Çiğ mercimek tüketimi genellikle tavsiye edilmez. Bunun sebebi mercimeğin içinde doğal olarak bulunan lektin ve bazı antinutrient (besin emilimini engelleyen) maddelerdir. Lektinler, özellikle çiğ veya az pişmiş baklagillerde yüksek miktarda bulunur ve sindirim sistemine zarar verebilir. Bu zararlar; mide bulantısı, kusma, ishal ve karın ağrısı gibi rahatsızlıklar şeklinde ortaya çıkabilir. Ayrıca, bu maddeler bağırsak duvarına zarar vererek besinlerin emilimini azaltabilir.

Mercimeği suda bekletmek bazı toksik maddelerin bir kısmını azaltabilir, fakat bu işlem lektin gibi zararlı proteinleri tamamen ortadan kaldırmaz. En güvenli ve sağlıklı yöntem mercimeği iyi pişirerek tüketmektir. Yüksek sıcaklıkta pişirme, lektin ve diğer zararlı bileşenlerin yapılarını bozarak etkisiz hale getirir.

Senin suda bekletip çiğ tüketmene rağmen şikayet yaşamaman, vücudunun bu maddelere karşı toleranslı veya şanslı olduğuna işaret eder. Ancak herkes için aynı şey geçerli değildir; birçok insanda ciddi mide-bağırsak rahatsızlıkları oluşabilir.