus, Patreon veya YouTube üzerinden maddi destekte bulunarak hem Türkiye'de bilim anlatıcılığının gelişmesine katkı sağlayabilirsiniz, hem de site ve uygulamamızı reklamsız olarak deneyimleyebilirsiniz. Reklamsız deneyim, sitemizin/uygulamamızın çeşitli kısımlarda gösterilen Google reklamlarını ve destek çağrılarını görmediğiniz, %100 reklamsız ve çok daha temiz bir site deneyimi sunmaktadır.

Kreosus

Kreosus'ta her 50₺'lik destek, 1 aylık reklamsız deneyime karşılık geliyor. Bu sayede, tek seferlik destekçilerimiz de, aylık destekçilerimiz de toplam destekleriyle doğru orantılı bir süre boyunca reklamsız deneyim elde edebiliyorlar.

Kreosus destekçilerimizin reklamsız deneyimi, destek olmaya başladıkları anda devreye girmektedir ve ek bir işleme gerek yoktur.

Patreon

Patreon destekçilerimiz, destek miktarından bağımsız olarak, Evrim Ağacı'na destek oldukları süre boyunca reklamsız deneyime erişmeyi sürdürebiliyorlar.

Patreon destekçilerimizin Patreon ile ilişkili e-posta hesapları, Evrim Ağacı'ndaki üyelik e-postaları ile birebir aynı olmalıdır. Patreon destekçilerimizin reklamsız deneyiminin devreye girmesi 24 saat alabilmektedir.

YouTube

YouTube destekçilerimizin hepsi otomatik olarak reklamsız deneyime şimdilik erişemiyorlar ve şu anda, YouTube üzerinden her destek seviyesine reklamsız deneyim ayrıcalığını sunamamaktayız. YouTube Destek Sistemi üzerinde sunulan farklı seviyelerin açıklamalarını okuyarak, hangi ayrıcalıklara erişebileceğinizi öğrenebilirsiniz.

Eğer seçtiğiniz seviye reklamsız deneyim ayrıcalığı sunuyorsa, destek olduktan sonra YouTube tarafından gösterilecek olan bağlantıdaki formu doldurarak reklamsız deneyime erişebilirsiniz. YouTube destekçilerimizin reklamsız deneyiminin devreye girmesi, formu doldurduktan sonra 24-72 saat alabilmektedir.

Diğer Platformlar

Bu 3 platform haricinde destek olan destekçilerimize ne yazık ki reklamsız deneyim ayrıcalığını sunamamaktayız. Destekleriniz sayesinde sistemlerimizi geliştirmeyi sürdürüyoruz ve umuyoruz bu ayrıcalıkları zamanla genişletebileceğiz.

Giriş yapmayı unutmayın!

Reklamsız deneyim için, maddi desteğiniz ile ilişkilendirilmiş olan Evrim Ağacı hesabınıza yapmanız gerekmektedir. Giriş yapmadığınız takdirde reklamları görmeye devam edeceksinizdir.

Şekil 6. Solda evrimden bahsedildiğinde çoğu insanın zihninde canlanan soy ağacı modelini görüyorsunuz. Fakat bu model yanlıştır. Sağdaki modelde ise gerçekte var olan soy ağacı modelini görüyorsunuz. Evrimde bir canlı, diğer bir canlıya direkt olarak evrimleşmez. Dallanarak farklı soy hatları oluşturur.
Şekil 6. Solda evrimden bahsedildiğinde çoğu insanın zihninde canlanan soy ağacı modelini görüyorsunuz. Fakat bu model yanlıştır. Sağdaki modelde ise gerçekte var olan soy ağacı modelini görüyorsunuz. Evrimde bir canlı, diğer bir canlıya direkt olarak evrimleşmez. Dallanarak farklı soy hatları oluşturur.
BMC
Şekil 7. Bu görsel ile Şekil 6'yı daha iyi kavrayabilirsiniz. Siz kuzenlerinizden gelmediniz veya kuzenleriniz sizden gelmedi. Kuzenleriniz ve siz, ortak ataya sahipsiniz ve her biriniz farklı soy hatları oluşturuyorsunuz.
Şekil 7. Bu görsel ile Şekil 6'yı daha iyi kavrayabilirsiniz. Siz kuzenlerinizden gelmediniz veya kuzenleriniz sizden gelmedi. Kuzenleriniz ve siz, ortak ataya sahipsiniz ve her biriniz farklı soy hatları oluşturuyorsunuz.
BMC

İnsanların Evrimi Durdu Mu?

