İçerikler - Sayfa 670

4 senelik doktora programımda, son derece görülmeye değer olan bir İsveç fiyortundaki deniz araştırma istasyonunu birçok kez ziyaret ettim. Neden birçok kez diye sorarsanız, burada küçük, çamura gömülmüş turuncu-kahverengi bir solucan türü yaşıyordu.

Bu sıkıcı gibi gözüken solucan araştırmam, arkadaşlarım tarafından alay konusu olmuştu; çünkü "solucan" deyince akıllarına ilk gelen şey, normal, şişman, pembemsi renkli solucanlardı. Bundan dolayı neden bahçedeki toprağı eşeleyerek elde edebileceğim bir hayvan için İsveç fiyortlarının donmuş çamurlarında gezdiğim merak konusuydu.

Havaya tatlı kokular saçan tropikal bir ormanda yürüdüğünüzü hayal edin. Her bir çiçeğin aroması güçü, burnunuzu adeta zevk ile doldurup taşırıyor. Patikanın biraz aşağısına ulaştığınızda, birden çürümüş etten geliyormuşçasına iğrenç bir koku alıyorsunuz. Koku o kadar iğrenç ki, nefesinizi tutmanız gerekiyor. Bu, ancak ölmüş ve günlerdir çürüyen bir leşe ait olmalı! Kokunun kaynağına gidiyorsunuz ve bir de ne göresiniz? Koku, bir diğer bitkiden geliyor ve tamamen doğal bir koku (bu şekilde kokan bitkilere leş çiçeği ya da ceset çiçeği deniyor)! Bu nasıl olur? Daha önemlisi, çiçekler neden herhangi bir şey gibi kokar?

Aslında çiçek kokusu, insanları ya da diğer hayvanları "mutlu etmek" veya onlara "hizmet etmek" amacıyla üretilen bir koku değildir; tam tersine, insan da dahil olmak üzere bütün hayvanları manipüle etmeye yarayan, onları bitkilerin kendi amaçları için kullanmalarına yardımcı olan, çok önemli bir üreme stratejisidir. Hayvanların koku reseptörlerine uyacak kimyasalları üretip havaya saçmak (yani "kokular üretmek"), bu hayvanları kokunun kaynağı olan çiçeklere çeker ve o çiçeklere dokunmaları halinde bitkiler, spermlerini veya tohumlarını onların üzerine bırakabilirler. Böylece hayvanlar, çiçekten çiçeğe gezerken bu spermleri veya tohumları, dişi çiçeklerin üreme organlarına veya toprağa (özellikle de daha uzaklardaki topraklara) ulaştırabilirler. Gelin buna biraz daha yakından bakalım.

Yapay zeka alanı; araba sürebilen, kimyasal bileşik sentezleyebilen, proteinleri katlayabilen, insanüstü seviyede yüksek enerjili parçacıkları tespit edebilen bilgisayarlar yarattı.^[1][2][3][4] Ancak bu yapay zeka algoritmaları, verdikleri kararların ardındaki düşünce sürecini açıklayamıyor. Protein katlamada ustalaşmış ve aynı zamanda araştırmacılara biyoloji, kimya ve biyokimya yasaları hakkında daha fazla bilgiler verebilecek bir bilgisayar; hiçbir açıklama yapmaksızın, sadece protein katlama işlemini yapan bir bilgisayara göre çok daha kullanışlıdır.

Ne yazık ki henüz, bu tür bir yapay zeka geliştirebilmiş değiliz. Bu nedenle yapay zeka araştırmacıları, insanların onları anlayabileceği şekilde kendilerini açıklayabilen yapay zeka algoritmaları geliştirmeye çabalarını yönlendirdi. Eğer bunu başarabilirlerse, yapay zeka, dünya hakkında daha önce keşfedilmemiş gerçekleri insanlara öğretebilir ve inovasyonlara öncülük edebilir. Sanıyoruz "yapay zeka" dediğimizde umduğumuz şey, birazcık da bu, öyle değil mi? Peki buna ne kadar yakınız?

Vücudumuzdaki hemen her şey, protein yapılıdır. Proteinler hem yapısal olarak, hem de hücre içi fonksiyonlara katılarak bizi "biz" yapan yapı taşlarıdır. Her protein, çok sayıda aminoasidin bir araya gelmesiyle oluşur. Yani bizlerin yapı taşları olan proteinlerin yapı taşları aminoasitlerdir. Bu aminoasitlerin bir kısmı vücudumuzda sentezlenir; diğer bir kısmı ise dışarıdan, beslenme yoluyla alınmak zorundadır.

Vücudumuzda üretilebilen aminoasitlerin her biri, 3 adet nükleotit koduyla kodlanır. Bu üçlü kodlara kodon adı verilir. Yani genlerimizdeki nükleotit dizilerine bakarak, hangi aminoasitlerin hangi sırayla üretileceğini görebiliriz.

Proteinler, canlı organizmaların kas, saç, kolajen gibi vücut dokularında yapısal olarak yer alan; buna ek olarak enzim ve antikor örneklerinde olduğu gibi fonksiyonel olarak da görev alan; aminoasit adı verilen yapıtaşlarının bir veya birden fazla zincir oluşturacak şekilde bir araya gelmesiyle oluşan; karbon, hidrojen ve oksijene ek olarak her zaman azot ve kimi zaman sülfür içeren, canlıların var oluşu ve sağlığı için vazgeçilmez öneme sahip, büyük biyomoleküllerdir (makromoleküllerdir). Biz insanlar, proteinlerimizi vücudumuzda üretir veya dışarıdan beslenme yoluyla alırız; benzer şekilde, vücudumuzdaki aminoasitlerin bir kısmını kendimiz üretebilirken, diğerlerini dışarıdan, o aminoasitleri üretebilen canlıları yiyerek almamız gerekir.

Bu teknik tanımı birazcık daha sadeleştirecek olursak: Proteinler, genellikle kas dokusu ile ilişkilendirilir; ancak canlılığı oluşturan bütün doku ve organların yapısında proteinler görev alır. Proteinler, aminoasit denen daha ufak moleküllerin uç uca, üst üste, yan yana peptit bağı adı verilen bir bağ türüyle bağlanması sonucu oluşan bir molekül kompleksidir. Peptit bağı, aminoasitlerin su kaybetmesi (dehidrasyonu) ile oluşan, kovalent yapılı bir bağdır. Aminoasitleri, farklı renklerde boncuklar olarak düşünecek olursanız, proteinler de bu boncukların bir araya gelmesinden oluşan kolyeler gibidir. Her boncuk; karbon, oksijen, hidrojen, azot ve bazen kükürt atomları içeren aminoasidi temsil eder. Yani bir protein, esasen bu küçük tekil aminoasitlerden oluşan bir dizedir.