Sorunun birkaç farklı boyutu dolayısıyla da birkaç farklı cevabı var. Eğer yalan söylemek, çalmak, öldürmek gibi "kötü" şeylerin bilimsel nedenini soruyorsan bunun nedeni evrim tarafından bu "kötü" davranışların seçilmiş olmasıdır. Elbette evrim kötülüğü desteklemez ama sürekli 'iyi' olan insanların üstünde de sürekli 'kötü' olanlar kadar seçilim baskısı var. Yani bir insanın çok fazla iyi davranması ile kötü davranması arasında çok büyük bir fark yok, biraz kötü biraz iyi olmak hayata kalmanın tek yolu. Kendi yemeğini başkasına verip açlıktan ölmüyorsun ve başkasının yemeğini çalarak gruptan atılıp vahşi doğada tek başına kalıp ölmüyorsun. Bu kötü-iyi karışımı insanlar hayata kalıyor, bı yüzden de kötülük var oluyor. Kötülüğün nasıl insanları öldürdüğünü (doğal seçim baskısı yaratığını) anlamak için homo sapiens adlı kitabı okuyabilirsin, çok faydalı ve güzel bir kitaptır.
Biraz daha felsefî yanıt vermem gerekirse, kötülüğün bir kaynağı yada sebebi olmak zorunda değil. Nasıl ki insanlar iyilik nerden gelir? Neden iyiyiz? diye sorgulamadan iyi olabiliyoruz, çünkü iyilik doğamızda var. Aynı şekilde kötülüğün de kaynağını sormamıza gerek yok, başka bir deyişle iyilik ile kötülüğün kaynağı aynı yerden geliyor.
Üstelik kötülüğü "kötü" yapan şeyin de ahlâk sistemi olduğunu unutmamalıyız, ahlâk göreceli bir sistemdir. Ahlâk felsefesi hakkında biraz bakınırsan, kötülük denen şeyin göreceli olduğunu olduğunu görebilirsin. Objektif kötülük olmadığı için kaynağı da belirsizdir. Eğer insanlar kütük derken birbirinden farklı şeyleri kast ediyorsalar (yani kütük bazıları için yıldızları bazıları için de yastığı temsil ediyorsa), kütüğün ne olduğunu tam tanımlamadan kütük denen şeyin kökenini bulamayız. Yani önce kötülük tam olarak nedir onu bulmalı daha sonra da kötülük böyle birşeyse kaynağı da budur, demeliyiz.