- Mutasyonlar
Mutasyonlar, genellikle çeşitliliğin nihai kaynağıdır. Çünkü hiç yoktan, yepyeni bir varyasyonın, yani çeşitliliğin yaratılabilmesini mümkün kılan mekanizma mutasyonlardır. Üstelik bunu en aktif şekilde yapabilen de mutasyonlardır.
- Kromozom çaprazlanması (crossing-over)
Mayoz bölünmenin Profaz 1 evresinde, homolog kromozomlar birbirleriyle sinapsis adı verilen bir süreç ile bağlanırlar ve kromozomlar tamamen rastgele bir biçimde gen alışverişinde bulunurlar. İşte bu rastgele alışveriş, bir çocuğun, anne ve babanın birebir kopyası veya kusursuz bir karışımı olmamasının arkasında yatan ana nedendir. Bu sayede genler rastgele bir şekilde karışır ve farklı genler bir araya gelebilir. Böylece yepyeni gen kombinasyonları oluşur. Evrimin bu mekanizmasında genellikle yeni çeşitlilik yaratılmaz; ancak var olan çeşitlilik bir çorba gibi birbirine karıştırılmış olur. Bu, mutasyonlardan farklı olarak evrime karışıma-dayalı bir çeşitlilik yaratımı imkanı verir. Crossing-over sayesinde eşeyli üreyen canlılarda sürekli yeni gen kombinasyonları denenebilmiş olur.
- Mayoz bölünme
Mayoz bölünmenin Profaz 1 evresinde homolog kromozomlar sinapsis ile bağlanır ve crossing-over gerçekleşir. Mayoz ile üretilen sperm ve yumurta hücreleri, anne ve babanın kendi kromozomlarının birebir aynısına sahip değildir; bunu mümkün kılan crossing-overdır. Evrimsel süreçte eşeyler ve mayoz bölünme gibi biyolojik özellikler, daha basit yapılı mitoz bölünmeden, günümüzden 1.5 milyar yıl kadar önce evrimleşmiştir. Mayozun evrelerinin neden mitozdan birazcık daha karmaşık olsa da, arka arkaya meydana gelen 2 mitoz gibi olduğu, bunun sebebinin mayoz bölünmenin mitoz bölünmeden evrimleşmiş bir süreç olmasıdır.
- Sinapsis
Sinapsis, mayoz bölünmenin Profaz 1 evresinde homolog kromozomların birbirleriyle bağlandığı süreçtir; bu bağlanma sırasında kromozomlar rastgele gen alışverişinde bulunurlar.
- Transpozonlar (Sıçrayabilen Gen Elemanları)
Transpozonlar, ya da daha bilindik isimleriyle Sıçrayabilen Gen Elemanları, kromozomlarımız içerisinde bulunan ve bir noktadan diğerine rastgele sıçrayabilen gen parçalarıdır. İnsan genomunun yaklaşık %50 civarı bu şekilde transpozonlardan oluşur. Bu genler durmaksızın kromozomlarımızda hareket halindedirler ve hiçbir bölünme olmaksızın bireyin kendi hücreleri içerisinde çeşitliliğin yaratılmasını mümkün kılarlar. Türün stresli ve zorlu dönemlerden geçtiği zaman dilimlerinde daha da fazla aktivite gösterdikleri tespit edilmiştir; çünkü türün varlığını tehdit eden zorlu zamanlarda çeşitliliğin arttırılması avantajlıdır. Transpozonlar kromozomlarımızın sandığımız kadar oturmuş yapıda olmadığını ve rastgele sıçrayan gen elemanlarının varlığında bile faaliyetlerini koruyabildiğini gösterir.
- Yatay gen transferi
Yatay gen transferi, ebeveynlerden yavrulara dikey olarak aktarılan genlerin dışında, bir bireyin kendi neslinden olan başka bir bireye veya tamamen alakasız başka bir türe doğrudan gen aktarabilmesi olayıdır. Çoğunlukla virüsler yoluyla gerçekleşir: virüsler konak hücrenin genlerini yanlışlıkla kendi genomları ile birlikte kopyalayabilir ve daha sonra başka bir konağa bulaştıklarında o konakların genomuna önceki konağın genlerini de aktarabilirler. İşte bu, Evrim Ağacı'nın farklı dalları arasında doğrudan gen transferi anlamında 'yatay gen transferi' olarak bilinir.
