Uzay yolculuğu, 1998’de Deep Space 1’in fırlatılmasıyla iyon motoru çağına adım attı. Bu NASA görevi, öncelikle yeni teknolojileri sınamak için tasarlanmıştı. Deep Space 1 üzerindeki iyon motorunun sağladığı ivme, Dünya’nın çekimine kıyasla çok küçüktü. Ama zamanla uzay aracına, Güneş Sistemi boyunca yol alması için gereken hızı yavaş yavaş kazandırdı. İtki sistemi, büyük panellerin topladığı güneş ışığından sağlanan enerjiyle ksenon atomlarını iyonlaştırarak çalışıyordu. Bu iyonlar, güçlü bir elektrik alan tarafından arkaya doğru fırlatıldıkça uzay aracı yavaş yavaş hızlandı. Yukarıdaki görüntüde, 1997’de JPL’de başarıyla test edilen bir prototip sürücüden çıkan sıcak, mavi iyonlar görülüyor. Deep Space 1, Temmuz 1999’da 9969 Braille asteroitinin, ardından Eylül 2001’de Borrelly Kuyrukluyıldızı’nın yanından başarıyla hızla geçti. Böylece bir kuyrukluyıldız çekirdeğinin o zamana dek çekilmiş en ayrıntılı fotoğrafını elde etti. Uzay aracı Aralık 2001’de emekliye ayrıldı.