Beyin nakli, beyin dokusunun alıcıya bağlanması için çok hassas ve mikroskopik bir cerrahi gerektirir . Beyin dokusunun sinir lifleri, kan damarları, beyin omurilik sıvısı, meninksler, kafa kemikleri, kaslar, deri vb. ile uyumlu bir şekilde bağlanması gerekir . Bu bağlantıların sağlanması çok zor ve risklidir.
Beyin nakli, beyin dokusunun alıcıda normal bir şekilde çalışması için çok karmaşık bir rehabilitasyon gerektirir . Beyin dokusunun alıcı ile uyum sağlaması, yeni sinir ağları oluşturması, yeni fonksiyonlar kazanması, eski fonksiyonları kaybetmemesi, alıcıya ait olan organlar, duyular, hareketler, hormonlar, bağışıklık sistemi vb. ile uyumlu bir şekilde çalışması gerekir . Bu rehabilitasyonun sağlanması çok zor ve uzundur.
Bu sorunların çözülmesi için henüz yeterli bir teknoloji ve bilgi yoktur. Beyin nakli, hayvanlarda yapılan deneylerde bile başarılı olamamıştır . Beyin nakli, insanlarda yapılsa bile, alzheimer gibi beyin odaklı hastalıkların tedavisinde etkili olacağı garanti değildir.