Bağırsaklar ve midede emilirler. Ama kendi içinde detaylı ayrılyorlar:
İnce bağırsak, sindirim sisteminin en uzun bölümüdür ve besinlerin sindirimi ve emilimi için özelleşmiş bir yapıya sahiptir. İç yüzeyi, villus adı verilen milyonlarca küçük, parmak benzeri çıkıntılarla kaplıdır. Bu villuslar, ince bağırsağın yüzey alanını büyük ölçüde artırarak besinlerin emilimini daha verimli hale getirir.
Duodenum (Onikiparmak bağırsağı): Mideyi terk eden besinler burada pankreas enzimleri ve safra ile karışır. Bazı besin maddeleri burada emilmeye başlar.
Jejunum (İnce bağırsağın orta kısmı): Karbonhidratlar, proteinler ve yağların büyük bir kısmı burada emilir.
İleum (İnce bağırsağın son kısmı): Vitaminler (özellikle B12 vitamini) ve safra tuzları gibi bazı özel maddeler burada emilir. Şu besinler ince bağırsakta emilir:
Karbonhidratlar: Basit şekerler (glikoz, fruktoz, galaktoz) halinde emilir.
Proteinler: Amino asitler halinde emilir.
Yağlar: Yağ asitleri ve gliserol halinde emilir.
Vitaminler: Çoğu vitamin ince bağırsakta emilir.
Mineraller: Demir, kalsiyum gibi mineraller ince bağırsakta emilir.
İnce bağırsakta emilemeyen besinler kalın bağırsağa geçer. Kalın bağırsakta su ve bazı elektrolitler emilir. Ayrıca, kalın bağırsaktaki bakteriler, bazı vitaminleri (K vitamini gibi) sentezler ve bunlar da emilebilir.
Kalın bağırsağın üst ve orta kısımları: Su ve bazı minerallerin emilimi gerçekleşir. Ayrıca, bağırsak florası tarafından fermente edilen liflerden kısa zincirli yağ asitleri emilebilir.
Midenin emilim kapasitesi sınırlıdır, ancak bazı maddeler (örneğin, su, alkol ve bazı ilaçlar) mide tarafından emilebilir.
Emilimin etkili olabilmesi İçin besinlerin uygun şekilde parçalanmış olması gerekir.
Ve bağırsak duvarının geniş yüzey alanına sahip olması gerekir.(kristaller ve villus adı verilen küçük çıkıntılar sayesinde).
Bir de bağırsak hareketlerinin düzenli olması, besinlerin yeterince temas etmesini sağlar.