Evrim ile ilgili bir diğer yanlış düşünce de insan evriminin durduğu fikridir. İşin ilginç yanı bu düşünce tarzının biyologlar arasında da yaygın olmasıdır. Bunun sebebi, bazı biyologların insanın kültürel evrimi sonucu biyolojik evriminin durduğunu düşünmesidir. Yani, tıbbın gelişmesiyle Doğal Seçilime karşı geldik ve insan evrimi durdu. Ancak bu düşünce yapısı hatalıdır. Çünkü evrimin temel tanımı, popülasyondaki alel frekansının nesiller boyu değişimidir.[14] Ve bu gen-alel frekansının, mutasyonlar veya krossing-over gibi süreçler sonucu her nesilde değiştiğini biliyoruz.[15] Siz bile anne ve babanızın tamamen kopyası değilsiniz. Çünkü demin de bahsettiğimiz mekanizmalar sonucu anne ve babanızdan farklı özelliklere sahip olursunuz. Kısacası, bu gibi süreçlerle tür içi çeşitlilik sağlanır.[16] Evet, doğal seçilim, evrimde alel frekansını yöneten güçlü bir mekanizma olabilir. Ancak evrim sadece bunun üzerinden işlemez. Örnek olarak Biyolojik Dağılım, Popülasyon Büyüklüğü gibi faktörler de genetik çeşitlilikte belirli değişiklikler sağlayabilir.[14]

Mikroevrim

Her ne kadar da evrimden bahsedilirken ilk akla gelen şey, bir türün bambaşka bir türe dönüşmesi yani Makroevrim olsa da bizleri yani Moleküler Biyologları ilgilendiren evrim türü Mikroevrimdir.[17]

Şekil 8. Makroevrim bir popülasyondan fazlasıdır.
Şekil 8. Makroevrim bir popülasyondan fazlasıdır.
Understanding Evolution

Mikroevrim; bir popülasyondaki gen havuzunun, nesiller boyu değişimidir. Aslına bakılırsa mikroevrimin tanımı, evrimin temel tanımına ne kadar da benziyor değil mi? Ama burada ayırıcı faktör, mikroevrimin kısa zaman aralıklarında gerçekleşiyor olmasıdır. Mikroevrim, popülasyon içinde gerçekleşen bir süreçtir.[18], [19]

Genel olarak evrimden bahsederken genlerden, alellerden ve gen havuzlarından durmadan bahsettik. Anlaşılan o ki, genler ve gen havuzları evrimin gerçekleşmesi için en önemli kriterlerden biri. Çünkü yazının en başında da bahsettiğimiz gibi kalıtım yoksa evrim söz konusu bile olamaz.

Genleri, dolayısıyla kalıtımı araştıran bilim dalı ise Genetiktir.[20] Genetiği ve Moleküler Biyolojiyi birleştiren bilim dalı ise Moleküler Biyoloji ve Genetiktir. Bundan sonraki başlıkta MBG'den de kısaca bahsedip asıl konumuza, MBG ile evrim arasındaki ilişkiyi anlatmaya geçeceğiz.

Moleküler Biyoloji ve Genetik

Moleküler Biyoloji, canlılığı moleküler düzeyde araştıran bilim dalıdır. Moleküler Biyoloji, hücresel moleküllerin yapısını ve davranışını inceler. Proteinler, karbonhidratlar, lipitler ve nükleik asitler bu moleküllere bir örnektir. Genetik ise kalıtımın ve varyasyonun bilimidir.[21], [22]

Tüm Reklamları Kapat

Yazıda sıklıkla genlerden bahsettik. MBG bölümü, gen dediğimiz genetik birimleri ve onların kurduğu genetik ağı inceler. Genler, hücrenin biyokimyasal reaksiyonlarını kontrol ederler.[23]

Moleküler Biyoloji ve Genetik, daha çok proteinlere ve nükleik asitlere yoğunlaşmış bir bölümdür. Bir nükleik asit türü olan DNA (Deoksiribo Nükleik Asit) kalıtımın moleküler temelidir. Yani bizim bütün özelliklerimiz, DNA adlı molekülde kodlanmış bulunmaktadır. DNA, dolayısıyla genler, sizin bütün biyokimyasal çorbanızı kontrol eder.[23], [24] Genler bu kontrolü çoğu zaman protein sentezi (gen ifadesi) yaparak sağlarlar.[15]

Şekil 9. Deoksiribo Nükleik Asit (DNA)
Şekil 9. Deoksiribo Nükleik Asit (DNA)
Geeks for Geeks

Bu bilgiler ışığında, evrim gibi bir sürecin kalıtımla doğrudan ilişkili olduğunu kesin olarak söyleyebiliriz. Neticede, doğal seleksiyon gibi süreçler canlının evrimsel uyumluluğunu test eder. Bir canlının uyum başarısı ise canlının gelecek nesile daha çok yavru verebilme yeteneğidir.[25] Canlıdaki bütün biyokimyasal aktivitenin genler tarafından düzenlendiğini de biliyoruz. Öyleyse evrimsel uyum başarısının da direkt olarak genlerle ilişkili olduğunu rahatlıkla söyleyebiliriz. Çünkü canlının bütün özellikleri gibi evrimsel uyum başarısını etkileyen faktörler, birer biyokimyasal süreçtir.[26]

