Bir virüsün yapay olup olmadığı nasıl anlaşılır?

Bir virüsün yapay olup olmadığını anlamanın yolu, genomunda insan elinin bıraktığı moleküler dikiş izlerini, bilinen laboratuvar iskeletlerini ve yapay kodon tercihlerini aramaktan geçer. Doğal evrim rastgele mutasyonlarla ve dağınık bir seçilimle ilerlerken, laboratuvarda üretilen veya modifiye edilen bir virüs arkasında belirgin mühendislik imzaları bırakır.

Moleküler biyolojide hiç kimse sıfırdan sihirli bir şekilde devasa bir virüs genomu sentezlemez. Genellikle laboratuvarda önceden karakterize edilmiş, tezgahta elden ele dolaşan standart bir viral iskelet kullanılır ve araya hedeflenen gen parçaları eklenir. Bu eklemeleri yaparken restriksiyon enzimleri dediğimiz moleküler makaslar kullanılır. Genom diziliminde tuhaf, düzenli aralıklarla yerleştirilmiş kesim bölgeleri veya bilinen bir klonlama vektörünün DNA kalıntıları sırıtıyorsa, işin içinde bir tezgâh olduğu hemen anlaşılır. Moleküler alemde hiçbir makas izi gizli kalmaz, dedikodusu yeni nesil dizileme cihazına mutlaka düşer.

Bir diğer kritik gösterge ise kodon optimizasyonu ve protein yapısındaki tasarım mantığıdır. Laboratuvarda insan hücresinde fırtınalar koparsın diye tasarlanan bir viral protein, genellikle insan hücrelerinin en çok tercih ettiği kodonlarla baştan aşağı cilalanır. Doğal bir virüste ise vahşi konaklardan kalma dağınık, hatta bazen hücresel olarak verimsiz görünen kodonlar ve kusurlu mutasyonlar bulunur. Üstelik bir proteinin hedef reseptöre bağlanma bölgesi yapay olarak tasarlandıysa, bilgisayar modellemelerinin öngördüğü en kusursuz geometri hedeflenir. Doğa ise kusursuz bir mühendis gibi değil, eldeki döküntüyü çalıştıran bir tamirci gibi davranır, simülasyonların aklına gelmeyecek kadar karmaşık ve özgün bağlanma çözümleri üretir.

Son olarak virüsün filogenetik soy ağacına bakılır. Yeni izole edilen bir virüsün vahşi doğadaki yakın akrabalarıyla olan mutasyon basamakları adım adım takip edilebiliyorsa bu durum doğal kökeni kanıtlar. Nitekim SARS-CoV-2 üzerinde yapılan kapsamlı genomik ve yapısal analizler, virüsün bilinen hiçbir laboratuvar omurgasına dayanmadığını, reseptör bağlayan protein kısımlarının insan aklından çıkamayacak kadar doğal ve özgün bir evrimsel geçmişe sahip olduğunu ortaya koymuştur.