Metabolik işbirliği, organizmaların birlikte çalışarak ortak bir hedefe ulaşmak için metabolik süreçlerini koordine etmesidir. Siyanobakterilerde bu tür işbirliği örnekleri bulunabilir. Örneğin, bazı siyanobakteri türleri atmosferden azotu bağlayabilme yeteneğine sahiptir ve bu şekilde diğer organizmalara da nitrojen sağlarlar.
Ancak çok hücreli organizmalar (örneğin bitkiler veya hayvanlar), siyanobakterilere kıyasla daha karmaşık bir yapıya ve farklı düzeylere sahiptir. İşte çok hücreli organizmaları siyanobakterilerden ayıran bazı önemli farklılıklar:
Hücre Diferansiyasyonu: Çok hücreli organizmalarda, genellikle benzer kökenlere sahip olan hücre grupları arasında belirgin farklılaşma meydana gelir. Bu sürece "hücresel diferansiyasyon" denir ve spesifik görevler üstlenebilen özelleşmiş doku ve organların oluşmasını sağlar.
Dokuların Oluşumu: Çok hücreli organizmalarda, farklı dokuların oluşumu söz konusudur. Örneğin bitkilerde epidermis (dış tabaka), mezofil (fotosentezin gerçekleştirildiği bölge) gibi dokular bulunurken, hayvanlarda sinir dokusu, kas dokusu gibi özelleşmiş dokular mevcuttur.
Organizasyon: Çok hücreli organizmalar genellikle organ sistemlerine sahiptir. Bu sistemler, farklı organların bir araya gelerek koordineli çalışmasını sağlar. Örneğin solunum sistemi, dolaşım sistemi veya sindirim sistemi gibi.
Hiyerarşi: Çok hücreli organizmalarda belirli bir hiyerarşi vardır. Özellikle karmaşık organizmalarda hücrelerden oluşan dokular, dokulardan oluşan organlar ve organlardan oluşan sistemler şeklinde yapılanma görülür.
Bu farklılıkların yanı sıra çok hücreli organizmalar daha fazla düzenlenmiş ve karmaşıktır; büyüme ve gelişme süreçleri daha ayrıntılıdır; üreme yöntemleri çeşitlidir ve genetik materyalleri daha karmaşıktır (DNA yapısı vb.). Tüm bu faktörler siyanobakteriler ile çok hücreli organizmalar arasındaki temel ayrım noktalarını oluştururlar.
