Durdurucu kodonun mantığı bu kodonların herhangi bir amino asidi kodlamamasıdır. RNA'nın sonlandırılması(terminating) bu kodonlara denk gelindiğinde herhangi bir t-RNA'nın aminoasit getirememesi yüzünden sağlanır.
64 farklı kodon bulunmasına rağmen 21 farklı amino asidi kullanabiliyoruz. Kodonların triplet doğası yüzünden 64 farklı kodon bulunur, eğer dublet olsaydı 16 tane amino asidi kullanabilirdik bu sıkıntı yaratırdı, triplet doğasında ise 64 tane fazladan kodon bulunuyor bu kodonların 3. bazları esnektir yani bir amino asidi aslında ilk iki kod belirler. Bu evrimsel açıdan mutasyonlara karşıda bir savunma sistemidir.
Başlatma kodonuna gelirsek, aslında başlatma kodonu sadece AUG değildir bazı prokaryotik ve ökaryotik canlılarda farklı başlatma kodonları da vardır. Translasyonun başlaması için sadece tRNAaug haricinde başlatma faktörlerine (initiations factors) ihtiyaç vardır. Bu faktörlerden IF-2 tRNAaug 'u tanır ve başlatmaya hazırlar. AUG'un neden evrim boyunca çoğunlukla kullanılan başlangıç kodonu olduğu söylemek zordur.
Enerji, RNA dizilimi, başlatma faktörlerinin AUG'u tanıması, metiyonin kodon-antikodon ilişkisi yani protein yapısı gibi çeşitli özellikleri başlatma kodonu olarak AUG'un seçilmesini yüksek olasılıkla sağlar. Tüm bunların böyle olmasının majör sebebi verimliliktir.
Kaynaklar
- W.L Noderer, et al. Complete Motif Analysis Of Sequence Requirements For Translation Initiation At Non-Aug Start Codons. (16 Kasım 2020). Alındığı Tarih: 16 Kasım 2020. Alındığı Yer: NCBI | Arşiv Bağlantısı