Birbirine bağlı, aynı anda olması gereken (kan pompalayan kalp, temizleyen böbrek, oksijen yerleştiren akciğer) organlar evrim ile nasıl açıklanır?

İndirgenemez karmaşıklık olsa bile bu evrimi çürütmez. Bunun "Kafayı kopart yaşayamıyor, demek ki evrimleşemez." demekten farkı yok. "Çat kafa geldi, çat kol geldi." demek kadar saçma. Organizma bir bütün, bu organizmanın atasal kökenleri çok karmaşık bir filogenetik ağacı oluşturuyor. Bu ağacın herhangi bir dalını takip ederseniz hiçbir organ, sistem birbirinden bağımsız olarak çat diye oluşmadı. Evrimde zaten böyle bir şey yok.

---

Evet, evrimsel süreçlerle her türlü biyolojik karmaşıklığın evrimleşmesi mümkündür.

İndirgenemez karmaşıklık, "tek bir parçası çıkarıldığında işlevini yitiren bir sistem" ya da "yarım olduğu zaman işlevsiz olacak olan sistem" olarak tanımlanıyorsa; bu onun sadece, işlevinde herhangi bir değişiklik olmaksızın parçalarının teker teker eklenmesiyle evrilmiş olamayacağını ifade eder. Oysa indirgenemez karmaşıklıktaki bir sistemin evrilmesini sağlamış olabilecek pek çok evrimsel mekanizma vardır. Bunlar:

- parçaların silinmesi

- (teker teker değil) birden fazla parçanın eklenmesi; örneğin tüm sistemin ya da sistemin büyük bir kısmının kopyalanması

- işlevin değişmesi

- bir parçaya ikinci bir işlev eklenmesi

- parçaların aşamalı değişimi

Tüm bu mekanizmalar genetik mutasyonlarda gözlenmiştir. Özellikle, silinme ve gen ikilenmeleri hayli yaygındır ve bu ikisi evrim süreciyle gelişen indirgenemez karmaşıklığı sadece mümkün kılmakla kalmaz, beklenen bir durum haline getirir. Aslına bakarsanız bu, Nobel ödüllü genetikçi Hermann Muller tarafından neredeyse bir asır önce öngörülmüştür. Muller buna, "kilitlenmiş karmaşıklık" adını vermişti.

İndirgenemez karmaşıklıkta olan bazı sistemlerin evrimsel kökeni detaylı bir şekilde açıklanmıştır. Örneğin, Krebs sitrik asit döngüsünün evrimi üzerinde çok çalışılmış ve bir hormon-reseptör (almaç) sisteminin "indirgenemezliğinin” evrimi aydınlatılmıştır. Benzer şekillerde göz, beyin, hücresel kamçı gibi yapıların da "indirgenemez" bir karmaşıklık düzeyinde olduğu iddia edilmiş; sonrasında yapılan araştırmalarla her birinin evrimsel değişim basamakları gerek moleküler genetik, gerekse de taksonomik olarak ortaya koyulmuştur. İleri sürülen örneklerin hiçbirinde sözde indirgenemezlik, bu sistemlerin evrilmesinin önünde bir engel teşkil etmemiştir.

İndirgenemez karmaşıklık evrimi engelliyor olsaydı bile, buradan doğaüstü tasarım sonucuna varılamazdı. Bu sistemleri başka fiziksel süreçler de üretmiş olabilirdi. İndirgenemez karmaşıklık, inanılmazlık argümanının (bkz: argument from incredulity) başarısız bir örneğidir.

İndirgenemez karmaşıklığın tanımı da başarısızdır. Parçalardan bahseder ama bu parçaların "ne" olduğunu açıkça belirtmekten kaçınır. Mantıken bu parçaların atomlar olması gerekir çünkü biyokimyasal reaksiyonlarla daha fazla bölünemeyecek olan organizasyon seviyesi, yani biyokimyacıların analizlerinde kullandıkları en küçük seviye budur. Ancak Behe, molekül kümelerini birer "parça" olarak kabul eder ve bu belirlemeleri neye göre yaptığını da tanımlamaz.

Bunların yanı sıra, indirgenemez karmaşıklıkta oldukları iddia edilen sistemlerin bazıları, hiç de öyle değildirler. Örneğin:

Bakteri kamçısı indirgenemez karmaşıklıkta değildir, çünkü pek çok parçasını kaybetse de işlevini daha basit bir kamçı ya da salgı sistemi olarak sürdürmeye devam edebilir. Ökaryot kamçılarındaki pek çok proteinin vazgeçilebilir olduğu bilinmektedir, çünkü bu proteinlere sahip olmayan işlevsel kamçılar da vardır.

Hücre içi protein taşıma sistemi karmaşık olsa da, hiçbir taşıyıcıya ihtiyaç duymayan proteinler de mevcuttur.

Bağışıklık sistemi örneği, indirgenemez karmaşıklıkta değildir. Çünkü işgalci hücreleri, yok edici moleküller tarafından imha edilmek üzere işaretleyen antikorlar, bu işgalci hücreleri bizzat kendileri de engelleyebilir. Yani aslında sistem, yok edici moleküller olmadan da işler (her ne kadar diğer türlü daha iyi işlese de).

Göz indirgenemez karmaşıklıkta değildir ve tam tersine, evrimi çok net bir şekilde bilinmektedir. Bu evrimsel değişimden de gördüğümüz üzere, "yarım" bir göz (bu doğru bir kavram bile değildir), gayet de işlevsel olabilir ve "çeyrek" bir göze göre çok daha faydalı olabilir, evrimsel açıdan önem taşıyabilir.