Moleküler yapı ile alakalı bir durum. DNA'da bulunan şeker "deoksiriboz" isimli 5 karbonlu bir molekül. Bir nükleotit şeker halkasındaki karbon atomları 1', 2', 3', 4' ve 5' olarak ifade edilmektedir. Nükleik asitlerin sentezlenmeleri sırasında büyüyen zincirin bir ucundaki şeker grubunun serbest bir 3' hidroksil (-OH) grubu vardır, öbür ucundaki şekerin ise serbest bir 5'-OH grubu vardır ve zincir oluşması esnasında bu uçlar asimetriktir (bu iki uca, sırasıyla 3' ve 5' uçları da denir). Nükleik asit sentezi anında DNA polimeraz enzimi bu iki şeker moleküllerinin 3'-OH grubuna bir fosfodiester bağı ile yeni bir nükleotit bağlar bu bağlama esnasında yön 5. atomdan 3'e doğru olduğu için 5'-3' şeklinde ifade edilir. Yani şeker molekülünün 5. karbon atomundaki fosfat ile başka bir nükleotidin 3' hidroksil grubu arasında bir fosfodiester bağı oluşabilmektedir ve bu sayede iki nükleotit ligasyona uğrayıp replikasyon ilerleyebilir. (Detaylı bilgi için DNA replikasyonu ve moleküler doğrultu konularına bakabilirsiniz)