Yer kabuğu levha dediğimiz parçalardan oluşur. Bunları manto üzerinde yüzen yap-boz parçaları gibi düşün. Manto da durağan bir yapıya sahip değil, içinde akıntılar var. Bu akıntılar üzerindeki levhaların hareket etmesini sağlıyor. Bu da sadece sorunuzun değil aynı zamanda pek çok şeyin cevabı. Dağlar nasıl oluşur, volkanizma neden var, neden deprem olur gibi.

Bir okyanusal levha ve bir kıtasal levha çarpıştığı zaman daha yoğun olan okyanusal levha kıtasal levhanın altına dalar. İşte, bu alta doğru daldığı noktada da derin deniz çukurları oluşur.

Wikipedia

Buralara nasıl su dolduğuna gelecek olursak. Okyanuslar nasıl oluştuysa öyle. Dünya ilk oluştuğunda, henüz çok sıcakken su sadece gaz halinde bulunuyordu. Dünya soğuyunca bu gaz halinde bulunan su yağış olarak çok uzun süreler boyunca yeryüzüne düştü, bu çukurları doldurdu ve okyanusları oluşturdu.