Tüm Reklamları Kapat

Şekil 10. Görselde de gördüğünüz gibi yeşil böcekler daha az yavru üretir. Dolayısıyla yeşil bireylerin uyum başarısı azdır. Ancak kahverengi böcekler daha fazla yavru üretir, bu da onların yüksek bir uyum başarısına sahip olduklarını gösterir.
Şekil 10. Görselde de gördüğünüz gibi yeşil böcekler daha az yavru üretir. Dolayısıyla yeşil bireylerin uyum başarısı azdır. Ancak kahverengi böcekler daha fazla yavru üretir, bu da onların yüksek bir uyum başarısına sahip olduklarını gösterir.
Understanding Evolution

Evrim ve Moleküler Biyoloji: Moleküler Düzeyde Evrim

Yazımızın neredeyse yarısından fazlasını evrimi anlatarak işledik. Aslında bu anlatımların sebebi, MBG ve Evrim arasındaki ilişkiyi araştırırken aklınızda hiçbir soru işaretinin kalmamasını istememizdir.

Önceki başlıklarımızdaki bilgilerden yola çıkarak evrimin moleküler düzeyde gerçekleştiğini söyleyebiliriz.[27] Proteinler ve daha nice biyomoleküller nesiller boyunca değişiklikler gösterir. Şimdi ise evrimi moleküler düzeyde örneklerle inceleyeceğiz.

Rubilaz Bifosfat Karboksilaz/Oksijenaz (RuBisCO)

Fotosentez, çeşitli ekosistemlerin varlığını sürdürebilmesi için hayati öneme sahip ve sıkça karşılaştığımız temel bir süreçtir. Basite indirgersek fotosentez süreci, CO2 ve H2O gibi inorganik moleküllerden ışık enerjisiyle organik moleküller (karbohidrat) sentezlenmesidir.[28] Tabii böyle bir süreç kendi kendine oluşamaz. Bu işi yaparken çeşitli moleküllere ihtiyaç duyulur. Bu görevi üstlenen moleküller ise enzimlerdir.

Enzimler biyokimyasal reaksiyonları hızlandıran biyolojik katalizörlerdir. Hayatın sorunsuz akışı için neredeyse tüm hücresel faaliyetler çeşitli enzimlerin varlığıyla gerçekleşir.[29] Enzimler o kadar muazzam bir hızda çalışır ki, hidrasyon yarı ömrü 700.000 yıl olan fumarat molekülünü bile saniyeler içinde malata dönüştürebilir.[30] Örneğin E. Coli bakterisindeki Fumaraz A enzimi, saniyede 3100 adet fumaratı hidrasyona uğratarak malata dönüştürebilecek bir yapıya sahiptir.[31] Eğer fumaratı 25°C bir solüsyonda kendi halinde, hiçbir ek enzim olmadan bırakırsak yarı ömürden yola çıkarak bütün fumarat solüsyonunun tamamının yaklaşık 6 milyon yılda malata dönüşeceğini öngörürüz. Ancak Fumaraz enzimi bu süreyi tek başına birkaç saniyeye indirger! Tabii enzimler reaksiyonları milyonlarca kat hızlandırmakla kalmıyor. Enzimlerin hepsi birer katalizör oldukları için reaksiyon esnasında hiçbir şekilde harcanmazlar.[15] Reaksiyon başlangıcındaki enzim derişimi ile reaksiyon sonundaki enzim derişimi hep aynı seviyede kalır. İşte tam da bu sebepler yüzünden enzimler biyolojik sistemler için vazgeçilmezdir.

Tüm Reklamları Kapat

Agora Bilim Pazarı
The Coffee Belt Altın Köpük Özel Harman Türk Kahvesi 500 gr

Altın Köpük Özel Harman Türk Kahvesi 500 gr
Kahvesini daha bol köpüklü sevenler için üç farklı bölgeden gelen %100 Arabica kahve çekirdeklerini özenle kavurduk ve Özel harman Altın Köpük Türk Kahvesi’ni ortaya çıkardık. İçerisinde Yemen Mocha kahvesinin de bulunduğu bu özel harman karışım ile Osmanlı döneminde yapılan Türk Kahvelerine en yakın aromayı elde ettik. Orta derecede kavrulan kahve; dengeli asidite, orta yoğunlukta aroma, yumuşak gövdesi ve kremamsı bitiş tadıyla fincanınızda size nefis bir Türk Kahvesi deneyimi sunuyor.

Kahve Ambarı’ndan satın aldığınız Türk Kahvesi çeşitleri haftalık olarak kavrulur. İçerisindeki asidin ve gazların azalması için bir iki gün dinlendirilir. Böylelikle kahvenin içerisindeki aroma ve tatlar daha yoğun bir şekilde ortaya çıkar. Kavrulmuş kahve siparişiniz sonrasında öğütülüp özel korunaklı ambalajıyla paketlenir ve en taze haliyle size ulaşır.

