Sorunuzda belirtildiği gibi atomlar gerçekleştirilemez, bunun nedeni yükleridir. Antiprotonun elektrik yükü -1 olacağı için etrafında elektronun atomdaki gibi orbital oluşturması mümkün değil. Pozitron ile proton da aynı sebepten ötürü atom oluşturamayacaktır.
Ama bu görmeye alışık olunan atomlardan farklı ve bir o kadar da ilginç atomların oluşturulamayacağı anlamına gelmez. Örneğin muonik atomlarda elektron yerine ağır ağabeyi muon bulunur. Muon daha büyük kütleli bir lepton olması nedeniyle çekirdeğe elektrona göre daha yakın orbitaller oluşturur.
Ayrıca farklılık sadece katmanlarda olacak diye bir kaide de yoktur. Atom çekirdeğinin faklı olduğu atom yapıları da vardır. Hypernucleus gibi çekirdek yapılarında alışık olduğumuz atomdaki proton ve nötronları oluşturan kuarklar olan up ve down kuarklardan farklı kuark çeşitleri de bulunabilmektedir, bu da proton ve nötrondan farklı baryonların çekirdekte var olmasını sağlar.
Bunun yanı sıra atom olarak kabul edilmese de parçacık antiparçacık etkileşimleinden oluşan oniumlar gibi sistemler de mevcuttur.
Bunların dışında atom benzeri özellikler gösteren hatta hareketinin tahmininde, atomlar için de çözülen küresel harmonik schrödinger denkleminin çözümü kullanılan parçacık-delik yapısı olan exciton gibi quasiparçacıklar vardır.