Pozitif bilimlerde araştırmanın güzel tarafı, bir gizemi çözmekten çok, o gizemin kendisi olmaktadır. Gizli olan bir şey açığa çıktığında artık, çekiciliğini yitirir. Öte yandan mitokondri, hem ökaryotik hücreler için enerji üretme mekanizması olarak, hem de ökaryotik hücreye evrimleşmedeki rolü ile hala cevaplanmayı bekleyen gizemlere sahiptir.

Birçok soru cevaplanmayı beklemektedir: İlkel hücreler nasıl oldu da spontan proton aşamalı değişimini kullanabilir hale geldi? Mitogenomda (Mitokondriyal genomda) bulunan genler neye göre ve nasıl konak hücrenin nükleer genomuna entegre oldu?

Darwin, Lamarck ve Huxley başta olmak üzere evrimsel biyolojinin öncülleri, evrimin geniş zaman ölçeğinde, aşamalı olarak gerçekleştiği fikrini ortaya koymuşlardır. Başlangıçta yaygın olarak türlerin zaman içinde adaptasyonlar yoluyla değişebileceği ve evrimin uzun süreçler boyunca milyonlarca yıl içinde sürekli olarak gerçekleşerek, organizmaların çevreleriyle etkileşim içinde olduklarını ve bu etkileşimlerin zamanla türlerin evrimine yol açtığı fikirleri kabul görmüştür.

Zamanla evrim üzerinde yapılan araştırmalar artıkça bazı organizmaların çevresel değişikliklere hızla uyum sağlayarak adaptasyonlar geliştirebileceği ve bu adaptasyonların kısa süre içinde genetik varyasyonlar yoluyla yayılabileceği keşfedilmiştir. Bu noktada da evrimin uzun stabil dönemlerini bölen hızlı değişim sıçramaların olduğu hipotezi ortaya atılmıştır. Örneğin söz konusu tür uzun bir süre "değişmeden" seçilim göstermeye devam ediyordur; lakin kısa bir dönemde gerçekleşen jeolojik veya biyolojik olaylar ardından jenerasyonda hızlı bir değişim (sıçrama) yaşanabileceği savunulmaktadır. Tam olarak desteklenemeyen ve üzerinde tartışmalar olan bu hipoteze sıçramalı evrim veya kesintili denge (İng: "punctuated equilibrium") adı verilmiştir.

Son birkaç gün içinde bazı "gazete"ler (!) de dahil olmak üzere sosyal medyadaki birtakım hesapların, Evrim Ağacı olarak 2013 yılında Richard Dawkins ile ilişkili bir ismi Türkiye'de ağırlamış olmamızdan ve Richard Dawkins'in bilimsel çalışmalarından bahsetmemizden yola çıkarak ve Dawkins'in de Epstein'le (o yönde hiçbir kanıt olmamasına rağmen) kriminal bir bağlantısı olduğu varsayımıyla, Evrim Ağacı olarak bizim de Jeffrey Epstein ile bir bağlantımız olduğu yönünde abesle iştigal ve çocukça bir iddiası, artık tetikçilik boyutuna ulaşacak seviyede paylaşıldığı için, bu açıklamayı yapmak elzem olmuştur.

Bunu açıklamak zorunda kalmak bile utanç verici olsa da Jeffrey Epstein adlı canavar veya onunla işbirliği yaptığı bilinen herhangi bir kişiyle herhangi bir maddi veya manevi işbirliğimiz bulunmamaktadır. Benzer şekilde, Richard Dawkins'den veya vakfından hiçbir şekilde para almadığımız gibi, herhangi bir dernek, vakıf, örgüt, devlet vb. kurumla hiçbir ilişkimiz bulunmamaktadır.

Dünyada bilinen ilk üniversiteyi, günümüzde bildiğimiz anlamda bir üniversite değildi bu, Platon kurmuş ve kesin olmayan bir bilgiye göre girişine şöyle yazdırmıştı: "Ageometretos medeis eisito!". Türkçe karşılığı "Geometri bilmeyen giremez!" Böyle bir söz yazılı mıydı değil miydi bilinmez ama bu anlayışın Antik Yunan filozofları ve sonrası bilim insanlarında kabul gördüğü bir gerçekliktir. Çünkü kendisinden önce ve sonra gelen filozoflar mantığın önemini iyice kavramış, düşünce sistemlerinin temeline oturtmuşlar ve bu sayede modern bilimin temelini atmışlardı. Pisagor, Euclid, Eratosthenes geometriyi kullanarak ellerindeki kısıtlı imkânlara rağmen harikalar yaratan bu matematikçilere yalnızca birkaç örnektir.