- Viral enfeksiyonlar / Virüsler
Virüsler genellikle birden fazla türe bulaşabilen varlıklardır. Virüsler cansızdır; ancak canlılığın eşiğinde olan varlıklardır. Virüslerin genomu kendi başına işlevsizdir; ancak bir konak canlıya bulaştıklarında genlerini ona enjekte ederler ve o konağın kendi genlerini kullanarak virüslerin kopyalarını yaratabilirler. Bu süreç kusurludur: virüs bazen konak hücrenin genlerini de kopyalayarak yeni virüslerin genomlarına aktarabilir ve bu virüsler daha sonra başka bir konağa bulaşarak gen transferi yapabilirler.
- Göçler
Göçler, bildiğimiz anlamıyla bir coğrafi bölgeden diğerine hareket etmektir. Her coğrafi ortamın şartları birbirinden farklı olduğu için aynı türün farklı coğrafyalarda yaşayan popülasyonları yaşadıkları ortama uyum sağlayacak şekilde evrimleşir ve gen havuzları buna göre şekillenir. Belli bir ortam için avantajlı olan genler daha sık görülecek, diğer genler daha seyrek bulunacaktır. Bu bireyler diğer bölgelerdeki popülasyonlarla karıştıklarında kendilerine özgü gen havuzunu bu diğer popülasyonlara taşımış olurlar; böylece farklı bölgelerde ortaya çıkmış olan çeşitlilik karışır ve yepyeni gen kombinasyonları doğabilir. Türlerin doğal bir şekilde göç edebilmesi, çeşitliliğin karışması açısından çok önemlidir.
- Gen havuzu
Gen havuzu, bir popülasyonun sahip olduğu genetik çeşitliliğin tamamıdır; farklı coğrafyalarda yaşayan popülasyonlarda gen havuzları yaşadıkları ortama uyum sağlayacak şekilde şekillenir ve göçlerle bu gen havuzları diğer popülasyonlara taşınabilir.
- Genetik Sürüklenme
Genetik Sürüklenme, seçilimden bağımsız olarak, şans veya tesadüf diye tanımladığımız olasılıkların etkisi altında gerçekleşen değişimlere verilen addır. Doğada hiçbir sürecin kusursuz olmaması nedeniyle kimi zaman aşırı avantajlı bir birey sırf yanlış zamanda yanlış yerde bulunduğu için elenebilir; kimi zamansa hiç avantajlıymış gibi görünen özellikler şans eseri hayatta kalmayı sürdürebilir. Bu tip şans etkisinin dikkate değer bir değişim yaratabilmesi için popülasyonun küçük olması gerekir; küçük popülasyonlarda bireylerin başlarından geçenler ve şans ile şanssızlıkları popülasyonun evrimsel gidişatına doğrudan etki eder. Genetik Sürüklenme, özellikle yok olmanın eşiğinde olan veya küçük popülasyonlara bölünmüş türlerde aşırı önemli ve güçlü bir mekanizmadır.
- Sinyal gürültüsü
Sinyal gürültüsü, Genetik Sürüklenme'nin türün evriminde kendini gösterme biçimidir; yani değişimin kusursuz bir çizgi olarak ilerlemeyip oldukça inişli çıkışlı olmasına verilen addır. Bu iniş çıkışlara 'gürültü' denir ve buna neden olan mekanizma Genetik Sürüklenme'dir.
- Popülasyon
Popülasyon, aynı türün bir arada bulunan bireylerinden oluşan topluluktur; popülasyonun büyüklüğü Genetik Sürüklenme gibi şansa dayalı mekanizmaların evrimsel etkisini belirler (küçük popülasyonlarda şansın etkisi daha büyüktür).
- Olasılık matematiği
Bir şeyin şans veya tesadüf olması, onun determinist matematik yerine olasılık matematiği ile incelenmesi gerektiğini gösterir. Olasılık matematiği modern bilimin en güçlü ve önemli sahalarından birisidir ve evrimin daha olasılıkçı tarafları da deneysel olarak defalarca ispatlanmıştır ve son derece güvenilirdir.
- Çeşitliliğin seçilimi
Türlerin popülasyonları içinde bulunan çeşitlilik, çevreyle farklı biçimlerde etkileşecek; kimisi daha başarılı olacak kimisi daha başarısız. Buna bağlı olarak bazı bireyler daha kolay hayatta kalıp üreyecek, bazıları ise kolayca ölerek elenecektir. Belli başlı bireyleri avantajlı kılan özellikler ve o özelliklere neden olan genler üreme yoluyla gelecek nesillere daha çok aktarılacak ve bu genlerin popülasyon içindeki görülme sıklığı artacaktır. Bu süreç, çeşitliliğin seçilimi olarak evrimsel değişimler yaratır.