Siyanobakterilerin evrimi, dünyayı anoksik koşullardan oksik koşulların dönüşümünü sağlayan en kritik dönem olarak bilinir. Bu canlılar, fotosentetik yetenekleri ile dünya yüzeyinin biyofizikokimyasal parametrelerini değiştirip ökaryotların "patlamasına" yol açtığı bilgisi paleontolojik ve jeolojik çalışmalarla desteklenmektedir.
Algler ve siyanobakteriler uzunca bir dönem eski sistematik içerisinde aynı grupta incelendiler ve bir dönem bu canlıların neredeyse hepsi "bitki" olarak kabul edildi. Ancak günümüzde siyanobakteriler ve algler farklı alemlerde incelenmelerinin yanı sıra "Üç Alan sistematiği"nde de farklı konumlarda yerlerini aldılar. Bu sistematik değişimlerin en temel sebebi, organizmaların akrabalık ilişkilerinin artık kantitatif olarak saptanabilmesi ve biyoinformatik ve omics teknolojilerinin gelişmesiyle de günümüzde organizmaların yaşam soylarını elde edebilmenin mümkün hale gelmesidir.