Evrim, yalnızca türlerin zaman içinde değişmesini ifade eden bir süreç değil; aynı zamanda canlıların moleküler, hücresel ve yapısal bileşenlerinin de tarihsel olarak dönüşümünü kapsayan çok katmanlı bir biyolojik olgudur. Bu bağlamda enzimler ve hücresel organeller, bağımsız canlı varlıklar olmamalarına rağmen, canlıların evrimsel süreciyle doğrudan ilişkili olarak evrim geçirirler. Enzimlerin evrimi moleküler düzeyde gerçekleşirken, organellerin evrimi hücresel düzeyde ve özellikle ökaryotik hücrelerin ortaya çıkışıyla ilişkilidir.
Enzimler, biyokimyasal tepkimeleri katalizleyen protein ya da RNA yapılı moleküllerdir ve doğrudan genetik materyal tarafından kodlanırlar. Enzimlerin evrimi, onları kodlayan genlerde meydana gelen mutasyonlar, gen duplikasyonları ve rekombinasyon olayları sonucunda gerçekleşir. Bu genetik değişiklikler, enzimin amino asit dizisini etkileyerek üç boyutlu yapısında ve dolayısıyla katalitik etkinliğinde farklılıklara yol açabilir. Doğal seçilim, çevre koşullarına daha iyi uyum sağlayan enzim varyantlarının canlıda korunmasını sağlar. Böylece zaman içinde belirli bir enzimin daha verimli, daha özgül ya da tamamen yeni bir işlev kazanmış biçimleri ortaya çıkabilir. Bu süreç, “moleküler evrim” olarak adlandırılır ve evrimin en temel düzeylerinden biridir. Örneğin, antibiyotiklere direnç kazanan bakterilerde görülen enzim değişimleri, enzim evriminin günümüzde de devam ettiğini gösteren açık kanıtlardır.
Hücresel organellerin evrimi ise daha çok hücrelerin tarihsel gelişimiyle bağlantılıdır. Özellikle mitokondri ve kloroplast gibi çift zarlı organeller, evrimsel biyolojide önemli bir yere sahip olan endosimbiyoz teorisi ile açıklanır. Bu teoriye göre, bu organeller geçmişte bağımsız yaşayan prokaryotik organizmalar iken, daha büyük bir hücre tarafından yutulmuş ve karşılıklı faydaya dayalı bir ortak yaşam (simbiyoz) sonucu hücrenin kalıcı bir parçası haline gelmiştir. Mitokondri ve kloroplastların kendi DNA’larına, ribozomlarına sahip olmaları ve bölünerek çoğalmaları bu görüşü destekleyen güçlü kanıtlardır. Zaman içinde bu organellerin genlerinin büyük bir kısmı hücre çekirdeğine aktarılmış, böylece organeller hücreye bağımlı hale gelmiştir. Bu süreç, organellerin bağımsız evrim geçirmediğini; ancak hücreyle birlikte evrimsel değişim yaşadığını göstermektedir.
Diğer organeller (örneğin endoplazmik retikulum, Golgi aygıtı, lizozom) ise doğrudan endosimbiyotik kökenli değildir. Bu yapılar, hücre zarının evrimsel olarak içe doğru kıvrılması ve işlevsel uzmanlaşma sonucu ortaya çıkmıştır. Dolayısıyla organellerin evrimi, hem simbiyotik olayları hem de hücre içi yapısal farklılaşmayı içeren karmaşık bir süreci yansıtır.
Sonuç olarak, enzimler ve organeller evrim geçirir; ancak bu evrim, onları oluşturan canlı organizmanın evriminden bağımsız değildir. Enzimler genetik değişimler yoluyla moleküler düzeyde evrimleşirken, organeller hücrenin evrimiyle birlikte yapısal ve işlevsel dönüşümler geçirir. Bu durum, evrimin yalnızca türler arası değil, aynı zamanda hücre içi ve moleküler düzeyde de işleyen kapsamlı bir biyolojik süreç olduğunu ortaya koymaktadır