Y kromozomunun da milyonlarca yıl önce X kromozomundan türediği düşünülüyor. Yani zaten köken olarak bir X kromozomu. Ama milyonlarca yıl içinde Y kromozomu %97 oranında değişirken X kromozomu %2'lik bir değişim göstermiş.
Linkteki Evrim Ağacı makalesinde konuyla ilgili bilgi bulabilirsiniz.