elektron mıknatısları, elektronların parçacık ve dalga etkileşiminden yararlanır.

Çalışma prensibi: Geçirimli elektron mikroskobu, bir tepegöz gibi çalışır. Tepegöz, asetatın içinden bir ışık demeti geçirir. Işık asetattan geçerken asetatın yapısından ve üzerindeki şekillerden etkilenir. Bu etkilerin sonucu olarak, ışık demetinin belirli bir kısmı, asetatın belirli bazı kısımlarından geçebilir. Asetattan geçmiş olan bu ışık, gözlem ekranına yansıtılarak ekran üzerinde slaytın büyütülmüş görüntüsü oluşturulur.

bu elektron mikroskoplarının normal optik mikroskoplardan belli başlı avantajları vardır. optik mikroskoplar daha fazla büyütme yapabilir. metallerde iç deformasyonlar(atomal düzeydeki yapısal bozukluklar) tespit edilebilmesi için elektron mikroskopları kullanılır.Görüntünün açık renkli alanları numunenin çok sayıda elektron geçiren bölgelerine aittir (ince veya daha az yoğun). daha siyah yerler ise az sayıda elektron geçiren kalın yoğunluğu fazla demektir. bir de bu mikroskoplar TARAYICI(Scanning) ve GEÇİRİCİ(Transmission) olarak 2ye ayrılır. görüntünün netliği, 2 boyutlumu 3 boyutlumu olacağı, büyültme miktarı gibi kullanım alanlarına göre farklılık gösterir.