Videonun ötesi
Bu ders, filogenetik ağaçları kurmak için gerekli temel kavramları, homoloji-homoplazi ayrımını, karakter tiplerini ve fenetik/kladistik analiz yöntemlerini açıklar. Ders ayrıca doğa yasalarının tekrar eden etkileriyle kaostan düzen üretebilmesini evrimsel biyoloji bağlamında tartışır ve örnek bir karakter matriksi üzerinden ilk filogenetik ağaç kurulumunu gösterir.
Canlıların evrimsel geçmişini ve birbirleriyle olan akrabalık ilişkilerini inceleyen yaklaşımdır.
Türler veya gruplar arasındaki evrimsel akrabalık ilişkilerini dallanan bir şema olarak gösteren modeldir.
Canlıların ortak atalardan dallanarak çeşitlenmesini gösteren filogenetik gösterimdir.
Ortak bir atadan kalıtım yoluyla torun türlere geçen karakter benzerliğidir.
Ortak atadan gelmeyen, bağımsız olarak evrimleşmiş benzer karakter durumudur.
Akrabalığı uzak canlılarda benzer çevresel veya işlevsel baskılar nedeniyle benzer karakterlerin bağımsız evrimleşmesidir.
Yakın akraba soy hatlarında benzer karakterlerin benzer evrimsel basamaklarla bağımsız olarak ortaya çıkmasıdır.
Bir soy hattında daha önce yitirilmiş veya değişmiş atasal bir karakter durumuna benzer bir özelliğin yeniden evrimleşmesidir.
Torun bireyde atasal bir karakterin yeniden ortaya çıkmasıdır.
Canlıların çevre koşullarına uyum sağlayan kalıtsal özellikler kazanmasıdır.
Avantaj sağlayan kalıtsal varyasyonların popülasyonda daha sık hale gelmesine yol açan evrimsel mekanizmadır.
Üreme başarısını etkileyen özelliklerin seçilmesiyle işleyen evrimsel süreçtir.
Popülasyonlardaki alel frekanslarının seçilimden bağımsız rastlantısal değişimidir.
Genetik materyalde meydana gelen ve çeşitlilik üreten değişimdir.
Bir popülasyondaki bireyler arasında gözlenen kalıtsal veya fenotipik farklılıklardır.
DNA veya RNA'nın adenin, timin, urasil, sitozin ve guanin gibi bazları içeren temel yapı taşıdır.
DNA ve RNA'da bulunan temel nükleotit bazlarından biridir.
DNA'da bulunan temel nükleotit bazlarından biridir.
RNA'da timinin yerini alan temel nükleotit bazıdır.
DNA ve RNA'da bulunan temel nükleotit bazlarından biridir.
DNA ve RNA'da bulunan temel nükleotit bazlarından biridir.
Proteinleri oluşturan organik yapı taşlarıdır.
Amino asitlerin farklı dizilimlerle birleşmesiyle oluşan biyolojik moleküldür.
Basit moleküllerden daha karmaşık biyolojik moleküllerin oluşmasına yönelik süreçtir.
Moleküllerin ve genetik dizilerin zaman içinde değişimini inceleyen evrimsel süreçtir.
İşlevini yitirmiş veya protein kodlama yeteneğini kaybetmiş gen benzeri DNA dizisidir.
RNA aracılı ters transkripsiyon ve yeniden genoma eklenme süreçleriyle oluşmuş işlevsiz gen kopyasıdır.
Genin protein kodlayan veya olgun RNA'da kalan bölümüdür.
Genin RNA işlenmesi sırasında çıkarılan kodlamayan bölümüdür.
DNA bilgisinden RNA molekülü üretilmesi sürecidir.
RNA bilgisinden DNA kopyası üretilmesi sürecidir.
DNA'daki genetik bilginin protein sentezine taşınmasını sağlayan RNA türüdür.
Bir RNA öncülünden farklı ekzon kombinasyonlarıyla farklı olgun RNA'ların üretilmesidir.
Olgun mesajcı RNA'nın sonuna eklenen adenin dizisidir.
Bir genin kopya sayısının artmasıdır.
Mutasyonların yaklaşık sabit hızla birikmesine dayanarak ayrılma zamanlarını tahmin eden yaklaşımdır.
Canlıların doğal ortamlarında incelenerek evrimsel değişimlerinin gözlenmesidir.
Atasal işlevini tamamen veya büyük ölçüde yitirmiş anatomik yapıdır.
Bir türün tüm bireylerinin ortadan kalkmasıdır.
Bir bölgede bulunan fosillerle aynı bölgede yaşayan yerel türler arasında evrimsel benzerlikler görülmesi fikridir.
Evrimsel olarak iki grup arasında ara özellikler taşıyan fosil veya canlı türdür.
Canlıları evrimsel ilişkilerine göre hiyerarşik biçimde düzenleyen biyoloji alanıdır.
Canlıları adlandırma, tanımlama ve sınıflandırma bilimidir.
Sınıflandırmada kullanılan herhangi bir biyolojik birimdir.
Filogenetik ağaçta dalların güncel veya son temsilcileri gösterdiği bitiş noktasıdır.
Filogenetik ağaçta dalların birleştiği veya ayrıldığı bağlantı noktasıdır.
Filogenetik ağaçta bir soy hattını veya evrimsel bağlantıyı gösteren çizgidir.
Ortak bir atadan gelen evrimsel devam çizgisidir.
Filogenetik ağaçta incelenen grupların ortak atasını veya başlangıç noktasını gösterir.
En yakın ortak atayı paylaşan birbirine çok yakın iki türdür.
Bir filogenetik ağaçta dallanma sırasının çözülemediği çok dallı bağlantı durumudur.
