Evrimsel biyolojinin bize açtığı en temel ufuğun, var olmuş, var olan ve var olacak tüm canlıların birbiriyle akraba olduğu gerçeği olduğunu biliyoruz. Evet, türlerin birbirleriyle akraba olduklarını bilmek önemli bir adım; ancak bu akrabalık ilişkilerini nasıl göstereceğiz? İşte burada bilimsel bir metodolojinin takip edilmesi gerekmektedir. Bu makalemizde sizlere en ilkin evrim ağacı oluşturma ve filogeni yaratma yöntemlerinden birini adım adım öğretmeye çalışacağız. Bu analizimizde genlere ve daha kapsamlı analizlere girmeyecek, sadece elinizde belli sayıda tür varken, bunları dış görünümlerine bakarak hangi sırayla evrimleştiklerini ve birbirleriyle olan akrabalık ilişkilerini bir evrim ağacı üzerinde gösterebilmenizi sağlayacak kadar bilgi vereceğiz. Dolayısıyla biliniz ki modern evrimsel biyolojide burada öğreteceklerimizden kat kat daha derin ve kapsamlı yöntemler kullanılmaktadır; ancak bunlardan en basitini öğrenmenin, evrimle ilgilenen birçok kişi için faydalı bir bilgi olacağını düşünüyoruz.
Giriş kısmında da belirttiğimiz gibi, burada göstereceğimiz analiz genetikte pek doğrudan kullanılmamaktadır. Bizler genlere değil, canlıların dış görünümlerine bakarak bir sınıflandırma yapacağız. Bu, gerçek analizlerin isabetliliğinden farklı sonuçlar verebilir. Çünkü dış görünüm aldatıcıdır. Birbirinden tamamen farklı gözüken canlılar aynı türün bireyleri olabileceği gibi, birbirlerinin tıpatıp aynısı gözüken canlılar evrim ağacının iki apayrı dalı üzerinde bulunuyor olabilir. Örneğin taksonominin babası olarak bilinen Linne bile, sadece dış görünüşlere bakarak sınıflandırma yaptığı için, Agelaius phoenicus türünün erkeği ile dişisini birbirinden farklı türler olarak sınıflandırmış ve büyük bir hataya düşmüştü. Çünkü bu kuş türünün iki cinsiyeti birbirinden tamamen farklı gözükmektedir; ancak aslında aynı türe aittirler. Benzer bir şekilde, Microcebus cinsine ait lemurların bazıları farelere büyük oranda benzemektedirler. Çok dikkatli yapılmayan bir analizde bu iki tür kolayca birbirine yakın akraba olarak kabul edilebilecektir. Ancak genetik analizler sayesinde emin olabilmekteyiz ki, fareler ile lemurlar evrim ağacının iki ayrı dalında yer almaktadırlar.