Uğruna isyanlar çıkmış, şarkılar, şiirler, kitaplar yazılmış hayatın her anına dokunan keyif dolu bir mucizedir kahve. Hatırı sayılır misafire gösterilen değer, bazen de yorgunluğu atmak için bir bahanedir. Kız isteme seremonisinin en önemli ritüelidir. Damat adayının sevgisi tuzlu ya da acı kahveyi sessiz sedasız içmesiyle sınanır. Mutluluğun, keyfin, kırk yıllık hatırın kadim hikayesidir Türk Kahvesi.

Devamını Göster
₺390.00
The Coffee Belt Altın Köpük Özel Harman Türk Kahvesi 500 gr

Bu başlıkta bütün fotosentez sürecini ve enzimleri detaylı bir şekilde incelemeyi planlamıyoruz. Bizi bu başlıkta ilgilendiren asıl konu, Rubilaz Bifosfat Karboksilaz/Oksijenaz veya kısaca RuBisCO/Rubiskodur.

Şekil 11. RuBisCO
Şekil 11. RuBisCO
Annual Reviews

Rubisko enzimi, fotosentezin ikinci aşaması olan Calvin Döngüsü'nde önemli bir karbon bağlayıcı enzimdir.[32] Lakin Rubisko sadece CO2 bağlamaz. Enzimin adından da anlaşılacağı gibi rubisko O2'yi de fikse edici bir özelliğe sahiptir.[15] Rubiskonun O2 bağlayıcı bir enzim olması, bitkileri Fotorespirasyon veya Fotosolunum olarak bilinen bir sürece hazırlar. Bu süreç sonucu enerji kullanılır, zaten fikse edilmiş CO2 kaybedilir ve karbohidrat üretilmez.[33]

Şekil 12. Fotorespirasyon. Eğer oksijen gazı fazlaysa Rubisko döngüye oksijen fikse etmeye başlar.
Şekil 12. Fotorespirasyon. Eğer oksijen gazı fazlaysa Rubisko döngüye oksijen fikse etmeye başlar.
Khan Academy

Bu noktada akıllara bir soru gelir: Neden %20'lik bir hata oranına sahip ve bu nedenle fotosentez verimliliğini düşüren bir enzim evrimsel süreçte seçilmiştir? Bir hipoteze göre Rubisko enzimi oksijen seviyelerinin düşük olduğu zamanlarda ve karbon fiksasyonu yapmayan bir canlıda ortaya çıkmıştır. Sonradan karbon fiksasyonu evrimleştiğinde Rubisko kullanımı başlamıştır.[34] Yani fotosolunum aslında evrimsel bir kalıntıdır. Bu kalıntı, Rubisko enziminin oksijen seviyeleri düşükken ortaya çıktığı zamanlardan kalmaktadır.[15] Yani evrim, önceki başlıklarda da değindiğimiz gibi mükemmel bir süreç değildir. Evet, enzimler doğanın mühendislik harikasıdır. Ancak evrim bir mühendislik süreci değildir. Evrim, bir eleme sürecidir. Bu eleme sonucu geriye yeteri kadar uyum sağlamış yapılar kalır, mükemmel yapılar değil. Evrimsel süreçte çoğu biyolojik yapı tıpkı Rubisko gibi yeteri kadar uyumlu olduğu için seçilmiştir.

Şekil 13. Rubisko ve Rubiskoya benzer proteinlerin evrimi. En aşağıdaki grafikte de gördüğünüz gibi Rubisko oksijen seviyelerinin bugünküne kıyasla daha düşük olduğu zamanlarda ortaya çıkmıştır.
Şekil 13. Rubisko ve Rubiskoya benzer proteinlerin evrimi. En aşağıdaki grafikte de gördüğünüz gibi Rubisko oksijen seviyelerinin bugünküne kıyasla daha düşük olduğu zamanlarda ortaya çıkmıştır.
PMC

RNA Dünyasından Kalıntılar

RNA Dünyası hipotezine göre yaşamın ilk safhalarında hücreler bilgi taşımak ve bilgiyi kullanarak metabolik faaliyet oluşturmak için DNA yerine RNA molekülünü kullanmıştır. Bu demek oluyor ki, DNA yokken RNA varmış. Bu senaryoya göre RNA'nın yaşı yaklaşık olarak 4 milyar yıldır.[35] RNA'nın Transkripsiyon, Translasyon ve DNA Replikasyonu gibi kritik hücresel faaliyetlerde önder bir molekül olduğunu biliyoruz.[15], [36], [37], [38] Hatta çoğu önemli hücresel reaksiyonları nükleotit yapısına benzer koenzimlerin (NADH, FADH2, ATP, CoA) gerçekleştirmesi de RNA dünyasından arta kalan evrimsel bir fosildir. Birçok koenzimin yapısına bakacak olursak ilk proteinlerin nükleotitlere bağlı olduğunu söyleyebiliriz.[39]

