Kök hücrelerin kullanımına ilişkin olarak bazı teknik ve etik sorunlar bulunmaktadır. Bunlar arasında kök hücrelerin yeterli bir şekilde kontrol edilememesi, hücrelerin doğru şekilde yapılandırılmasına yardımcı olamamış veya istenmeyen sonuçlar ortaya çıkması gibi etik sorunlar bulunmaktadır. Bunun yanı sıra, kök hücre terapisi gibi teknik sorunlar da bulunmaktadır. Kök hücre terapisi gibi tedavilerin verimli bir şekilde uygulanması için çok fazla araştırma ve geliştirme gerekmektedir. Bu sorunların çözümü, bu tedavilerin daha verimli bir şekilde uygulanmasını ve daha fazla hastalığa karşı kullanılmasını mümkün kılabilir.
