Genomu Dizilenen Tür Sayısı Katlanarak Artıyor!

Queensland Üniversitesi Kimya ve Moleküler Biyobilimler Fakültesi ARC’de araştırma yapan Profesör Gene Tyson, araştırmacıların çevresel örneklerden (doğal ortamlardan alınan örneklerden) 7280 bakteri ve 623 arkebakteri genomu (mikroorganizmadaki genetik materyal) elde ettiğini söyledi.

Bu, şu anda genom depolarında bulunan 80.000 genomun neredeyse yüzde 10 oranında artması anlamına geliyor. Avustralya Genetik Ekolojisi Merkezi (Australian Centre for Ecogenomics - ACE) direktör yardımcısı Profesör Tyson şöyle diyor:

Bu genomların gerçek önemi, birçoğunun evrimsel olarak daha önce bulunmuş genomlardan farklı olmasıdır. Bakteri ve arkebakteri genomlarının evrimsel çeşitliliğini yüzde 30'un üzerinde artırdılar, ayrıca 17 bakteri ve 3 arkebakteri şubesinin (phylum) ilk temsilcisi oldular.

Profesör Tyson, hala keşfedilecek çok miktarda mikrobik çeşitlilik olduğunu ve mikroskop altında görülen mikropların çoğunluğunun laboratuvar koşulları altında çoğaltılmasının mümkün olmadığını söyledi. Profesör Tyson’a göre:

Yavaş büyümeleri, aşırı dikkat gerektiren büyüme gereksinimleri ve diğer türlerle çapraz yemlenme (cross-feeding) ihtiyacı gibi zorlu faktörlerden dolayı yüzde birden az kültür üretilebilir.

Bununla birlikte, dizileme teknolojisi ve bilgisayar tekniklerindeki son gelişmeler, mikrobik genomların çevresel örneklerden doğrudan elde edilmesine olanak sağlamış, böylece laboratuvar üretimine ihtiyaç kalmamıştır. Profesör Tyson şöyle devam ediyor:

Ortaya çıkarılan yaklaşık 8000 genom bizi mikrobik dünyanın kapsamlı bir genomik temsiline yaklaştırıyor, ancak daha keşfedilecek birçok tür olduğunu da gösteriyor.

ACE araştırmacısı Dr. Donovan Parks, filogenetik ve metabolik hayatın engin çeşitliliğini keşfetmede önemli adımlar atmak için bilimin gerekli araçlara artık sahip olduğunu söylüyor. Dr. Donovan sözlerine şöyle devam ediyor:

Herkese açık diğer depolarda bulunan çevresel örneklerin işlenmesiyle hayat ağacına on binlerce mikrobik genom ekleneceğini tahmin ediyoruz. Bu araştırmanın tamamlanması sırasında, değişik çevrelerden alınmış ve evrimsel olarak farklı yüzlerce genoma sahip olan çok sayıda çalışma bildirildi. Çevresel örneklerden genom elde etme araçları sürekli olarak gelişiyor ve bu çalışmada ele alınan örneklerin yeniden işlenmesiyle şimdikilere ek genomların bulunacağını umuyoruz. Mikrobik çeşitliliğe ait kapsamlı bir genomik depo oluşturulması, mikroorganizmaların kritik biyojeokimyasal ve endüstriyel süreçlerdeki rolü ile ilgili anlayışımızı geliştirmenin temelini oluşturmaktadır.

ACE araştırmacılarından direktör Prof. Phil Hugenholtz, Dr. Christian Rinke, Dr. Maria Chuvochina, Pierre-Alain Chaumeil, Dr. Ben Woodcroft ve Dr. Paul Evans'ın da yer aldığı bu araştırma Nature Microbiology'de yayınlandı.