Filogeniler, biyolojinin birçok alanında esastır ve evrimsel biyoloji, ekoloji, koruma, parazitoloji ve tıp alanlarında yaygın olarak kullanılmaktadır.[1][2][3][4][5][6][7] Fakat doğru bir filogeni üretmenin en iyi yolu nedir? Moleküler dizilemenin ortaya çıkmasından önce, morfoloji, mevcut taksonlarda filogenetik çıkarım için tek veri kaynağıydı.[8] Ancak 1990'lardan bu yana, denge, önemli ölçüde filogenomik veriler lehine değişti.[9][10]
Homoplazi ve yakınsak evrim çalışmaları, morfolojik benzerliğin bazen evrimsel ilişkiler için yetersiz bir rehber olabileceğini göstermektedir.[11] Bazı araştırmacılar, moleküllerin filogenetik çıkarımda değişmez bir şekilde önceliğe sahip olması gerektiğini savunsa da, eklembacaklıların, sürüngenlerin ve kuşların büyük ölçekli filogenilerinde gösterildiği gibi, morfolojik ve moleküler veriler genellikle karşılıklı olarak aydınlatıcıdır.[12][13][14] Her iki veri türünün de güçlü yanları olduğunu kabul eden bu dengeli yaklaşım, artık sistematik biliminde yaygın olarak kullanılmaktadır.[15][16]