Bebeklerde bağışıklık sistemi yok demek doğru olmaz. Zira bağışıklık sistemi organları tam teşekkül vardır. En büyük bağışıklık sistemi organımız olan deri, lenf bezleri, kemik iliği, bademcik ve dalak gibi organlar tamamlanmış olarak doğarlar. Fakat tabi ki bebeklerde tüm bu organlar oldukça hassastır ve henüz patojenlerle sınanmamıştır. Bebekler ilk olarak doğum kanalından geçerken ve doğum esnasında anneden aldıkları bağarsak patojenleri ve ilk defa doğum kanalından çıktıklarında temas ettikleri yüzey ve soludukları hava ile birlikte patojenlere maruz kalmaya başlarlar. Ve tabi ki de bağışıklık sistemleri çalışıp bir cevap oluşturmaya başlar.
Bağışıklık cevabın oluşması belirli bir zaman alır. Bu zaman diliminde bebeğe en büyük faydayı alabiliyorsa anneden emdiği ilk süt (kolostrum) sağlar. Bu süt protein içeriği ve annenin bağışıklık sisteminde halihazırda bulunan immunglobulinler açısından zengindir.
Bebeklere ilk günden itibaren çeşitli aşılar uygulanabilir ve de uygulanır da. Bir yetişkine kıyasla elbetteki bağışıklık sistemleri daha narindir bu yüzden aşıların da daha sık tekrarı gerekebilir.