Şekil 14. ATP molekülü
Şekil 14. ATP molekülü
Wikipedia
Şekil 15. NAD molekülü
Şekil 15. NAD molekülü
Wikipedia
Şekil 16. Koenzim A veya CoA
Şekil 16. Koenzim A veya CoA
Wikipedia

Bazı protein domainleri, RNA Dünyasında proteinlerin çift RNA zinciri ile daha rahat etkileşim sağlamasını kolaylaştırmış olabilir. Biz bu nükleotit bağlayıcı domainlere en çok kinazlar ve dehidrojenazlar gibi enzimlerde rastlıyoruz. Uzun lafı kısası, koenzimler ve proteinlerin nükleotit bağlayıcı domainleri RNA dünyasından kalma moleküler bir fosildir.[39] Artı olarak ribozimler gibi enzim görevi gören RNA dizileri de, RNA Dünyası hipotezine büyük bir katkı sağlamaktadır. Ribozimler, kendi kendilerinin oluşumunu hızlandıran bir otokatalizördür.[40], [41], [42] Yaşamın basit biyokimyasal reaksiyonlardan organize, kompleks ve kendi başına bölünme geçirebilen sistemlere geçişinde otokatalizörler önemli bir role sahiptir.[43]

Kısacası, yaşamın çok erken evrelerinde RNA hem yaşamın moleküler temeli, hem de enzimatik işlev gösteren bir moleküldür. Sonradan kodlama işlevi kimyasal olarak daha kararlı bir yapıya sahip olan DNA'ya, katalitik işlemler ise muazzam çeşitlilikte yapısal bir repertuar sağlayan proteinlere geçmiştir.[44] Yani evrimde hiçbir özellik şimdiki haliyle aniden ortaya çıkmaz. Evrimsel süreçte bugün gördüğümüz tüm biyolojik özellikler kademeli bir şekilde evrimleşip günümüze kadar gelmiştir.

Şekil 17. Ortalama bir kinaz proteini, şekilde ATP bağlayıcı bölgeyi görüyorsunuz.
Şekil 17. Ortalama bir kinaz proteini, şekilde ATP bağlayıcı bölgeyi görüyorsunuz.
MDPI
Şekil 18. Bir Ribozimin 3D Yapısı
Şekil 18. Bir Ribozimin 3D Yapısı
Okinawa Institute of Science and Technology

Çöp DNA: Psödogenler

DNA'mızdaki bütün genler ifade edilip proteinlere dönüştürülmez. Bu bölgeler psödogenleri, intronları, telomerleri, sentrozomları ve transpozonları içeren Çöp DNA bölgeleridir. İsminin Çöp DNA olması sizi kandırmasın. Bu diziler herhangi bir protein sentezlemeseler de çok önemli işlevlere sahiptir.[45] Örneğin telomerler hücre bölünmesinde, dolayısıyla kanser oluşumunu önlemekte önemli bir role sahiptir.[46] İntronlar ise Alternatif Splayz gibi mekanizmaların işleyişine katkı sağlar.[15] Ancak bizi burada ilgilendiren asıl konu psödogenlerdir.

Psödogenler, normal genlere çok benzeyen ama hiçbir protein kodlamayan gen bölgeleridir. Psödogenlerin çoğu mutasyon sonucu protein sentezi işlevini kaybetmiş DNA dizileridir.[47] Diğer Çöp DNA dizilerinin aksine, Psödogenler bir zamanlar normal işleve sahip olan gen bölgeleridir. GLO geni psödogenleri anlatmak için güzel bir örnektir.

Şekil 19. Psödogenler ve protein sentezi.
Şekil 19. Psödogenler ve protein sentezi.
Genetic Education

Bildiğiniz gibi bazı primat türlerinde de olduğu gibi çeşitli besin kaynaklarından C vitamini takviyesi almak zorundayız. Vücudumuz, çoğu canlıda olduğu gibi C vitamini sentezi sürecinde önemli bir göreve sahip L-Gulonolakton Oksidaz enzimini sentezleyemez.[48] Bu gen (GLO) aslında genomumuzda bulunmaktadır. Ancak gen çok fazla mutasyona maruz kaldığı için gereken enzimi kodlayamaz. Araştırmaya göre GLO geni, 12 ekzonundan 7 tanesini kaybetmiştir.[49] İnsansı primatlarda (dolayısıyla insanlarda) bu gen delesyonunun 61 milyon yıl öncesine kadar gittiği düşünülmektedir.[50] Artık gereken enzimi kodlamasa da bu genin var olması bile atalarımızdan bize kalan evrimsel bir kalıntıdır. Yani fosiller her zaman taşlaşmış yapılar değildir. Bazen birkaç nükleotit dizisi bile evrim tarihine kapı açan bir anahtar, bir fosil olabilir.

