Epifiz, omurgalıların beyninde yer alan mercimek tanesi büyüklüğünde bir bezdir. Uyku paternini ve mevsimsel fotoperiyotları düzenleyen melatonini salgılar. Diğer ismi pineal bezdir. Yani vücudun biyolojik saatidir. Üçüncü göz olarak da bilinen pineal bez, ışığa duyarlı bir şekilde gelişmiştir. Uzun uçak yolculuğunda biyolojik saatlerin düzeni bozulur, bundan dolayı yorgunluk, uykusuzluk gibi sorunlar ortaya çıkabilir. Gece vardiyaları, uykusuz kalma (Yeni doğan çocuk, işkence altındaki kişiler), kutup ve uzay yolculukları, ışık (Geceleri ışıkların kapatılmaması ya da yeterince karartılmaması), gece istirahatini ve uyku düzenini bozan eğitimler, gürültüler, yaşam tarzı vs. gibi olgular biyolojik saatimizin çalışmasına engel olan olaylardır. Ancak bazı ülkelerde geleneksel yaşam tarzının bir parçası olan gündüzleri az miktarda uyumanın biyolojik saati bozmadığı düşünülmektedir.
Biyolojik saatler, bir organizmanın doğuştan gelen zamanlama araçlarıdır. Sirkadiyen ritmi üretirler ve onların zamanlamalarını düzenlerler. Vücuttaki hücrelerde etkileşime giren spesifik moleküllerden (proteinler) oluşurlar. Biyolojik saatler hemen hemen her doku ve organda bulunur. Bilim insanları, insanlarda, meyve sineklerinde, farelerde, mantarlarda ve saatin bileşenlerini yapmaktan sorumlu diğer bazı organizmalarda benzer genleri tanımladılar.
Çevre hiçbir zaman sabit değildir, sürekli olarak değişir. En basitinden, Dünya'nın kendi etrafında dönmesinden dolayı düzenli olarak gündüz ve gece, Dünya'nın Güneş'in etrafında dönmesinden dolayı mevsimler, Ay'ın Dünya'nın etrafında dönmesinden dolayı gel-gitler meydana gelir. Bunlara çevresel ritmler denir. İşte bunlara adapte olabilmemiz için, vücudumuzun biyolojik bir saate ihtiyacı vardır. Bu, bizim kontrolümüz dışında çalışan biyolojik saatimizdir. Bu saatin evrimleşmesinin sebebi bazı hayati davranışların (beslenme, üreme, vb.) "doğru zamanda" yapılabilmesinin sağlanmasıdır. Örneğin siyanobakterilerde, fotosentez ve nitrojen bağlanması (fixation) aynı anda olabilmektedir. Ancak nitrojen, ortamda oksijen bol miktarda bulunurken bağlanamaz. Bu sebeple, biyolojik saatin evrimi sonucu, bu iki işlem birbirinden ayrılmıştır. Fotosentez gündüz yapılırken, gece nitrojen bağlanır. Buna zamansal ayrışım denir.
Ayrıca Biyolojik Saatler, çok önemli bir diğer olayın sağlanabilmesi için evrimleşmiştir: Av zamanları; bir grup canlı, gündüzleri aktifken, bir diğer grup geceleri aktiftir. Eğer bir av geceleri aktifse, o avın avcısının biyolojik saati, gece kalkmak üzere "kurulmuştur", böylece potansiyel yemeğini asla kaçırmaz. Aynı şekilde avlar da, mümkün olduğunca avcıların ortamda bulunmadığı zaman aktif olmaya çalışırlar. Elbette, meydana gelen zorunlu çakışmalar sonucu "avlanma" olayı gerçekleşir. Örneğin Türkiye'de bolca görebileceğiniz avurtlak ve kör fareler, kışın akşam 5-7 gibi ortaya çıkmaktadır. Bu saatlerde hava kararmaya başlar ve diurnal (gündüz avlanan) avcılar artık gündüzkü kadar iyi göremezler. Tabii bu defa da, nokturnal (gece avlanan) avcılar başa bela olmaktadır. İşte buna, doğal denge denir. Bir diğer evrimleşme sebebi ise organizmaların doğal ortama katılabilmeleri içindir. Örneğin uykudan uyanmadan önce, insan biyolojik saati kortizol hormonu salgılayarak metabolik hızı arttırırlar, böylece başlayacak gün için enerji ihtiyacı hissetmeyiz.
