Bağışıklık sistemi, vücudun bütünlüğünü bozan veya vücuda giren yabancı (canlı veya cansız) herhangi bir cismi yakalayıp etkisiz hale getirmekte rol oynayan bir sistemdir.
Diyelim eliniz kesildi veya vücudunuza bir virüs girdi. Her halükarda derhal bölgeye kan, lenf veya dokular arası boşlukta dolaşan çeşitli farklı bağışıklık sistemi hücrelerinden bazıları toplanır.
Aslında amaç "olay mahalli"ni kordon altına almak ve yabancı cismi sabitlemektir.
Bunun en ilkel örnekleri sölenterlerde görülür. Basitçe vücutlarına delici bir cisim veya bir mikrop girdiğinde bu noktaya çeşitli enzimler içeren yoğun mukus dokusu dolar. Bu mukus hem deliği tıkayarak burdan giriş çıkışı önler hem de içeri yabancı canlı veya cansız bir cisim girmiş ise onu sarmalayıp paketleyerek ilerlemesini veya yayılmasını önler. Bu paketlenen cisim de enzimlerce eritilir, yok edilir.
Zamanla mikroplar hayatta kalmak için yeni stratejiler geliştirmiş, kompleks canlılar da çeşitlenen mikroplarla mücadele için daha spesifik bağışıklık hücreleri oluşturmuşlar.
Insanda virüs örneği üzerinden gidecek olursak:
Virüsler insanda virüsün çeşidine bağlı olarak ağız, burun, cinsel organlar, kan, göz gibi bir açıklıktan içeri girerler. Bu yollar üzerindeki bir hücreye bağlanır ve kendi genetik materyalini organizmanın hücre mekanizmalarını kullanarak çoğaltmaya başlar. Bununla birlikte derhal oraya bağışıklık hücreleri toplaşır. Bu bağışıklık hücrelerinden bazıları virüsü komple içine alır ve küçük parçalara ayırır veya organizmanın hücresi tarafından üretilen virüs parçalarını alır. Bu küçük parçaları da kendi vücudunun dışarısında doğru uzantılar şeklinde çıkartır. Bu uzantılara gelip başka bağışıklık hücreleri bağlanır ve yoklamaya başlar. Acaba bu bildikleri, daha önce gördükleri bir yabancının bir parçası mı, yoksa yeni birşey mi? Eğer repertuarlarında olan bir parça ise ve o bağlanan hücre bunu tanırsa ( burada adeta bir anahtar kilit ilişkisi vardır) bu anahtar kendini çoğaltmaya başlar (klonlama). Böylece doğru anahtardan çok sayıda üretilir ve vücuda yayılır, hatta belki kan ve lenf sisteminde daha önceden üretilmiş aynı anahtarlar dolaşıyordur. böylece vücut bu virüsü hareketsiz hale getirip, sabitler ve kurtulmuş olur.
Virüs daha önceden vücut tarafından tanınmıyorsa o zaman yeni yeni anahtarlar üretilmesi ve bunun tüm vücuda yayılması gerekecektir. Burada bağışıklık sistemi ve virüs yarışa girer ve işte bağışıklık sistemi sayıca üstünlüğü sağlayacak konuma gelene kadar tüm enerjisini buna yatırır ve bu zorlu bir hastalık sürecidir.
Bazen virüs çetin çıkar, onu yenicem diye uğraşan bağışıklık sistemi o kadar çok çalışır ve yeni hücre ve enzimleri bölgeye yollar ki (cytokine storm) bu bağışıklık hücreleri o dokuyu bozar ve kendine zarar verir ve İşler kontrolden çıkar.
Ama her halükarda bağışıklık sistemi derhal tepki verir. Hatta her türlü mikrop için ayrı özelleşmiş bağışıklık hücreleri (parazitler için eozinofiller; bakteriler için nötrofiller; virüsler için makrofajlar ve NKler vs) sürekli vücutta devriye gezer ve iş başındadırlar. Virüsü de yakalayıp lize eder yani eritir yok ederler.