Kısa cevap: Diğer türlere nazaran daha yakın akraba olduğumuz için.
Biraz ayrıntı:
Yakın akrabalarınız ile genleriniz daha benzer olacaktır çünkü evrimin çeşitlilik ve izolasyon mekanizmaları evrimsel süreçte sizi çok farklılaştıramayacaktır. Şöyle düşünün. Kardeşiniz ile genleriniz çok çok çok benzer çünkü mutasyon, crossing over gibi mekanizmalar ne kadar etki etse bile sadece bir nesil geçti. Diğer yandan kuzenleriniz ile dedeniz ortak yani evrimin çeşitlilik mekanizmaları daha çok etki ediyor çünkü 2 nesil geçti. Yani dedenizin neslinden anne ve babanız, amca ve halalarınız ondan sonra siz ve kuzenleriniz oluştunuz yani aranızda 2 nesil var. Her nesilde de çeşitlilik mekanizmaları ile biraz daha farklılaştığınız için bu da farklılığın artmasına sebep oldu.
Olaya "tür" bazında bakınca da karşımıza evrimsel süreçte yaşanılan izolasyonlar çıkıyor. Örneğin şempanzelerle olan "dedemiz" (ortak atamız) 6-7 milyon yıl kadar önce yaşadı. Şempanzelerle ortak atamız olan orrorin tugenensis veya ona benzer bir popülasyon coğrafi veya başka nedenlerle birden fazla gruba ayrıldı ve ayrılan popülasyonlar bu izolasyonlar etkisi altında evrimleşti. O gruplar da başka gruplara ayrıldı derken nihayetinde şempanzeler ve insanlar var. Fark edebildiğiniz gibi burada daha çok çeşitlilik mekanizması etki etmiş ve izolasyonlar sebebi ile türler birbirinden daha çok farklılaşmıştır. Bu yüzden şempanzelerle insanın arasındaki fark daha fazla. İnsan türünde ise diğer uzak akrabalarımız olan şempanzeler ve diğerlerine kıyasla bu durumlar daha az yaşandığı için genlerimiz daha benzer.
Sanırım neden yakın akrabalarımız ile genlerimizin daha benzer olduğunu anladık şimdi neden insanda genetik çeşitlilik %1'den daha az, ona bakalım, bunu da buradaki cevabımda anlatmıştım:
Çok yayılmış olmamıza rağmen gelişen beynimiz sayesinde normalde coğrafi izolasyondan dolayı farklılaşacak gruplar bile kaynaşabiliyor. Doğal seçiminin etkisini azalttığımızda ise bu evrimi çok yavaşlatıyor ve değişimi azaltıyor.
Yani çok geniş yerlere yayıldığımızda birbirimizden izole olmamız ve oradaki seçilim baskıları ile evrimleşmemiz gerekiyor ki tür içindeki çeşitlilik artsın hatta çok uzun süre devam ederse türleşme yaşansın. Ama bizde gelişen zekamız dolayısı ile bu etkiler diğer türlere göre çok az. Yani seçilim baskılarını da izolasyonları da çok azalttık.