''Evrimsel süreçte her basamak bir öncekinden daha avantajlı olmak zorunda mıdır? Sadece son basamağın avantajlı olduğu bir özellik evrimleşebilir mi?''
Soruyu tam olarak anladığımdan emin değilim. Basamakları bugünden bakarak düşünüyoruz, kuruyoruz ve anlatım kolaylığı açısından kullanıyoruz. O an veya nesil için canlıda basamaklar yok. Avantajlı ve dezavantajlı genler var. Neyin avantaj veya dezavantaj olduğunu da üreyebilmek belirliyor. Her genetik özelliğin üreme ihtimaline pozitif veya nötr katkı yapması gerekiyor. Negatif etkisi olursa uzun vadede popülasyan içinde yok olacağı(ya da epey azalacağı) öngörülür. Üreme ihtimalini etkileyen faktörler değişir. Bazen tür içi rekabet adına birey için avantajlı özellik tür için dezavantaj yaratabilir(örneğin ağaçların uzama yönünde evrimleşerek birbirlerini gölgelemeleri). Dezavantaj yaratan bir özellik, daha büyük bir dezavantajdan dolayı avantajlı olabilir(orak hücre anemisi, fillerde dişsizlik vs.). Bazen hemen hemen bir faydası olmayan özellikler daha sonra önemli bir fayda getirebiliyor(mesela Türkiye'de A rh+ kan grubuna sahip olmak). Yapay seçilim işin içine girince işler daha da ilginçleşir. Aslında çok zararlı özelikler insanların işine yaraması veyahut hoşlanmasından dolayı hayvanın üremesini kolaylaştırabilir(taklacı güvercinler, ipek böcekleri vs.).
Basamaklar şeklindeki tasvirler, anlatımı kolaylaştırsa da evrimsel süreci tasavvur etmeye çalışırken yanlış bir yöntemdir. Bir türün içindeki tüm soy hatları aynı macerayı yaşamazlar. Tür içindeki evrim süreci bilinçli ve tek yönlü değildir. Bir çok kez popülasyonlara ayrılıp birleşebilirler(neandertaller ve homo sapienler gibi). Farklı soy hatları oluşabilir. Farklı noktalarda soyları kuruyabilir. Bu soy hatları arasında bazen ufak tefek, bazen daha yoğun karışmalar olabilir. Tek yönde bir gelişim şeklinde ilerlemeyebilir(mesela balinaların ataları sudan çıkıp karaya sonra tekrar suda yaşama adapte olmuştur). Sitenin ismi gibi, evrimi bazen yakın dalların yeniden kaynaşabildiği bir birlerini aşılayabildikleri bir ağaç gibi düşünmek daha doğru.