Şekil 20. Vitamin C veya Askorbik Asit
Şekil 20. Vitamin C veya Askorbik Asit
Wikipedia
Şekil 21. Bir fareye ait L-Gulonolakton Oksidaz proteini
Şekil 21. Bir fareye ait L-Gulonolakton Oksidaz proteini
Wikipedia

Orak Hücre Anemisi: Heterozigot Avantajı

Kanda O2'yi taşıyan hemoglobin proteinini kodlayan gendeki bir mutasyon sonucu ortaya çıkan Orak Hücre Anemisi kalıtsal bir hastalıktır. Normalde hemoglobinin bulunduğu alyuvar hücreleri disk şeklindedir ancak bu anemi türünde hücreler orağa benzer bir şekil alır. Bu hastalığa sahip kişiler kronik ağrılar, inme, çeşitli akciğer ve göz problemleri gibi faktörlerden muzdarip olurlar.[51]

Tüm Reklamları Kapat

Orak hücre hemoglobini, 11. kromozomda yer alan β-globin genindeki bir nokta mutasyonu sonucu sentezlenmektedir.[52] Bu mutasyon sonucu oluşan hemoglobin proteinlerine HbS denir. Hipoksik şartlar altında, yani O2 derişimi azaldığında HbS otooksidasyona ve polimerleşmeye maruz kalmaktadır. Bunun sonucu diskli eritrosit (alyuvar) orak şekilli, sert ve kırılgan bir yapıya dönüşür.[53]

Şekil 22. Normal alyuvar ve Orak hücre alyuvarı. Şekilde gördüğünüz gibi hemoglobinler polimerleşerek uzun bir zincir oluşturmuştur. Bunun sonucu, hücre orak yapısı kazanmıştır.
Şekil 22. Normal alyuvar ve Orak hücre alyuvarı. Şekilde gördüğünüz gibi hemoglobinler polimerleşerek uzun bir zincir oluşturmuştur. Bunun sonucu, hücre orak yapısı kazanmıştır.
About Kids Health

Bu hastalıktan muzdarip kişiler genomlarında orak hücre alellerinden ikişer kopya içerirler. Her iki ebeveyninden de bu bozuk gen bölgesini miras alan kişilerde Orak Hücre Anemisi semptomları görülür. Ancak sadece tek bir orak hücre aleli taşıyan bireylerde bu tür korkunç semptomlar görülmez. Bu bireyler sadece ekstrem koşullarda (O2'nin az bulunduğu yüksek irtifalarda) belirtiler gösterirler.[54] Görünen o ki, bu taşıyıcı (heterozigot) bireylerde hem normal alyuvarlar hem de orak hücre alyuvarları üretilir.[15] Bu yüzden de çok zorlu koşullara tabi tutulmadıkça bu bireyler normal yaşamlarını sürdürebilirler.

Şekil 23. Orak hücre anemisi genotipleri. Ortada gördüğünüz Aa genotipi, ebeveynlerinden hem normal hem de orak hücre gen alelini almış bireyleri temsil etmektedir. Bu gibi kişiler sıtmaya karşı direnç gösterirler
Şekil 23. Orak hücre anemisi genotipleri. Ortada gördüğünüz Aa genotipi, ebeveynlerinden hem normal hem de orak hücre gen alelini almış bireyleri temsil etmektedir. Bu gibi kişiler sıtmaya karşı direnç gösterirler
BioNinja
Şekil 24. Orak hücre anemisini moleküler düzeyde anlatan güzel bir görsel. HbS'ler polimerleşerek orak hücre fiberleri oluşturur. Bu fiberler hücreye orak şekli verir. Heterozigot bireyler sıtmaya karşı direnç gösterirler.
Şekil 24. Orak hücre anemisini moleküler düzeyde anlatan güzel bir görsel. HbS'ler polimerleşerek orak hücre fiberleri oluşturur. Bu fiberler hücreye orak şekli verir. Heterozigot bireyler sıtmaya karşı direnç gösterirler.
Campbell Biyoloji

Peki neden vücudumuzda bu kadar yıkıcı bir etkiye sebep olan gen, evrimsel süreçte tamamen kaybolmamıştır? Çünkü ne gariptir ki bu gen aleli, özellikle de heterozigot bireylerde bir avantaj sağlamaktadır. Afrika gibi sıtma parazitinin yaygın olduğu bölgelerde bu gen, dolayısıyla orak hücre hemoglobini, bireyleri sıtmadan korumaktadır.[55], [56]

Şekil 25. Orak Hücre hemoglobin alelinin coğrafi görülme sıklığı.
Şekil 25. Orak Hücre hemoglobin alelinin coğrafi görülme sıklığı.
Nature

Sıtma, Plazmodium cinsinden olan protozoan parazitlerinin sebep olduğu bir hastalıktır. Bu parazit, içerisinde omurgalıların ve sivrisineklerin de olduğu kompleks bir yaşam döngüsüne sahiptir.[57] Bu başlıkta bizi asıl ilgilendiren kısım parazitin omurgalılarda (dolayısıyla insanlarda) sergilediği hayat döngüsüdür. Parazit, eritrosit (alyuvar) hücrelerini işgal ederek şizogoni denilen özel bir bölünme yoluyla hızla çoğalarak hücrelerin parçalanmasına sebep olur.[15]

