Atomlar yok edilemezler, ancak parçalanabilirler. Atomların parçalanması, içerisindeki protonlar ve nötronlar arasındaki bağları koparmayı içeren bir işlemdir. Bu işlem genellikle nükleer reaksiyonlar sırasında gerçekleşir ve büyük miktarda enerji liberasyonu ile sonuçlanır. Ayrıca, elektronların atomdan ayrılması sonucu oluşan pozitif ve negatif parçacıklar arasındaki çekişme de atoma zarar verebilir.

Madde ve antimadde parçacıkları bir araya geldiği zaman birbirlerini yok eder ve E=mc2 formülüne göre enerjiye dönüşür. Bu sürecin tersi de mümkündür. Yani yeterli miktarda enerjiden madde-antimadde çifti oluşabilir.

Normal parçacıkların normal maddeyi oluşturmasına benzer biçimde antiparçacıklar bir araya gelerek antimaddeyi oluşturur. Örneğin bir antiprotonun ve bir pozitronun bir araya gelmesiyle normal hidrojenin antimaddesi olan antihidrojen oluşur. Kuramsal olarak bütün diğer antimadde atomlarının da oluşmasının önünde bir engel yoktur. Ancak helyumdan daha büyük antimadde atomları bugüne kadar ne laboratuvar ortamında üretilebilmiş ne de evrende gözlemlenebilmiştir.^[1]

1. Nükleer Fisyon (Bölünme)

Ağır atom çekirdekleri (örneğin uranyum-235 veya plütonyum-239), nötronlarla çarpıştırıldığında parçalanır.

Çekirdek, daha küçük çekirdekler ve nötronlara ayrılır, büyük miktarda enerji açığa çıkar.

Atomun kimyasal yapısı yok olur, ama atom altı parçacıklar hâlâ vardır.

2. Nükleer Füzyon (Birleşme)

Hafif atom çekirdekleri (örneğin hidrojen izotopları) yüksek sıcaklık ve basınç altında birleşir.

Ortaya daha ağır bir çekirdek ve büyük enerji çıkar.

Atomlar başka bir element hâline gelir; eski atomlar artık yok olmuş sayılır, ancak parçacıkları ve enerji korunur.

3. Atom Altı Parçacıklara Ayırma

Atomları yüksek enerjili çarpıştırıcılarla proton, nötron ve elektronlarına kadar ayırmak mümkün.

Bu durumda atom artık kendi hâlindeki kimyasal özelliklerini kaybeder.