Tüm mikrobiyal yük veya mikrobiyal topluluk incelenebilir ve bunların konakçı/çevre ile etkileşimleri veya insan, bitki veya hayvan sağlığı üzerindeki etkileri metagenomik kullanılarak incelenebilir. Dolayısıyla metagenomik bir araştırma tekniğidir ve aynı zamanda birçok mikropların insan sağlığı üzerindeki etkisini doğal yaşam alanlarını etkilemeden değerlendirmek için kullanılan bir teşhis yaklaşımıdır ki bu da bir yönüdür.
Metagenomik kelimesi iki harfin birleşimidir. Meta büyük veya geniş anlamına gelir ve genomik ise genom ile ilgili anlamına gelmektedir. Burada “mikrobiyal genomun incelenmesi” anlamına gelmektedir. Terim ilk olarak Jo Handelsman & Jon Clardy ve meslektaşları tarafından tanımlanmıştır. Tanım olarak çalışma, mikrobiyal tanımlama, karakterizasyon ve metagenomik olarak bilinen çevresel örneklerden yapılan çalışmaları içermektedir.
Basit bir örnekle anlatmak gerekirse; mesela bir bölgedeki bazı yaygın köpek enfeksiyonlarının incelemek istendiğini varsayalım. Bu enfeksiyonlar o bölgede bulunan gölet suyu nedeniyle olmuş olsun ve köpekler sık sık gölete gidip su içmiş ve hastalanmış olsunlar. Havuzdan bir su numunesi alınır ve metagenomik analiz yapılır. Havuz suyunda bulunan mikrobiyal topluluk türünün bir veri tabanı oluşturulur ve değerlendirilir.
Bu suyun köpeğin sağlığı ile nasıl ilişkili olduğunu incelemek istendiğinde, bölgedeki köpeklerden dışkı örnekleri veya bağırsak örnekleri alınır ve aynı şekilde işlenir. Köpeklerde enfeksiyonun nedeni havuz suyunda bulunan mikroplar olsun ya da olmasın, her iki mikrop veri tabanının karşılaştırmalı analizi bir bağlantı elde etmek için gerçekleştirilir. Başka bir durumda, havuzun yakınındaki bazı bitkiler iyi büyüdüyse ve havuzdan uzaktaki bitkilerden daha fazla meyve verdiyse. Havuzdaki bilinmeyen mikrobiyomların bitki yetiştirmeye yardımcı olup olmadığını öğrenmek için metagenomik çalışmalar da yapılabilir. Bu iki örnekte de teknik mikroorganizmalarla ilişkili her türlü analizde kullanılır.
Metagenomik: Tanım, Süreç ve UygulamalarıMikrop enfeksiyonlarının kişinin başına nasıl geldiği hakkında bilgi almak için insan popülasyonu üzerinde de benzer bir analiz türü yapılabilir. Toprak, su, deniz suyu ve diğer çevresel numuneler toplanır ve insan hastalığı veya enfeksiyonundaki rolünü incelemek için araştırılır. Dolayısıyla, mevcut teknik mikropların belirli bir ortamda ne yaptığını bilmek için uygulanmaktadır. Başlangıç örneği yalnızca çevresel örnek değil, aynı zamanda bağırsak mikropları, bağırsak mikropları, diş boşluğu mikropları ve idrar ve dışkı örneklerinde bulunan mikroplardır.
Metagenomik uygulama yaparak takip edilmesi gereken adımlar ve süreçler vardır. Bu adımlar şu şekildedir:
• Örnek koleksiyon
• DNA ekstraksiyonu
• Örnek ön hazırlık
• Örnek analiz
• PCR
• DNA dizilimi
• DNA mikrodizi
• Biyoinformatik çalışmaları
• Sonuçlar ve yorumlama[1]
Kaynaklar
- S. Altunyay. Metagenomik: Tanım, Süreç Ve Uygulamaları « Bilgiustam. (14 Ağustos 2020). Alındığı Tarih: 13 Mayıs 2023. Alındığı Yer: Bilgiustam | Arşiv Bağlantısı