Tüm Reklamları Kapat

Şekil 26. Plazmodium'un yaşam döngüsü. Parazit, eritrosit imhasına yol açar.
Şekil 26. Plazmodium'un yaşam döngüsü. Parazit, eritrosit imhasına yol açar.
Campbell Biyoloji

Orak hücre özellikli kişiler (taşıyıcı) bu parazite karşı nasıl bir mekanizmayla direnç gösterir? HbS'nin sıtma parazitine karşı nasıl bir direnç gösterdiği maalesef tam olarak anlaşılmamıştır. Ancak mevcut bulgular, olası mekanizmalardan birinin HbS'nin parazit için elverişsiz bir ortam oluşturması, dolayısıyla bu durumun paraziti strese sokarak gelişimini yavaşlatması yönündedir. Heterozigot bireyler bu olası mekanizma sayesinde sıtmaya karşı güçlü bir bağışıklık sergilerler.[58]

Ancak bu bölümde bizim asıl anlatmak istediğimiz, evrimsel süreçte ölümcül, zararlı ve gereksiz gibi görünen özelliklerin bazı durumlarda hayat kurtarıcı olabileceğidir. Evet, Orak Hücre Anemisi hastanın hayatını ona zehir eden ve belki de ölümüne neden olacak berbat bir hastalıktır. Ancak bu gen aleli olmasaydı Afrikadaki çoğu popülasyon hayatta kalmakta zorlanırdı.

Kapanış

Örneklerimizden de gördüğünüz gibi evrim her zaman moleküler düzeyde başlar. Bu yüzden Moleküler Biyoloji ve Genetiğe hakim olmak evrimi anlamak için büyük bir önem taşır. Evrim, biyolojinin reddedilemez bir gerçeğidir. Makalede bahsettiğimiz örneklerin her biri evrimin işleyişine dair birer kanıt niteliğindedir. Ünlü Ukraynalı genetikçi Theodosius Dobzhansky'nin de dediği gibi:[59]

Evrimin ışığı altında bakıldığında Biyoloji, entelektüel anlamda en tatmin edici ve ilham verici bilimdir. Bu ışık olmadan bütün biyolojik bilgiler birkaç olgu yığınına dönüşür. Bu yığın her ne kadar ilginç ve merak uyandırıcı olsa bile büyük resme bakıldığında birlikte hiçbir anlam ifade etmez.

Yazarın Notu ve Teşekkürler

Yazar: Rasul NURULLAZADE

Tüm Reklamları Kapat

Editörler: Kübra ANDUSE, Alp ASLAN

Kapak Tasarımı: Merve BAĞLI, Fatma ÖZTÜRK

Danışmanlar: Doç. Dr. Mehmet Emin DİKEN, Dr. Serhad ONAT, Meltem BALABAN (Y.L. Öğrencisi)

Makale yazım sürecinde yardımları için değerli bölüm hocalarıma, editör arkadaşlarıma, platform sağladığı için BAUNGEN ekibine ve bana bu süreçte desteğini esirgemeyen tüm dostlarıma en içten teşekkürlerimi sunarım.

Okundu Olarak İşaretle
5
1
  • Paylaş
  • Alıntıla
  • Alıntıları Göster
Paylaş
Sonra Oku
Notlarım
Yazdır / PDF Olarak Kaydet
Raporla
Mantık Hatası Bildir
Yukarı Zıpla
Bu Blog Yazısı Sana Ne Hissettirdi?
  • Muhteşem! 5
  • Tebrikler! 4
  • Bilim Budur! 1
  • Umut Verici! 1
  • Mmm... Çok sapyoseksüel! 0
  • Güldürdü 0
  • İnanılmaz 0
  • Merak Uyandırıcı! 0
  • Üzücü! 0
  • Grrr... *@$# 0
  • İğrenç! 0
  • Korkutucu! 0
Kaynaklar ve İleri Okuma
Tüm Reklamları Kapat

Evrim Ağacı'na her ay sadece 1 kahve ısmarlayarak destek olmak ister misiniz?