Bir karakterin ortak atada bulunan eski durumudur.
Bir soy hattında sonradan evrimleşmiş karakter durumudur.
Atadan gelen karakter durumudur.
Sonradan kazanılmış karakter durumudur.
Birden fazla grupta ortak olarak paylaşılan atasal karakterdir.
Tek bir taksona özgü kazanılmış karakterdir.
Birden fazla taksonda ortak olarak paylaşılan kazanılmış karakterdir.
İncelenen gruba yakın ama ondan yeterince farklı seçilen karşılaştırma grubudur.
Türlerde belirli karakterlerin varlık, yokluk veya durumlarını gösteren tablodur.
Tüm paylaşılan fenotipik benzerliklere göre canlıları gruplandıran yaklaşımdır.
Özellikle sinapomorfilere dayanarak evrimsel akrabalık ilişkilerini kuran analiz yöntemidir.
Tür çiftleri arasındaki ortak karakter sayısını gösteren tablodur.
En az sayıda evrimsel değişim varsayan ağacın daha olası kabul edilmesi ilkesidir.
Verileri açıklama olasılığı en yüksek olan modeli veya ağacı seçmeye dayalı yaklaşımdır.
Filogenetik dallanmaların güvenilirliğini test etmek için kullanılan istatistiksel yeniden örnekleme yaklaşımıdır.
Ortak ata veya zaman yönü açıkça gösterilmeyen filogenetik ağaçtır.
DNA parçalarını çoğaltmak için kullanılan moleküler biyoloji yöntemidir.
DNA veya protein parçalarını büyüklük ve yüklerine göre ayıran laboratuvar yöntemidir.
Farklı ölçeklerde benzer örüntülerin tekrar ettiği geometrik yapıdır.
Devamlılık yasasını keşfetmesi ve fosillerle yerel türler arasındaki benzerlikler bağlamında anıldı.
Darwin'in yakın dostu ve evrim karşıtı olarak, ayrıca Londra Doğa Tarihi Müzesi'nin kurucusu ve Diprotodon-vombat benzerliklerini doğrulayan kişi olarak anıldı.
Ara geçiş örneklerinin çokluğu anlatılırken kullandığı 'ibadullah' ifadesine gönderme yapıldı.
Hayali canlı örneğinde dış grup seçimi tartışılırken dördüncü canlıyı seçme önerisiyle anıldı.
Söz takipçisi
Sonra en son kısmı genellikle eee çabuk geçilmesi gerekiyor mecburen. Hani dersin sonlarına doğru olduğu için. O yüzden bir sonraki slaytta son dersin son kısmı tekrardan ele alınıyor. Siz de bunu göreceksiniz ilerleyen kısımlarda.
Ki bu bize moleküler saati veriyor zaten. Bunlara tekrar eee geleceğiz.
İşte bootstra analisis falan deniyor onlara. Bunlara sonra gireriz belki.
Yok. E bir sonraki derste birazcık daha detaylarına gireceğiz. Bunun tekrar üzerinden geçeceğiz. O zamana kadar vakit bulabilirseniz sadece bu son ağaç kısmına tekrar bir bakmanızı rica ediyorum. Kendiniz o parsimoni ilkesini bir test edin. Gerçekten bir tanesinde 10 değişim diğerinde 9 değişimini elde edebiliyor musunuz? Ve o karakter matrikslerini oluşturabiliyor musunuz? Sonrasında ben size zaten test edebileceğiniz bir örnek vereceğim dediğim gibi ve sonra sizden yapmanızı isteyeceğim onu.
Eee hemen fark edebileceğiniz gibi şimdiden uyarayım. Söyle daha önceden de söylediğim gibi eee eee size bir örnek vereceğim. Tukanlarla ilgili mesela onu yapmanızı isteyeceğim.
Eee dolayısıyla kod bakımından bir fazlalık var diyebiliriz. abundancy diye geçiyor. Görürsünüz bunları genel biyoloji dersinde zaten.
Daha sonra, dersin sonlarına doğru, bu bildiklerimizden yola çıkarak ilk filogeni ağacımızı (Evrim Ağacı'mızı) inşa edeceğiz. Bu derste tam olarak nasıl olduğunu anlamayabilirsiniz, ilk defa karşılaşacağınız için. Ancak bir sonraki dersimizde, sadece bu konuyu ele alarak bilgilerimizi derinleştireceğiz.
Eee bu sunuma başlamadan önce eee konuşmuştuk işte eee ben size ilerleyen kısımda eee muhtemelen bir sonraki dersten sonra eee bu filogenetik analizi, evrimsel analizi kendi başınıza yapabilmeniz için bir örnek vereceğim. ödev gibi düşünebilirsiniz. Bir nevi üzerine çalışma için pratik ve eee kuşların eee bir kuş grubunun tukanların eee evrimsel analizini yapmanızı isteyeceğim.
Sağ taraftaki koldaya bir karakter değişimi gözleniyor. Bunun ne olduğunu dersin ilerleyen kısmında göreceğiz az sonra.
Bunları göreceğiz tekrar ilerleyen kısımlarda ve bu süreçte tekrar memeliler deniz ortamına tekrardan adapte oluyorlar.
Sadece benzerliklerin hepsini değil en fazla bilgi verenlerini ki bunlara sinopomorfi diyoruz. Az sonra geleceğim buna da.
OpenAI, Navier-Stokes Milenyum Problemi'ni Çözdü mü, Çaldı mı?
Özel Görelilik Ne Ayak?
Muhalefet Partileri Neden Kazan(a)mıyor?
Diğer Hayvanların da Evcil Hayvanı Olabilir mi?
Zaman Hakkında Ne Biliyoruz?
Yapay Zekada Durum Ne?