Genelde matematiksel animasyonlar için bu kullanılıyor, ama Evrim Ağacı büyük ihtimal bununla birlikte başka araçlar da kullanıyordur.
https://github.com/3b1b/manim
Eğer daha basit matematiksel test ve görselleştirme arıyorsan geogebra da iyi bir araç.
https://www.geogebra.org
Simulasyon konusu daha geniş bir konu. Karmaşık simulasyonlar yapmak için sıfırdan yeni yazılımlar üretilmiş olabilir. Bu simulasyonların veri çıktılarını görselleştirmek için birçok yazılım kullanılabilir. Mesela türkiye iklim değişikliğinin, bir bitki türüne etkilerini öngören bir simulasyon hazırladın. Bunu Blender ve python ile okuyup 3D olarak göselleştirebilirsin.
/profile/fea25fe4-599f-476e-94e3-8e18d25a310b.png){kind=small}
/profile/d7f8ddb7-89b9-4b85-b1bc-1b0e1cd3186a.jpeg){kind=small}