Çok kısa sürede belirli DNA parçalarının amplifikasyonuna (tek bir zinciri bir yığın DNA arasından seçip çoğaltma) olanak sağlayan bir tekniktir. PCR`a dayalı RAPD, AFLP, SSR, ISSR gibi teknikler geliştirilmiştir.

DNA'nın dizi analizi ve haritalarının çıkarılmasında, genetik hastalıkların teşhisinde, DNA parmak analizinde, insan evrimi araştırmalarında, tarımda, sistematik ve evrim çalışmalarında, adli tıp örneklerinin genetik tiplendirilmesinde, allellik dizi varyasyonlarının gösterilebilmesi ile doku transplantasyonu için doku tipinin belirlenmesinde, insan genom projesindeki araştırmalarda ve mısırdaki mumyalardan DNA klonlanmasında kullanılmaktadır.