Şu iki siteden birini kullanarak şimdi destek olabilirsiniz:

kreosus.com/evrimagaci | patreon.com/evrimagaci

Çıktı Bilgisi: Bu sayfa, Evrim Ağacı yazdırma aracı kullanılarak 02/06/2025 17:30:24 tarihinde oluşturulmuştur. Evrim Ağacı'ndaki içeriklerin tamamı, birden fazla editör tarafından, durmaksızın elden geçirilmekte, güncellenmekte ve geliştirilmektedir. Dolayısıyla bu çıktının alındığı tarihten sonra yapılan güncellemeleri görmek ve bu içeriğin en güncel halini okumak için lütfen şu adrese gidiniz: https://evrimagaci.org/s/19762

İçerik Kullanım İzinleri: Evrim Ağacı'ndaki yazılı içerikler orijinallerine hiçbir şekilde dokunulmadığı müddetçe izin alınmaksızın paylaşılabilir, kopyalanabilir, yapıştırılabilir, çoğaltılabilir, basılabilir, dağıtılabilir, yayılabilir, alıntılanabilir. Ancak bu içeriklerin hiçbiri izin alınmaksızın değiştirilemez ve değiştirilmiş halleri Evrim Ağacı'na aitmiş gibi sunulamaz. Benzer şekilde, içeriklerin hiçbiri, söz konusu içeriğin açıkça belirtilmiş yazarlarından ve Evrim Ağacı'ndan başkasına aitmiş gibi sunulamaz. Bu sayfa izin alınmaksızın düzenlenemez, Evrim Ağacı logosu, yazar/editör bilgileri ve içeriğin diğer kısımları izin alınmaksızın değiştirilemez veya kaldırılamaz.

Aklımdan Geçen
Komünite Seç
Aklımdan Geçen
Fark Ettim ki...
Bugün Öğrendim ki...
İşe Yarar İpucu
Bilim Haberleri
Hikaye Fikri
Video Konu Önerisi
Başlık
Bugün Türkiye'de bilime ve bilim okuryazarlığına neler katacaksın?
Gündem
Bağlantı
Ekle
Soru Sor
Stiller
Kurallar
Komünite Kuralları
Bu komünite, aklınızdan geçen düşünceleri Evrim Ağacı ailesiyle paylaşabilmeniz içindir. Yapacağınız paylaşımlar Evrim Ağacı'nın kurallarına tabidir. Ayrıca bu komünitenin ek kurallarına da uymanız gerekmektedir.
1
Bilim kimliğinizi önceleyin.
Evrim Ağacı bir bilim platformudur. Dolayısıyla aklınızdan geçen her şeyden ziyade, bilim veya yaşamla ilgili olabilecek düşüncelerinizle ilgileniyoruz.
2
Propaganda ve baskı amaçlı kullanmayın.
Herkesin aklından her şey geçebilir; fakat bu platformun amacı, insanların belli ideolojiler için propaganda yapmaları veya başkaları üzerinde baskı kurma amacıyla geliştirilmemiştir. Paylaştığınız fikirlerin değer kattığından emin olun.
3
Gerilim yaratmayın.
Gerilim, tersleme, tahrik, taciz, alay, dedikodu, trollük, vurdumduymazlık, duyarsızlık, ırkçılık, bağnazlık, nefret söylemi, azınlıklara saldırı, fanatizm, holiganlık, sloganlar yasaktır.
4
Değer katın; hassas konulardan ve öznel yoruma açık alanlardan uzak durun.
Bu komünitenin amacı okurlara hayatla ilgili keyifli farkındalıklar yaşatabilmektir. Din, politika, spor, aktüel konular gibi anlık tepkilere neden olabilecek konulardaki tespitlerden kaçının. Ayrıca aklınızdan geçenlerin Türkiye’deki bilim komünitesine değer katması beklenmektedir.
5
Cevap hakkı doğurmayın.
Aklınızdan geçenlerin bu platformda bulunmuyor olabilecek kişilere cevap hakkı doğurmadığından emin olun.
Size Özel
Makaleler
Daha Fazla İçerik Göster
Popüler Yazılar
30 gün
90 gün
1 yıl
Evrim Ağacı'na Destek Ol

Evrim Ağacı'nın %100 okur destekli bir bilim platformu olduğunu biliyor muydunuz? Evrim Ağacı'nın maddi destekçileri arasına katılarak Türkiye'de bilimin yayılmasına güç katın.

Evrim Ağacı'nı Takip Et!
Yazı Geçmişi
Okuma Geçmişi
Notlarım
İlerleme Durumunu Güncelle
Okudum
Sonra Oku
Not Ekle
Kaldığım Yeri İşaretle
Göz Attım

Evrim Ağacı tarafından otomatik olarak takip edilen işlemleri istediğin zaman durdurabilirsin.
[Site ayalarına git...]

Filtrele
Listele
Bu yazıdaki hareketlerin
Devamını Göster
Filtrele
Listele
Tüm Okuma Geçmişin
Devamını Göster
0/10000

Bize Ulaşın

ve seni takip ediyor

Göster

Şifremi unuttum Üyelik Aktivasyonu

Göster

Şifrenizi mi unuttunuz? Lütfen e-posta adresinizi giriniz. E-posta adresinize şifrenizi sıfırlamak için bir bağlantı gönderilecektir.

Geri dön

Eğer aktivasyon kodunu almadıysanız lütfen e-posta adresinizi giriniz. Üyeliğinizi aktive etmek için e-posta adresinize bir bağlantı gönderilecektir.

Geri dön

Close