Geometriyle dönemin teknoloji adına zor şartlarına meydan okuyan başka bir bilim insanı Edmond Halley'dir. Halley'i en çok adının verildiği kuyrukluyıldız ile tanıyoruz. Ancak tabii ki Halley'i kuyrukluyıldız ile özdeşleştirmenin ötesine geçmek zorundayız çünkü bilime katkısı oldukça fazla. Kendisinin güney yıldızlarından Ay'ın çekim alanına, Dünya'nın manyetik alanından geometriye birçok konuda çalışması bulunuyor. Bunların hepsinden tek bir yazıda bahsetmek mümkün olmadığından eski Yunan filozoflarından bu yana birçok insanın merak ettiği astronomik birimin (AB) yani Dünya ile Güneş arasındaki uzaklığın nasıl hesaplanabileceğine dair metodundan bahsedeceğiz.

Çoğu insan için Evrim Teorisi'nin tartışmaya yer bırakmaz şekilde ortaya koyduğu türler arası kuzen-ata ilişkisi, anlaması güç kavramlardan birisidir. Halbuki sadece kendi ailelerimize bile bakarak bu evrimsel olguyu algılamamız mümkündür. Bu makalemizde, türler arası akrabalık ilişkilerinden ziyade, tür içerisindeki akrabalık ilişkilerine odaklanacağız. Bu makaleyi, buradaki makalemiz gibi bazı diğerleriyle birleştirerek analiz edecek olursanız, var olmuş, var olan ve var olacak tüm türlerin birbirleriyle nasıl akraba olduğunu anlamanız mümkün olacaktır. Gelin şimdi sizi soy hattınız içerisinde son derece ilginç bir yolculuğa çıkaralım. Bu süreçte, evrimsel biyoloji ile ilgili birçok kavramı analiz etme ve anlama fırsatı bulacağınızı umuyoruz. Hikayeyi birinci tekil şahıs olarak anlatacağız, çünkü bu hikaye Wait But Why isimli bilim sitesinin kurucusu Tim Urban'ın soy ağacı tarihine yaptığı bir yolculuğa dayanıyor. Ondan öğreneceğimiz çok şey var, dolayısıyla hemen başlayalım:

Büyüklerimden yalnız 89 yaşındaki babaannem hayatta: Nana...

Yaşam, binlerce reaksiyon içeren yoğun ağlar aracılığı ile gıdaları hücrelere dönüştürür. Yeni yapılan bir araştırma, bu tür ağların yaşamın kökeninde nasıl sıfırdan oluştuğunu ortaya çıkardı. Almanya, Yeni Zelanda ve ABD'den uluslararası araştırma ekipleri, ilkel mikropların metabolik ağlarını inceleyerek genlerden daha yaşlı olan otokatalitik kümeler (kendi kendini güçlendiren birbirine bağlı reaksiyonların toplamı) tespit ettiler.

Canlı hücreler, metabolik ağların son ürünleridir. Hücreye giren besin molekülleri, daha sonra hücreleri oluşturan molekülleri üreten yolaklara aktarılan, merkezi ara ürünlere dönüştürülür. Bu ağlar genellikle neredeyse hepsi enzimler (proteinler) tarafından gerçekleştirilen ve genler (nükleik asitler) tarafından kodlanan 1000'den fazla reaksiyon gerektirir. Genler ve proteinler arasındaki bağlantı, ribozomlara genlerde depolanan bilgilere göre protein yapma emrini veren evrensel genetik koddur. Bu bileşenlerin tümü birbirine bağlıdır: ribozomun %50'si protein ve %50'si RNA'dır; proteinler amino asitlerden oluşur; RNA nükleik asit bazları içerir ve amino asitler ile bazlar ise genlerin kodladığı enzimlerle katalize edilen, metabolizmadaki yaklaşık 1000 reaksiyon sayesinde oluşur.