Mutasyon DNA veya RNA olsun genin nükleotid diziliminde oluşan değişikliklerdir. Viral DNA veya RNA'nın çoğalmak için kendisini kopyalaması esnasında:
-Nokta mutasyonu: tek bir nükleotidin değişimi, örneğin A yerine G gelmesi gibi. Bu değişim önemli bir değişiklik yaratmayabileceği gibi oluşturduğu kodona bağlanacak amino asitin değişmesine de sebep olabilir. Ya da bağlı bulunduğu kodonun stop kodonu olarak okunmasına sebep olup tamamlanmamış bir proteine dönüştürebilir.
- insersiyon mutasyonu: ekstra nükleotidlerin gene eklenmesi
- delesyon mutasyonu: DNA veya RNA'nın bir parçasının kopup kaybolması, silinmesidir.
- çerçeve kayması mutasyonu: insersiyon veya delesyon mutasyonları sonucunda ortaya çıkan genetik materyalin yanlış okunması. Örneğin "Ali gel yol var" anlamlı cümlesinde bir harfin silinip tekrar 3'lü kodonlar şeklinde okunduğunu var sayalım: "lig ely olv ar" gibi anlamsız bir düzenle oluşan yeni kodonlar da doğru aaleri bağlayamaz.
Bu mutasyonlar virüsün konakçı hücresinde RNA veya DNA'sını çoğaltması esnasında meydana gelebilecek mutasyonlar. Bunlara ek olarak; konakçı hücresinin enzimlerinin viral DNA veya RNA'yı etkilemesi ( örneğin APOBEC, ADAR).
Virüslerin mutasyon oranı bu çoğalmayı ne kadar sık yaptığı ne kadar bulaşıcı olduğu, bulaşıcılığı sırasında konakçısına ne kadar zarar verdiği gibi faktörlerin yanında DNA veya RNA'sını hangi modelle çoğalttığı (yarı korunmalı çoğalma veya damgalama makinesi modu), DNA polimeraz'ın güvenirliliği ve düzeltme mekanizmalarının olup olmaması, hücreden ayrılırkenki optimum zamanla (erken ayrılmada tamamlanmamış virüslerin varlığı geç ayrılmada çok fazla virüsün birden açığa çıkması gibi) faktörlere de bağlı olarak değişmektedir.
Parazitler de mutasyon geçirir. Fakat parazitler virüslerden ayrıdır. Tek hücreli parazitler olduğu gibi iç ve dış parazitler, sporlanarak çoğalandan larva formu geçirene çok değişik ve farklı yaşam formları ve stratejileri de olabilir.
