Sokak köpekleri (veya bilimsel literatürdeki isimleriyle "serbest dolaşan şehir köpekleri"), şehirlerde yaşayan, sınırlandırılmamış köpeklerdir.^[1] Özellikle gelişmekte olan ülkelerde, şehirlerin var olduğu ve yerel insan nüfusunun izin verdiği hemen her yerde yaşamaktadırlar.

Sokak köpekleri arasında başıboş köpekler, sahiplerinden ayrılan ya da sahipleri tarafından terk edilen evcil hayvanlar ya da hiç sahiplenilmemiş yabani köpekler bulunabilir. Keza sokak köpekleri arasında başıboş safkanlar, gerçek melez köpekler ya da Hint parya köpeği gibi yetiştirilmemiş çeşitler de bulunabilir.

Nanometre, SI yani Uluslararası Birimler Sisteminde bir metrenin milyarda birine karşılık gelen uzunluk birimidir. Matematiksel olarak $1x10^{-9}m$ olarak ifade edilir. Bir metreyi bir milyar eşit parçaya böldüğümüzde her parça 1 nanometredir. Nano kelimesi etimolojik olarak Yunanca "cüce" anlamına gelen "nanos" kelimesinden gelmektedir.^[1] Ölçek; atomların, biyomoküllerin ve pek çok modern nanoteknolojik yapının boyut aralığını temsil etmektedir.^[3]

Nanometreyi çok daha iyi anlayabilmek adına milimetre (mm) ve mikrometre (μm) ile kıyaslayabiliriz. Neredeyse hepimiz milimetreye aşinayız, gündelik hayatta çok ufak olarak kabul ettiğimiz ölçüler artık bunlar oluyor. Yaptığımız mekanik tasarımların önemli bir kısmı, milimetrik hataları tolere edebiliyor. Bu noktada 1 milimetrenin, 1 metrenin 1000'de 1'i ya da 1 santimetrenin 10'da 1'i olduğunu hatırlayalım.

Evrimsel süreçler genomu nasıl etkiler? Popülasyon genomiği alanı, evrim ve genomla ilgili çıkarım yapmak için genomun popülasyon içi ve popülasyonlar arası yapısını inceler.

Popülasyonların birbirinden bağımsız olarak evrimleşmesi genetik ıraksamaya neden olur. Genomun çeşitli bölgelerinin birbirlerinden oldukça farklı düzeylerde genetik ıraksama göstermesi beklenir (Nosil ve ark. tarafından incelenmiştir, 2009). Bazı bölgelerde popülasyonlar arasında neredeyse hiç farklılaşma görülmezken, bazı bölgelerde genetik ıraksama son derece belirgindir (Şekil 1). Genomun bölgeleri boyunca gözlemlenen bu popülasyonlar arası ıraksama çeşitliliğine heterojen genomik ıraksama denir (Nosil ve ark. 2009). Popülasyonların farklılaşması ve tür oluşumu sırasında genomik ıraksamanın son derece heterojen olması beklenir, çünkü bu sırada bazı bölgelerde ıraksak doğal seçilim ile bağlantılı genetik farklılıklar birikirken, diğer bölgelerde gen akışının homojenize edici etkileri ve genetik sürüklenme tarafından rastgele farklılıkların ortaya çıkarılması için yeterli zaman olmaması ıraksamanın önüne geçer. Ekolojik sebeplerden veya genetik çatışmadan kaynaklanan seçilim, genetik sürüklenmenin stokastik etkileri, farklılık gösteren mutasyon sıklıkları, seçilim altındaki özelliklerin genetik temeli ve kromozomlardaki genler arasındaki genetik bağlantı dahil birçok unsur, heterojen genomik ıraksamaya katkıda bulunur. Popülasyonlardaki genomik farklılaşma şekilleri, bu çeşitli tarihi evrimsel ve genetik süreçler sonucunda oluşur ve birleşir. Böylece, biyologlara evrimsel ıraksamayı şekillendiren kuvvetleri yeniden oluşturma imkanı sunar.

Son yıllarda bilim insanları normalde insanın cildinde yaşayan, sağlığa ve hastalığa etki eden bakterilerin sayısını belirlemede büyük gelişme sağladı. Şu an Pennsylvania Üniversitesi Perelman Sağlık Okulu'ndaki araştırmacılar son teknoloji tekniklerini insan cildinde yaşayan virüslerin sayısını araştırmak için kullanıyorlar. Çevirimiçi mBio jurnalinde yayımlanan araştırma, sağlıklı bir insan cildindeki çoğu virüsün DNA'sının aslında daha önce hiç tanımlanmamış birer viral “karanlık madde” olduklarını ortaya koydu. Araştırma ayrıca şu an ileri araştırma incelemelerinde kullanılmak için uygun olan bir dizi virüs analiz araçlarının geliştirilmesini de içeriyor.

Araştırmacılar ve halk, üzerimizde ve içimizde yaşan mikropların (“mikrobiyomlarımızın”) sağlığımızı korumamızda veya hastalığa sebebiyet vermede çok önemli bir rol oynadıklarının farkındalar. Ciltte yaşayan bakteriler de bu kategoriye dahil. Bu bakteriler, zararlı enfeksiyonlardan korunmamızda, düzgün bir cilt bağışıklığını sürdürmemizde ve yaralarımızın iyileşmesinde görev alıyorlar; fakat bazı koşullar altında tam tersi de olabiliyor. Araştırmanın yardımcı yazarı Pennsylvania Üniversitesi Dermatoloji Bölümü’nde akademisyen ve yardımcı profesör Elizabeth A. Grice, konu hakkında şunları söylüyor:

En kısa tanımıyla evrim, popülasyon içi gen ve özellik dağılımlarının nesiller içerisindeki değişimidir. Bu tanımdaki her bir basamak, evrim için olmazsa olmazdır:

Bu tanımın dışladığı ve hesaba katmadığı birkaç unsur vardır. Bunları vurgulamak, evrime dair kavramları daha da netleştirecektir:

Pozitif bilimlerde araştırmanın güzel tarafı, bir gizemi çözmekten çok, o gizemin kendisi olmaktadır. Gizli olan bir şey açığa çıktığında artık, çekiciliğini yitirir. Öte yandan mitokondri, hem ökaryotik hücreler için enerji üretme mekanizması olarak, hem de ökaryotik hücreye evrimleşmedeki rolü ile hala cevaplanmayı bekleyen gizemlere sahiptir.

Birçok soru cevaplanmayı beklemektedir: İlkel hücreler nasıl oldu da spontan proton aşamalı değişimini kullanabilir hale geldi? Mitogenomda (Mitokondriyal genomda) bulunan genler neye göre ve nasıl konak hücrenin nükleer genomuna entegre oldu?